1961年，成立长吉公社，属瓦寨区。

1963年，分设长吉、烧巴、贵秧3公社。

1984年，改称长吉乡、烧巴乡、贵秧乡。

1992年，长吉、烧巴、贵秧3乡合并为新的长吉乡。

2016年4月，长吉乡撤乡设镇。

2011年末，原长吉乡辖17个行政村：长吉、机寨、贵碑、塘洞、司前、赤瓦、瓦窑、半坡、烧巴、中河、大寨、土冲、贵秧、新盘、四寨、贵晓、地盛，下设186个村民小组。

截至2020年6月，长吉镇辖9个行政村：长吉村、司前村、赤瓦村、贵晓村、机寨、烧巴、大寨村、贵秧村、地盛村，镇人民政府驻长吉村。

长吉镇地处三穗县中部，东邻雪洞镇、瓦寨镇，南连良上镇，西靠台烈镇、八弓镇，北接镇远县羊坪镇，行政区域面积97.5平方千米。

长吉镇境内为低山丘陵河谷盆地，南北皆有低山，中东部较为平缓。全境海拔多在550—650米之间。最低点位于瓦窑邛水河的出境处，海拔562米；最高点位于是北部的庙堂坡，海拔981.7米。

长吉镇境内河道属清水江水系。主要河流三条，一条是过境的邛水河，境内河道长10.6千米；一条是自南向北，在长吉村汇入邛水河的贵秧河，境内河道长19.6千米；另一条是自北向南，在中河村汇入邛水河的烧巴河，境内河道长8.8千米。

长吉镇主要自然灾害有旱灾、洪涝灾害、冰雹、风灾、秋绵雨、低温、霜冻、泥石流等。旱灾、洪涝灾害时常发生，最严重的一次旱灾发生在1985年，最严重一次洪涝灾害发生在2007年6月9日。

长吉镇境内地下矿藏资源主要有钼、磷、铅、锌、重晶石、石灰石和煤砰石。

2011年，原长吉乡有耕地面积3.62万亩。

2011年末，原长吉乡辖区总人口26537人，其中城镇常住人口5621人，城镇化率21.2%。另有流动人口2240人。总人口中，男性13871人，占52.27%；女性12666人，占47.73%；18岁以下6824人，占25.72%；18—35岁7697人，占29.00%；35—60岁8891人，占33.50%；60岁以上3125人，占11.78%。总人口中，以汉族、侗族为主，其中汉族11785人，占44.41%；侗族11175人，占42.11%；苗族3261人，占12.29%；其他少数民族316人，占1.19%。超过3000人的少数民族有侗、苗2个民族，其中侗族11175人，占少数民族人口的75.7%，苗族3261人，占22.1%。2011年，人口出生率14.90‰，人口死亡率3.34‰，人口自然增长率11.56‰。人口密度为每平方千米271人。

截至2019年末，长吉镇户籍人口为26196人。

2011年，原长吉乡完成财政总收入112万元，比上年下降29%。其中地方财政收入100万元。从各主要税种看，完成营业税42万元，增值税1万元。农民人均纯收入4316元。

2019年，长吉镇有工业企业9个，其中规模以上1个，有营业面积超过50平方米以上的综合商店或超市13个。

2011年，原长吉乡实现农业总产值6387万元。

原长吉乡粮食作物以水稻、玉米、薯类为主。2011年，生产粮食5179吨，其中水稻3306吨，玉米649吨，薯类1183吨。主要经济作物为蔬菜、油菜。2011年，蔬菜种植面积6210亩，产量8024吨；油菜种植面积4650亩，产量308吨。

原长吉乡畜牧业以饲养生猪、牛、羊、家禽为主。2011年，生猪饲养量25976头，年末存栏11815头；牛饲养量3729头，年末存栏3115头；羊饲养量2414n，年末存栏1312只；家禽饲养量82.63万羽。2011年，生产肉类1129吨。

原长吉乡形成以建材生产、机械、食品、木制品等行业为主的工业体系。2011年，长吉镇工业总产值达到1482万元，工业增加值占生产总值的20%。2011年，工业企业6家，职工286人，实现工业增加值201万元，比上年增长15.69%。

2011年末，原长吉乡有商业网点185个，职工370人。2011年，社会商品销售总额达2829万元，比上年增长19.8%；城乡集贸市场1个，年成交额2018万元。

2011年末，原长吉乡金融机构各类存款余额8432.26万元，比上年增长20.71%；各项贷款余额4959.96万元，比上年增长8.85%。

2011年末，原长吉乡有幼儿园3所，在园幼儿818人，专任教师17人；小学6所，在校生1727人，专任教师97人，小学适龄儿童入学率100%；初中1所，在校生637人，专任教师65人，初中适龄人口入学率、小升初升学率、九年义务教育覆盖率均达100%。

2011年末，原长吉乡有各类科技人才1260人。

2011年末，原长吉乡有文化站1个，村文化活动中心17个；文化专业户16个，各类图书室10个，藏书2万册；音乐、美术、书法、摄影及文学业余创作人员达23人。2011年末，广播电视站1个有线电视用户1580户，入户率20.4%。

2011年末，原长吉乡有学校体育场地7处。5.9%的村安装了健身器材，经常参加体育活动的人员占常住人口的16%。

2011年末，原长吉乡有各级各类医疗卫生机构12个，其中门诊部（所）12个；病床25张，每千人拥有医疗床位0.9张，固定资产总值96万元。专业卫生人员21人，其中执业医师1人，执业助理医师3人，注册护士2人。2011年，医疗机构（门诊部以上）完成诊疗21056人次。2011年，新型农村合作医疗参合人数21792人，参合率83.64%。

2011年，原长吉乡有城镇最低生活保障户数46户，人数55人，支出11.01万元，比上年增长37.87%，月人均166.83元，比上年增长52.91%；城市医疗救助224人次，支出50.35万元；民政部门资助参加合作医疗318人次，支出9540元。农村最低生活保障户数1797户，人数5604人，支出409.82万元，比上年增长53.18%，月人均60.94元，比上年增长53.54%。国家抚恤、补助各类优抚对象6人，抚恤事业费支出1.82万元，比上年增长8.9%。社会福利费3.24元，比上年增长50%。敬老院1家，床位2张，收养农村五保人员2人。参加新型农村社会养老保险7737人，参保率53.58%。

2011年末，原长吉乡有邮政支局1个，报纸、期刊累计发行12.24份（册）。电信服务网点8个，电话交换机总容量3000门，固定电话用户2200户，电话用户普及率28.4%；宽带接入用户260户。

长吉镇有830省道、824、826县道3条干线公路。

清朝初年称长安，为驿站。后称长计。清乾隆年间（1736年—1795年），外来商人增多，取其长远吉祥之意，更名为“长吉”。