1126-1132年，阿伯拉在简陋的鲁伊修道院任院长，但由于他试图改变一些陈规陋习，差一点被当地僧侣所害。

1136年他回到巴黎主教座堂学校任教，写了《认识你自己》等著作。这些著作激怒了教会精神领袖贝纳尔，在1140年召开的桑斯主教会议上，贝纳尔列举了16条罪状，对其进行谴责。他的《神学导论》因此被焚烧。阿伯拉对此不服，准备到罗马上诉，但行至半途却得知教皇英诺森二世已批准了贝纳尔的报告，宣判他的学说为异端，便铩羽而归。

1142年，阿伯拉死于勃艮地的克鲁尼修道院，最后埋葬在爱洛伊斯主持的女修道院附近。

阿伯拉在巴黎主教座堂担任教师讲师时，爱上教士富尔贝尔的17岁侄女爱洛伊斯。这对恋人双双逃往布列塔尼并秘密结婚，并生有一子。不久后爱洛伊斯为了阿伯拉的前途（如果结婚就没法当神学院的院长）否认这桩婚姻，此举遭到局外人误会，爱洛伊斯的叔父巴黎主教座堂的迦农富勒以为阿伯拉欺骗其侄女感情，于是设计陷害阿伯拉，派人将他施以宫刑，使他无法与爱洛伊斯组成正常家庭，只有力劝爱洛伊斯进入巴黎郊外一所修道院当修女，阿伯拉则前往圣丹尼斯修道院当修士。阿伯拉死后，1164年爱洛伊斯的遗骨也被葬于其侧。

1817年，他们的遗骸被移至巴黎拉雪兹神父公墓合葬。好莱坞以他们的爱情为题材，拍摄了影片《天堂窃情》。

阿伯拉既反对唯名论，又反对唯实论。但他坚持认为共相绝不可能是事物，同样也不可能仅仅是词。按照他的意见，共相首先在事物之前作为理性概念存在于上帝；其次，作为个体基本特点的相同性存在于事物中；第三，在事物存在之后作为人类理智通过比较思维而获得的概念和属性存在于人类理智之中。

阿伯拉确信，辩证法之所以能够被运用于神学，是因为信仰中有不确定之处。他在《是与否》中列举了156个涉及根本教义和信条的神学论题，包括：是否只有一个上帝？圣子是否没有开端？上帝能否做一切事情？上帝是否知道一切？人类第一对祖先在被造时是否是有朽的？亚当是否得救？彼得、保罗和所有使徒是否是平等的？基督是否是教会的唯一基础？圣徒的工作是否使人正义？是否不准杀人？是否所有的人都被允许结婚？等等。但令人深思的是：每个论题都有肯定与否定两种意见。而这些意见都是从教会所认可的使徒和教父的著作中摘录出来的，具有同等的权威性。

阿伯拉声称，他这样做的目的，不是借此否定权威意见的合理性，而是要说明用辩证法进一步探讨权威意见的必要性。他认为教父和使徒都会犯错误，例如，奥古斯丁写了《更正》一书来纠正自己的错误。不过，他们的错误不是由于信仰而引起的，有些错误是由于引用伪托的权威著作或有誊写错误的《圣经》而产生的。他们的教训告诉人们，对一切未辨真伪的权威著作“都要有充分的自由进行批判，而没有不加怀疑地接受的义务，否则，一切研究的道路都要被堵塞，后人用以讨论语法和论述难题的优秀智慧就要被剥夺”。

阿伯拉还认为，信仰必须通过语词表达，如果语词未被理解，信仰也就无法被接受。他对那些神父们的陈词滥调也提出了尖锐批评：“重复是腻厌之母，就是说，它引起苛刻的反感。因此，最好用各种词语表述同一事物，而不要用同样的、通俗的词语表述一切事物。”

阿伯拉强调，要通过疑问的方式获得信仰的真理。他认为，“这种疑问使青年读者最大限度地探索真理，这种探索使他们心灵敏锐。坚持不懈的经常性的疑问确实是智慧的第一关键。”辩证法考察的结果或使看起来相互矛盾的权威意见保持一致的真理性，或使其中一种意见保持正确性。无论如何，辩证法最终确立了权威意见的可靠性。阿伯拉的“理解导致信仰”的途径，更符合亚里士多德的辩证法原意，即由不确定到确定的过程。保守的反辩证法神学家，指责阿伯拉从疑问而不从信仰出发从事理性探索，最终导致了违反信仰的结论。阿伯拉对此回击道：“真理不会反对真理。”

像同时代的许多人一样，他尝试着对基督教道德和古希腊—罗马世界的世俗道德进行融合性研究。一方面，人类的责任问题虽然为人类的堕落和肉欲的事实所困，但另一方面人们又普遍重视良心，力图通过良心提供一个主观的道德标准，人们普遍要求一种作为道德源泉的目的性。

在这种时代精神的影响下，阿伯拉对非基督教哲学和伦理有很高的评价。他强调了波埃修在亚里士多德的《范畴篇》里发现的关于“德行就是习惯”的说法。习惯不仅仅是一种性格倾向，它还是一种通过努力和毅力获得的品质，然后稳定在人的生命本质中，在人的灵魂中产生难以抹去的标记。阿伯拉将德行判定为一种习惯，一种通过人的努力而获得的自然品质。

阿伯拉在他的《伦理学》中，兴趣主要集中在意图论方面。他认为，给人带来功绩和赞美的不是他的行为，而是他的意图。对于那些受诅咒和受拣选的人来说，很平常的行为，都是因其自身而不同的；这些很平常的行为之被称为善或恶，其根据仅在于行为者的动机。阿伯拉认为罪之根源就在于对上帝的蔑视。人的意图决定事功。罪恶不在欲望本身，而在对欲望的顺服，赞同是自愿的。

从根本上说，只有上帝知道真理。因此，阿伯拉一方面要求，我们要获得权限，对我们所信的东西进行理性的解释，但另一方面，他提请我们注意，我们从来都不能肯定，我们的观点是否真的正确。前者使我们有可能把自己的信仰告诉那些还不相信我们信仰之真理性并追随另一种信仰的人，而且使我们的信仰为人理解，这样，当他们不想将这些对所有人都有效的理性论据置之不理时，他们或者被迫同意，或者却不得不说明他们为什么驻足于迷信中的理由。但是，我们可能很难向他人的理性发出呼吁，如果连我们自己也不自律，要求自己听从理性的声音的话。这就是说，我们不仅必须拥有向他人论证我们的信仰的能力，而且原则上要有准备同意他人在这方面可能提出反对我们的信仰、主张他们的立场的理由，即只要这些理由比我们自己的理由更有说服力。换句话说，单纯的传达能力还不可能被看作是有理性效力的，因为乐于接受他人的传达也属于理性的范畴。理性在对话中保持下来，并且为了进行一次对话，我必须不仅要诉说，而且也要能倾听。但这种能力并非是我们通过认识才获得的：尽管对我们而言似乎并非如此，但我们也可能就是那些自欺欺人者。

阿伯拉一直受到青年人的拥戴，被尊为思想导师。著名哲学史家梯利说：“他有奇异的才能，是当时声名显赫的教师。”彼得为他写的墓志铭为“高卢的苏格拉底”，“一个多才多艺的、精细的、敏锐的天才”。

著名哲学史家文德尔班这样评介阿伯拉：“正是阿伯拉尔，由于他的全面活动，形成了共相争论活跃的中心。”

黑格尔则说，阿伯拉的“贡献主要在于把哲学引进神学”。