报告提出了许多新铁路项目，定线主要是方便港岛北、九龙东、九龙西与新界西北区的乘客。

港岛线延线

“港岛线延线”项目包括北港岛线及西港岛线，而这两线在报告称为“自然的港岛线延伸计划”，所以报告建议两线应归纳在同一项目实施。

北港岛线

铁路发展策略2000中的北港岛线是原有东涌线由香港站东延的路线，东涌线将经过港岛北部，延至炮台山站附近和港岛线东半部（炮台山至柴湾）连接，中途亦设两个车站：会展和维园。同时，将军澳支线（即现将军澳线）会由北角站延至天后站并和港岛线西半部（天后至上环）连接。

铁路发展策略2000中提到，这延线是舒缓港岛线沿线车站长期的人流的压力，将视乎港岛线与荃湾线何时出现瓶颈和中环第三期填海计划的时间来兴建。而在报告中所列出的北港岛线两个新建车站中，维园站后来被中止兴建，另外亦新增了一个添马站（或作天马站），服务金钟北部地区。北港岛线亦为报告建议的第一阶段兴建项目，然而政府后来在2003年决定推迟北港岛线的完工时间至2016年后；反之，报告建议第三阶段兴建的九龙南环线，最后却最先上马。

西港岛线

西港岛线是原有港岛线由上环向西区伸延的延线。在策略2000，这延线是方便港岛西旧区的居民，将视乎西环重建及发展的进度来兴建。本报告所列出的西港岛线新建车站分别有：西营盘、德辅道、宝翠园及坚尼地城。

报告建议第一阶段北港岛线兴建后才兴建西港岛线，原因是避免港岛线不胜负荷，但最后因为政府在2003年决定推迟北港岛线的发展时间而令两线的发展次序倒转。

沙田至中环线

沙田至中环线是一条连接新界沙田大围至港岛中环的铁路线，由三部份组成，分别是东九龙线、第四条过海铁路线及大围至钻石山线。

东九龙线

由钻石山站开始，经启德、土瓜湾、马头围、何文田，到达九广东铁（今东铁线）红磡站。

第四条过海铁路线

第四条过海铁路线在港岛方面有两个方案：“会展/金钟方案”途经香港会议展览中心（设会展站交汇北港岛线）至金钟站交汇港岛线及荃湾线，到达中环西部的中环西站；“维园方案”经过维多利亚公园（设维园站交汇北港岛线及港岛线），再在礼顿山、湾仔南、香港公园设站，最后同样以中环西为终点站。

大围至钻石山线

由原有东铁和马鞍山铁路（现东铁线和马鞍山线）的大围站起，穿过狮子山地底到达九龙的钻石山，和观塘线钻石山站交汇。

铁路发展策略2000亦指出，由于沙田至中环线并非地铁或九铁的自然延伸部份，该线可由两铁公开竞投。报告建议沙中线为第二阶段兴建的项目，即是在港岛线延线之后兴建。

沙中线在2000年代有很大改变，路线已选择“会展/金钟方案”、交由九广铁路公司兴建、后来却转交香港铁路有限公司；设计改为将马铁（今马鞍山线）经红磡接驳西铁（今西铁线），成为东西铁路走廊（或东西线），而第四条过海铁路线则由东铁（今东铁线）过海，成为南北铁路走廊（或南北线）；东九龙线附近的慈云山和黄埔花园地区的服务方式也经过多次转变，其中包括观塘线延至黄埔的计划；中环西站（今中环南站）因地质问题和无合适选址等问题，多次更改位置，最后暂时搁置，沙中线南端总站暂时改为金钟站。

沙中线的启用年份已在2008年3月公布：大围至红磡段，即大围至钻石山线和东九龙线，将于2015年完工启用；过海段，即第四条过海铁路线，将于2019年启用。

九龙南环线

九龙南环线（现称为九龙南线）是把西铁（今西铁线）由南昌站延长以连接东铁（今东铁线）尖沙咀支线的铁路线。由于九龙南环线为九广铁路西铁的自然延伸部分，所以已肯定交由九广铁路公司兴建。

铁路发展策略2000中的九龙南环线设有一个中途站：西九龙站(该站现称为柯士甸站)。后来亦曾建议在尖沙咀广东道建站，但因为成本问题，广东道站的建设已在2004年被否决。

九龙南环线在报告中为第三阶段的兴建项目，比港岛线延线和沙田至中环线迟。但最后因为种种原因，九龙南线在少有争议之下成为报告中最早落实及动工兴建的新铁路，现已施工中，预计在2009年通车。

北环线

北环线是在新界北部把九广铁路东铁和西铁（今东铁线及西铁线）连接的铁路线，为使这条铁路能和东铁、西铁充分配合，策略2000建议把北环线交由九广铁路公司兴建。北环线将由西铁锦上路站开始，大致向东北方向伸延，经牛潭尾、新田两站，然后分岔成两条支线：西面接驳东铁落马洲支线的落马洲站，东面则先在古洞站和东铁交汇，再延至东铁罗湖站。因此，此方案下，东铁和西铁（经北环线）最终都可连接罗湖、落马洲两个铁路口岸。

现时的北环线规划和铁路发展策略2000中大同小异，现方案不采用“丫”型分岔设计，而是在新田站后连接新建的洲头站转乘落马洲支线，然后接驳落马洲站；现时方案中加设凹头站，而凹头、牛潭尾、新田三站都只设预留位供日后建站使用。

北环线的兴建时间，视乎新界北部的交通需求、新界的策略性增长地区发展情况、跨境交通的增长而定，亦受到广深港高速铁路香港段（区域快线）和港口铁路线的影响。

铁路发展策略2000中的区域快线为一条连接港九市区和深港边界的一条快速铁路。当中定线有多个方案，均由原有九广东铁（今东铁线）的红磡站开始，途经石硖尾站，进入新界。在新界的走线有两个方案，第一为途经西铁（今西铁线）锦上路站，接驳拟建的北环线，连接罗湖；第二为途经新建的粉岭南站（和东铁交汇），再接驳罗湖或新的边境口岸。报告亦提到，如果把区域快线由九龙的红磡延伸至港岛的中环，会更具吸引力。

区域快线在近年已成为了广深港高速铁路香港段，定线亦经过重大的调整。其中较大的改变包括香港总站改设于西九龙、在香港境内不设任何中途站、与内地铁路直通等。广深港高速铁路香港段计划于2014年建成通车。

港口铁路线是一条货运铁路线，连接罗湖和葵涌货柜码头。路线有两个方案：第一是由葵涌的港口铁路货运站开始，经一条连接葵涌和大围的新建隧道，然后取道东铁（现东铁线）大围至罗湖一段前往罗湖。第二是由港口铁路货运站连接附近的西铁（现西铁线），经西铁至锦上路，然后经北环线前往罗湖。

铁路发展策略2000中指出，港口铁路线可吸纳来自内陆偏远腹地的货运，有助促进港口货运量的增长。该路线由策略2000发表至今并没有重大更动。

铁路发展策略2000提到，上述新铁路完工之后，可以提供六条新的铁路走廊。

1、柴湾至东涌

这条东西向的走廊由现有东涌线、拟建北港岛线和现有港岛线组成，连接离岛区大屿山东涌和港岛东区的柴湾。

2、将军澳至坚尼地城

这条东西向走廊由将军澳线（已于2002年启用）、现有港岛线和拟建西港岛线组成，连接将军澳新市镇至港岛西区的坚尼地城。

这条南北向走廊等同沙田至中环线，连接大围、东南九龙和港岛，如果由九广铁路公司兴建更可连接马鞍山。