2003年10月19日2003年甲A联赛泰山对阵八一队中，门将邓小飞发挥稳定。从上半时第13分钟邓小飞首次接球到比赛结束，邓小飞几次将八一队反击时的传中球直接没收。除去丢的那个球外，邓小飞在比赛中只有一次明显的失误。当时比赛进行到上半时第40分钟，范学伟回传，邓小飞看到对方球员已经扑了上来，急切间将球破坏出边线。虽然这使泰山队丧失了一次球权，不过处理球的干脆利落却让人放心。邓小飞也曾坐上过主力位置，但客战陕西时曾因连续的失误被涅波打入“冷宫”，不过复出后的邓小飞更加成熟了。涅波显然也看到了邓小飞的特点，他认为：邓小飞的出击很及时，尤其是接高空球的能力相当好，随着经验的丰富，他的表现会越来越稳定。对阵八一，泰山队的优势明显，这也使得门将邓小飞在大部分时间里无事可做，高接低挡的表演更是少见，但在这样近乎一边倒的比赛里，却更能考验作为主力门将所必须具备的“稳定”发挥，而邓小飞在比赛中也正是借此继续征服着涅波，稳稳地坐着主力位置。

2003年11月02日甲A联赛第24轮，鲁能主场4：2战胜陕西队。门将邓小飞终于在本场比赛雪耻，并成功摆脱2003年甲A第九轮对阵陕西队比赛中的阴影。那场比赛结束后，邓小飞有10轮未曾露面。尽管这里有伤病的困扰，尽管涅波一再否认自己对其封杀，但邓小飞的前途还是引起了媒体和球迷的极大关注。直到第20轮客场挑战上海国际队，邓小飞才有机会再次出任主力门将，并得到了教练和队友的认可。本轮的鲁陕之战，泰山队在半小时内连进3球，确立了优势。虽然黄磊和雷纳托·金随后扳回两球，但主要原因是泰山队后防线疏忽大意，与邓小飞关系不大。邓小飞最精彩的扑救出现在第89分钟，国力队获得前场任意球，尽管巴力斯塔踢出的任意球角度极刁，但眼疾手快的邓小飞在身体快要失去平衡的情况下单手将皮球扑出底线。邓小飞赛后表示：他已经从阴影中走出来了，赢了国力，心里更轻松多了。

邓小飞在2006年12月接受武汉队主教练裴恩才的召唤，于2007年1月来到江城。从济南，到武汉，虽说俱乐部变了，但竞争的环境却没有改变。在姜涛和夏勇被挂牌后，汉军还有两名守门员，即王宇和曾诚。王宇是中超2005赛季后半段以及中超2006赛季上半段的主力，而曾诚是国奥队的守门员，在中超2006赛季也有过中超联赛的经验。所以，邓小飞来到武汉队后也要面临竞争。不过邓小飞表示，他的特点就是在联赛中发挥比较稳定，肯定要争取有球可踢。

随着武汉退赛，2009年邓小飞加盟江苏。而他与舜天另一门将关震也一直在为主力门将的位置暗自努力着。2011赛季，凭借稳定的发挥，邓小飞重新夺回了主力位置。2012赛季，江苏舜天将防守反击进行到底，在队友的努力帮助下，邓小飞打破中超最长不失球记录，打破了国门杨智在上赛季创造的中超联赛620分钟不失球的记录，将这一记录提高到了643分钟。9月入选亚洲最佳阵容。

如今邓小飞的实力已经得到了普遍认可，也成为了球迷的新宠，每场比赛，都会有山呼海啸般为他加油的声音。“圣卡西”，这是球迷对皇马门神卡西利亚斯亲切的称呼。而在中超联赛，江苏球迷在场边高声喊出了“圣小飞”这个名字，因为他在比赛中精彩的表现，他也被冠上与皇马门神相同的“圣”字头称谓。

2016年1月2日晚，重庆力帆俱乐部官方宣布新援加盟，邓小飞与力帆俱乐部正式签订工作合同。

2020年7月21日，入选重庆当代足球俱乐部新赛季征战中超联赛30人大名单。

2019年3月1日，中甲浙江绿城官方宣布，门将邓小飞加盟球队。

绿城在官方公告中称：近日，俱乐部与原重庆斯威球员邓小飞完成签约，后者正式加盟绿城。根据目前的计划，邓小飞将于近日抵达杭州，与即将回国的绿城冬训大部队完成汇合。

2022年8月29日，门将邓小飞加盟济南兴洲足球俱乐部。

2023年4月21日，邓小飞入选济南兴洲足球俱乐部一线队球员名单，身披16号球衣代表球队征战2023赛季中甲联赛。

2024年2月，所在济南兴洲足球俱乐部宣布解散。

出击果断，弹跳好。

2012年创造中超643分钟不失球记录，9月入选亚洲最佳阵容　

2012年11月8日，获得2012年中超联赛最佳守门员

邓小飞在与河南建业队的比赛中，打破了国门杨智保持的620分钟不失球的中超联赛不失球纪录，但只延长了24分钟。虽然打破旧纪录意味着新纪录归他名下，但被对手打入一球让他感到有些遗憾。

女儿带来好运

在本赛季前，舜天曾前往土耳其进行拉练，其中主力门将邓小飞归心似箭，因为他的女儿“邓赢赢”于2月16日出生。此前，他们不知道孩子的性别，但为两人的爱情结晶取好了小名“赢赢”，因为球队在主场连续赢球。

女儿的出生为邓小飞带来了好运，他表示自己保持好状态与女儿有关。同时，他也意识到自己的责任更重了，需要为妻子和女儿挣奶粉钱。邓小飞开心地说道。

愿望能进国家队

舜天与河南队比赛中，进攻端表现出色，同时防守也做得不错。邓小飞在门将位置上表现出色，打破了杨智的620分钟不失球记录，但被徐洋在第66分钟的射门打破了记录。邓小飞已经尽力扑出了对方前锋内托的射门，但对徐洋的补射无能为力。自联赛首轮被申花乔尔攻入一球后，舜天连续6场比赛没有失球。邓小飞表示只要球队能获胜，破不破记录都是次要的。邓小飞以出色的发挥创造了新纪录，对于失球也看得很淡，认为记录是要被打破的，失球也能给自己敲响警钟。舜天与河南队上半场表现强势，三球领先，胜利已经不是问题，唯一的悬念是邓小飞能否打破不丢球纪录，并且能把纪录延长多久。邓小飞在中场休息时收到球迷专门制作的庆祝打破不失球纪录的旗帜作为纪念品。下半场开场2分钟之后，邓小飞向教练席伸出了一支大拇指，他知道，自己已经打破了纪录。“那时自己的压力小了很多，不过说实话，被对手打进一球之后，压力就完全放下了。未来我要做的就是从头再来，重新冲击这个纪录。”邓小飞说。舜天历史上出过一个国门，那就是邓小飞如今的替补关震。此前，邓小飞从未有入选过国家队，他的履历中只有过国青队的经历。此外，邓小飞还两次入选过中超全明星队，2007赛季在武汉的那一次，俱乐部拒绝放邓小飞参赛，去年，得到舜天支持的他终于出现在了全明星队中。然而，入选全明星队只是对邓小飞能力的一个证明，舜天主力门将的愿望还是能披上国家队的战袍，他也坦言希望能用自己的良好表现吸引国家队教练组的注意。“以邓小飞的能力，完全可以进国家队。舜天之前出过一些国脚，也希望邓小飞能延续好状态，相信进国足对他来说并不是一个梦。”一名舜天教练组成员表示。

“2012赛季中超联赛结束后，邓小飞当选最佳门将，没有人会质疑这个结果。29岁的邓小飞凭借出色的表现帮助舜天夺得联赛亚军，自己交出了一份完美的数据统计。在16支中超球队中，舜天29粒失球数最少，邓小飞也以643分钟连续不失球创造了中超新纪录。”在这家英国媒体看来，舜天球迷已经把邓小飞和西班牙门神卡西利亚斯相提并论，球迷送给他“圣小飞”的绰号。（足球网站Goal）

以邓小飞的能力，完全可以进国家队。（江苏舜天教练组成员）

2007年11月17日中超南北明星对抗赛在上海举行。参加南北明星对抗赛的球员从网络投票中产生，南北最具人气的球员全都入选。武汉光谷队在中超2007年联赛中排名第七，成绩仅次于上海申花，武汉光谷队的的门将邓小飞、后卫埃莫森、中场郑斌和前锋维森特都入选了南方明星队的阵容。然而，此次中超南北明星对抗赛中，汉军人员除了郑斌加入了南方明星队外，其余的人员均未参加。守门员邓小飞由于在与长春亚泰队比赛中丢失四球，随后又在主场与陕西宝荣队的比赛中被俱乐部“冷冻”，武汉俱乐部此次又通知邓小飞不用参加中超明星义赛。邓小飞缺阵南北明星赛和对长春队那场比赛丢四球不无关系。

2008年中超联赛第六轮大连海昌与武汉光谷比赛中，围绕着武汉队门将邓小飞是否“诈伤”的问题，两队的替补球员甚至工作人员都冲进场内向裁判施压，当值主裁向引发事端的邓小飞出示了本场比赛的第二张黄牌，将他红牌罚下。

事情的起因是在比赛的第90分钟，武汉队门将邓小飞准备开球门球之前，队长郑斌抽筋倒地，邓小飞提醒裁判，请求允许队医入场对郑斌进行治疗。随后武汉队医进场，主裁判也以故意拖延时间为由，向邓小飞出示了一张黄牌。在郑斌被替换下场后，武汉队获得开球门球的机会，但邓小飞突然自己倒在地上，并且用左手捂住右手手腕，向主裁判示意自己手腕受伤，已经无法坚持比赛。大连队前锋基利科夫上前一脚将摆在小禁区线上的皮球踢入球网，并示意进球有效，而在经过邓小飞的时候，用手打了邓小飞受伤的手腕，示意邓小飞诈伤。之后，包括赵旭日、张耀坤、赵明剑等球员和俱乐部总经理李明在内的大连队人员，都冲入场地质疑武汉队这种拖延时间的行为，并认为基利科夫的进球有效。而替补席上的武汉队所有人员也都冲入场内，向裁判表示抗议。最终在大连队上下的压力下，主裁判出示第二张黄牌将邓小飞罚出场外，但却没有向另外一名“肇事”的基利科夫出示黄牌。