成化十年（1474）举人，成化十一年(1475)进士，历任河间县、盐山县令，擢湖广道监察御史，按察南北直隶。升山东按察司副使，分理临清。有妖僧称弥勒佛以惑众者，阎仲宇将其绳之以法。历任浙江按察使、左布政使，升任都察院右副都御史、湖广巡抚。闫仲宇设法平定洞庭襄汉间的巨盗和苗患，奖录其一子锦衣卫冠带总旗。

晋升左副都御史，不久命督理宣府、大同边储，历升兵部右侍郎、兵部尚书，提督团营。在任不足一年，都御史刘宇巡抚大同，以万金贿赂刘瑾欲夺其位，阎仲宇于是告疾求去。再疏得允，加太子太保，赐给驿归，仍优以舆隶月廪，荫锦衣卫百户一人。

正德七年（1512）八月，卒，明武宗辍朝一日，加赠太子太傅。

曾祖父：阎才顺