1898年4月，郁约翰在鼓浪屿的河仔下建立了厦门第一所正规的西医医院——救世医院。救世医院为两层楼房，有办公室、诊室、手术室、眼科室、药房和小礼拜堂、饭厅、厨房，以及两间工人房、四间学生房和可容45张床的病房七间。医院不收药费、治疗费等。病人包括各国侨民、富人、官员、学者、平民和乞丐等社会各阶层，大都来自厦门及周边的乡下，也有来自漳、泉等地的，甚至有外省及马尼拉、仰光等不远万里的求医者。从医院开办到郁约翰院长不幸逝世的12年里，医院共收治有17000多名住院病人及135000多位门诊患者，做了7500多人次手术。同时，郁约翰可谓闽南西方医学教育之鼻祖。他对学生谆谆善诱，使学医者深受教益。其学生黄大辟、陈天恩等日后均成为闽南名医。1910年春，厦门鼠疫流行，很多人染病而死。郁约翰冒着生命危险救治病人，虽然做了预防措施，但还是不幸遭到感染。4月14日，一生荣神益的人郁约翰因病在鼓浪屿安息主怀，享年49岁。次日被安葬于鼓浪屿“番仔公墓”。