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万历三年十月十三日（1575年11月14日）前某年的八月二十九日，郭巩出生于北直隶永平府迁安县（今河北省唐山市迁安市），字德固，号金谿，贯民籍。
郭巩早年十分贫困，衣不蔽体，后得卢龙儒生崔赴闱资助并拜其为师，得以攻读举业。他五经研习《易经》，举万历四十年（1612年）顺天府乡试第116名，联捷四十一年（1613年）会试第258名，殿试三甲第268名，观政吏部。四十四年（1616年），行人。四十六年十一月三十日（1619年1月15日），与刑科给事中姚若水一起被派往册封新任建德王朱常沄（明英宗孙朱祐槿之后）。
泰昌元年十月二十二日（1620年11月13日），考选南京兵科给事中。上任一个月后，即请求早授辽东经略袁应泰尚方宝剑。天启元年（1621年）三月，沈阳陷落，袁应泰殉国，朝臣大都想念起了原经略熊廷弼的才干，郭巩却持反对意见，上疏弹劾“丧师误国，假病欺君”的熊廷弼及票拟起用他的阁臣刘一燝，请求罢免他们，受到明熹宗切责，并受到夺俸半年的处分。郭巩还继续上疏论此事。四月，因其阻止熊廷弼复出被熹宗指为“淆乱是非，不顾封疆”，吏部尚书周嘉谟力保，同乡刘廷宣上疏申救，甚至熊廷弼本人也不赞成处罚郭巩，但熹宗仍将他降一级外放，于六月十八日（8月5日）被明熹宗贬为陕西按察司知事添注。
天启二年（1622年），广宁陷落，熊廷弼下狱论死，都察院左都御史邹元标于五月十六日上疏请召还郭巩等因“辽事”获罪者，获得熹宗批准。九月十四日（1622年10月18日），复官户科给事中。任上又为毛文龙请尚方宝剑。
郭巩回朝后，继续参劾曾保举熊廷弼之人，南京御史涂世叶也附和他，因熊廷弼问题而参了周宗建一本。天启三年（1623年）二月，周宗建在为自己辩解时指出这场弹劾的始作俑者是郭巩，而他接连上疏弹劾的真实目的是献媚熹宗所宠幸的宦官魏进忠（后获赐名魏忠贤），“自为固结进身之计，而借此以为贽焉”。郭巩则上疏弹劾周宗建为“邪党”，被周宗建反驳。其后周宗建继续弹劾魏进忠，进一步揭露郭巩与魏进忠勾结、在癸亥京察时编造匿名书陷害包括自己在内的正直官员（即所谓东林党）等事。魏进忠见到他的上疏，与另一名被弹劾的典内操的宦官刘朝一起向熹宗哭诉，请求出家来激怒熹宗，熹宗为之震怒，命周宗建陈述郭巩交通魏进忠之实状。三月，周宗建进一步上疏罗列郭巩勾结魏进忠、陷害东林党的种种言行，但反而被夺俸。工科右给事中刘弘光、广西道御史方大任等也加入弹劾郭巩的行列。郭巩请求廷辨（当廷对质），熹宗切责他，令大小九卿从公会奏，最后与周宗建各被夺俸三月。不久，刘朝想去视察辽东，周宗建说：“巩自谓未尝通内，今诚能出片纸遏朝，吾请为洗交结之名。”郭巩却不敢写信，但刘朝也因同魏进忠产生矛盾而没去成。
天启四年三月十七日（1624年5月4日），郭巩升大理寺左寺丞。后辞官，据说是因为跟魏忠贤反目。天启六年二月三十日（1626年3月27日），升大理寺左少卿。闰六月二十一日（8月12日），升太常寺卿。八月十四日（10月7日），升兵部右侍郎。十二月初五日（1627年1月27日），升兵部添设左侍郎。前后传召七次，但郭巩均称病不赴任，并在上疏中写道：“臣之病不在四肢，而在腹心。”寓有规讽忠爱之意。据说他“居乡雍穆，即野老村夫莫不敬而怀之”。天启七年（1626年）八月，熹宗以其“久不到任”“条陈未当”，免其官职，令其冠带闲住，并退还其捐助三大殿的工程费。
不久，熹宗驾崩，崇祯帝即位，并在三个月后铲除了魏忠贤。郭巩得到原任兵部尚书霍维华举荐，于翌年三月初四日（1628年4月7日）被起用为兵部左侍郎，管右侍郎事。四月初三日（5月6日），改管左侍郎事。五月下旬，郭巩被御史赵洪范弹劾应对周宗建之死负责，周宗建之子周延祚更弹劾郭巩为“通内第一奸臣”。郭巩在辨疏中涉嫌不敬，于六月初三日（7月3日）被免官闲住。
崇祯二年三月十五日（1629年4月8日）钦定逆案，郭巩以“赞导”位列“交结近侍又次等”，坐徒三年，纳赎为民。
己巳之变期间，郭巩组织迁安军民守城。崇祯三年（1630年）正月，后金军攻下永平，向郭巩下聘书，郭巩上“却聘书”，随后逃到北京请援，家属被清军掳走，其中他的妾石氏自缢。郭巩将“却聘书”呈给朝廷，自证清白，但兵部尚书梁廷栋称他书中称后金为“大金”为非法，将其逮捕下狱，后论死。迁安民众认为知县投降后金，被处死是罪有应得，郭巩缒城请救，反而论死，实属冤枉，乃呈禀诉其冤，山永巡抚杨嗣昌害怕得罪崇祯帝，先是拒绝受理，受理后也没上报。崇祯六年（1633年），郭巩减死改判谪戍广东廉州府（今广西合浦），迁安民众又向山永巡抚杨嗣昌请求捐钱赎其罪，或改流放就近卫所。杨嗣昌向崇祯帝转达这个请求，被拒。
崇祯七年（1634年），郭巩抵达廉州。翌年在广西横州宝华山题诗（参见轶事典故目录），此后事迹不详。
崇祯八年（1635年）九月初六日，郭巩在广西横州宝华山瞻拜龙隐殿建文帝塑像，欲访求其墨宝“万山第一”，但真迹已被守吏携去，只留下模仿题额，郭巩感慨而赋诗：“万山第一圣人题，御笔星辉守吏携。塑像长春称老佛，至尊隅在冷萋萋。”
据姚觐元《清代禁毁书目四种》记载，郭巩著有《异同疏揭》，因“违碍”而被禁毁。
郭巩墓在迁安县南十里徐家崖东一里。