新中国建立后回国，任卫生部技术室主任、参事室主任。

1954年任北京医学院卫生系主任兼保健组织学教研室主任、一级教授，兼任中国红十字会常务理事、中华医学会常务理事、《中华卫生杂志》主编，并主持筹建中华医学会卫生学会，任主任委员，同时还任中国科普协会委员等职。

应中国医学科学院情报研究所的要求，参加世界各国卫生情报资料的编写工作，从1963年---1965年编译了200余万字的《世界卫生年鉴》。

1972年后著有《查阅医学外文期刊的经验简介》、《中华民国卫生史料》、《中国近代卫生事业》、《中华民国医药卫生史料》，主编了《英汉预防医学名词词汇》等。

金宝善1893年4月23日生于浙江绍兴，金宝善自青少年时代起就一直勤奋好学。他在绍兴府学堂求学时，便受鲁迅等人的影响，立志科学救国。他17岁那年考入南京水师学堂，后转入杭州医学专科学校。1911年，他到日本千叶医学专科学校和东京帝国大学攻读内科并研究传染病与生物制品，于1919年回国。

1926年，他又赴美国约翰斯·霍普金斯大学布隆伯格公共卫生学院进修，于1927年获公共卫生学硕士学位。

1919年，金宝善从日本学成回国后，在北京中央防疫处担任技师，开始在国内制造各类疫苗、血清、毒素等生物制品。

1920年东北地区鼠疫流行，受北京政府派遣，他与伍连德等人赴东北开展防疫工作，经过半年多时间的努力，终将鼠疫平息。

1921年他一度兼任北京医学专门学校传染病学教师，并在军医学校担任防疫学教学工作。

作为公共卫生专家，金宝善最为人们称道的经历要数他为扩大中国在世界的影响所做的努力。他曾多次代表中国出席世界卫生会议，特别是在1930年，他作为中国代表出席了在巴黎举行的世界医学大会，并到日内瓦向国际联盟卫生组织报告了中国卫生情况。1947年他赴欧美访问，考察战后各国的卫生事业。当时在日内瓦正酝酿成立世界卫生组织，他代表中国成为世界卫生组织的发起人之一。1934年—1941年，他连任两届中华医学会会长。

1927年夏，金宝善应邀组建杭州市卫生局并任局长，由此，开始了长达20年的卫生行政生涯。特别是在时局动荡的40年代，他担任卫生署署长达7年之久（1940.4——1947.4）。他曾参与制定了我国医疗卫生方面的一系列方针政策，筹建卫生防疫与科研机构。1930年，南京国民政府成立中央卫生实验处，他任副处长，实际负责该处的工作。该处的建立奠定了我国现代医疗卫生科学研究事业的基础，培养出了一批专门人才。他还主持筹建西部卫生医疗组织与机构，经常亲自到现场布置工作。

1934年，他被派往西北地区工作，在兰州设立了西北防疫处及中央直属西北医院，在陕西、甘肃、青海、新疆等省建立了医院、产院及助产学校。这些卫生行政机构与医院、学校的建立，极大地促进了西部等落后地区卫生事业的发展。从1940年4月起，他主政国民政府卫生署，为支持抗战做了大量的工作，比如在交通要道上设置公路卫生站，为沿途居民及来往旅客服务；设置战时医疗防疫队巡回医疗，并兼顾农村百姓的医疗卫生；主持设立战时药品经理委员会，从印度输入急需的西药等。

作为中国预防医学的奠基人之一，金宝善在防疫上的成就同样令人瞩目。1929年，国际联盟派人调查中国各海港疫情，他随同调查并做了大量的工作。在他的努力下，次年卫生署设置了全国海港总管理局，颁布了全国检疫条例，接收了全国各海港港埠检疫处，将海港检疫权从外国人手中收回。1931年，长江、淮河发生特大水灾，灾民达2500万人，其间死于疾病的人要多于直接死于水灾的人。在这非常时期，时任中央防疫处长的金宝善率领医疗队奔赴灾情最严重的汉口主持医疗救护工作。自1931年9月至次年9月，灾区共有200多万人次接受了霍乱、伤寒、天花、脑膜炎的预防注射，有超过34万的病人接受了医院或医疗队的治疗。从1940年到1941年间，日本对中国进行了5次细菌武器攻击。1942年3月31日，时任卫生署署长的金宝善将日军在中国撒播细菌的情况整理成报告，向世界公布。

1948年，金宝善赴美国任联合国善后救济总署儿童急救基金会医药总顾问，1951年回国，先后任卫生部技术室主任、参事室主任，北京医学院卫生系主任兼教授，中国红十字会常务理事，中华医学会常务理事，第二届全国政协委员等职。1962年，应中国医学科学院情报所要求，从事世界各国卫生情报和资料的编写工作。著有《预防医学词汇》、《查阅医学外文期刊经验简介》、《中华民国医药卫生史料》等专著。

1984年11月11日，金宝善在北京逝世，享年92岁。