1402年（建文四年），燕军进攻山东，绕过守卫严密的济南，破东阿、汶上、邹县，直至沛县、徐州，向南直进，在灵璧击败政府军后，又突破淮河防线，最终攻占京师，惠帝下落不明，朱棣自立为帝，改年号永乐。朱棣夺取帝位后，回兵北上复攻济南，并在河北一带大肆屠杀百姓。到达济南，铁铉死守不肯投降，但终因寡不敌众，城池被攻破。朱棣又设伏兵计擒铁铉，铁铉终于在淮南被俘，被押送到京师，盛怒的朱棣命令将他凌迟处决。

铁铉遇害后，父母被发配到海南，大儿子充军，二儿子做了官奴，后来被虐待而死。三十五岁的妻子杨氏和仅四岁的女儿也被籍没为奴，沦为乐户发配到当时的官营妓院做妓女。进入教坊司为娼妓是当时建文诸臣的妻女们的下场。建文朝力主削藩和对燕王朱棣用兵的齐泰、黄子澄，因为他们的名气和铁铉一样大，所以他们妻女的下落才被史官们保留下来。

朱棣当上了皇帝。他虽然痛恨铁铉，但每每激赏他的忠义，还对群臣称赞他。

明神宗初年，“诏祀建文朝尽节诸臣于乡”，修铁铉等七位建文忠臣之庙。南明弘光帝时，追赠铁铉为太保，谥忠襄。清高宗追谥曰“忠定”。

忠臣孝子之肉，有何不甘

铁铉见朱棣时，骂不绝口，立而不跪。朱棣使其面北一顾，终不可得。愤怒的朱棣令人割下铁铉的耳朵、鼻子，煮熟后塞入他口中，问他滋味如何？铁铉厉声说忠臣孝子的肉有什么不好吃？铁铉仍不屈服，遂受磔刑而死。

铁骨铮铮

当时朱棣还吩咐左右，架起油锅把铁铉炸了，大殿上顿时充满了焦糊气。朱棣怒道：活着叫你朝拜我你不肯，炸成骨头灰你也得朝拜我！太监急忙把铁铉的骨架用铁棒夹着令其转身，没成想此时油锅里一声爆响，热油从锅里飞溅出来，直烫得太监们嗷嗷乱叫，铁铉的骨架硬是没有转身。

《明史》：燕师之南向也，连败二大将，其锋盖不可当。铁铉以书生竭力抗御于齐、鲁之间，屡挫燕众。设与耿、李易地而处，天下事固未可知矣。张昺、谢贵、葛诚图燕于肘腋，而事不就。宋忠、马宣东西继败，瞿能诸将垂胜战亡，燕兵卒得长驱南下。而姚善、陈彦回之属，欲以郡邑之甲奋拒于大势已去之后，此黄钺所谓“兵至江南，御之无及”者也。

黄道周：铁公名铉，忠瘁英英。督饷不乏，收饬渍兵。婴城自矢，礮烁倾横。幅布外张，缮筑完城。密诱入彀，将次功成。误中马首，脱易跃行。进攻益急，牌悬息征。休养待劳，东昌捷赢。天心何有，势失孤鸣。割燕问甘，忠何惧烹。芳名千古，虽死亦生。

乾隆帝：其他若景清、铁铉等，或慷慨捐躯、或从容就义；虽致命不同而志节凛然，皆可谓克明大义。

严正烺：湖尚称明，问燕子龙孙，不堪回首；公真是銕，惟景忠方烈，差许同心。

讷尔经额：大节凛东藩，四百载至今如昨；崇祠留北渚，万千劫虽死犹生。

左宗棠：执节坐庭南，百折不回，应知鼎石肝肠皆铁；奇忠钟塞外，寸磔以报，谁识先生色目中人！

父亲：铁仲名，在铁铉被处决后被安置到海南。

母亲：薛氏，在铁铉被处决后被安置到海南。

妻：杨氏，在铁铉被处决后被发配到教坊司为娼妓，不久病逝。

大儿子：铁福安，在铁铉被处决后被发配河池戍边。

二儿子: 铁福书，避难逃至关外辽宁沈阳。

小儿子: 铁康安，发配鞍辔局充当工匠，被虐待至死。

女儿:铁铉有两名女儿，在铁铉被处决后同被交付教坊司为娼妓。两个女儿始终不肯受辱，过了很久，同僚把这件事情报告给明成祖朱棣，朱棣说：“她们竟然不屈服吗？”于是赦免了她们，都许配给读书人。

据偃师铁村铁铉后裔讲述及铁氏祖茔碑文记载，铁铉遇害后，生前好友马、李二位，将他大儿子福安藏在马家更名易姓。明仁宗执政期间，降下赦文诏书，铁福安才迁居到偃师魏家寨（该村今已不存），娶周氏为妻，生子衍孙，后又居铁窑，但由于两姓纷争，又移居现在的铁村，并以铉祖临难，家人分散为戒，始称汉族。铁铉二儿子铁福书为避难逃至关外辽宁沈阳，繁衍子孙数代，仍以回族称呼。现查铁氏宗族，今居河南、陕西、安徽、山东、辽宁、湖南、青海、新疆、宁夏、云南、台湾等地分支者回、汉世家各异。

自明代中叶起，当时的官府便先后在华阳宫为铁铉塑像，在纪念铁铉及其他六名为反抗朱棣遇害的人的“七忠祠”为铁铉设立祀位（原址在西门高都司巷以东路北胡同内，胡同就叫“七忠祠”）。

在山东各地，有许多“铁公”祠庙，都是祭奉铁铉，济南人民更视其为乡土神或城隍爷。

1792年（乾隆五十七年），山东盐运使阿林保在济南大明湖畔北岸修建了铁公祠，祀铁铉，邓州小东关有明建铁公祠祀铁铉，为避嫌俗称关帝庙。大东关有双忠祠祀铁铉、张巡。邓州龙堰乡闫营村有铁铉遗像墓。铁公祠的修建，反映了济南人民对忠于职守、誓死卫城的铁铉的缅怀之情。如今，铁公祠已成了大明湖一个著名景观。刘鹗在《老残游记》中曾绘形绘色地描写了在铁公祠观佛山倒影的情景。