在激烈的太平洋战场，伯克表现出敏锐的洞察力和高超的指挥才能。最典型的是在1943年11月2日夜里的奥古斯塔皇后湾海战：这天晚上，日军调遣重巡洋舰“妙高”号和“羽黑”号、轻巡洋舰“川内”号和“阿贺野”号以及6艘驱逐舰掩护着5艘快速运输舰（其实就是运送士兵的驱逐舰），向托罗基那角驶去。美国梅里尔上将在轻巡洋舰“蒙彼利埃”号上进行指挥，此外还有它的姐妹舰“克利夫兰”号、“哥伦比亚”号和“丹佛”号，以及伯克的第45驱逐舰中队和B.L.奥斯汀中校的第46驱逐舰中队的8艘驱逐舰（第39特混编队）。为了对付日军“长矛”式鱼雷的威胁，伯克指示他的驱逐舰率先用鱼雷进行攻击，迫使日舰与他们保持一定距离，然后使用雷达协助远射程的炮火进行轰击，这样可使美国舰队保持一定的优势。可惜，日舰进行了一个转向，第45驱逐舰分队发射的所有鱼雷都未命中。伯克意识到日本人已盯住了他的巡洋舰，他的上述打算并不能阻止日舰的靠近，于是他下令取消原计划，命令巡洋舰开火。日本巡洋舰“川内”号在大量152毫米（6英寸）炮弹的轰击下颠簸起来。在混乱中，驱逐舰“五月雨”号和“白露”号相互发生了猛烈碰撞。而美国舰队也有他们的问题，驱逐舰“富特”号（DD 511）掉了队，舰尾被日本鱼雷击中，然后靠“克利夫兰”号巡洋舰的帮助，勉强地缓慢脱离。“斯彭斯”号（DD 512）和“撒切尔”号（DD 514）在以30节高速并列航行中相撞，钢质舰体摩擦时火光飞溅，然而这场灾难并未引起严重损伤。此刻日本的重巡洋舰“羽黑”号和“妙高”号正出现在仅仅3658米（4000码）距离内，在这紧张关头却把它们误认为是美国舰艇，因而没有发射鱼雷，这一失误是可以理解的。不久之后，奥斯汀中校和伯克上校进行了一次编队内部的通话：奥斯汀：“我们刚才又面临一次近弹，希望你们不要对着我们射击。” 　伯克：“对不起，请您原谅下一组的四发齐射，因为已经射出了。”

这个误会并未发生不良影响，当奥斯汀的一艘驱逐舰“斯彭斯”号因弹药不足而不能摧毁已失去战斗力的“初风”号驱逐舰时，伯克的中队被召唤来完成了这个任务。驱逐舰正在竭尽全力追击日舰，梅里尔将军再次命令它们撤回到他的巡洋舰近旁，以避免早晨天亮日军飞机的空袭。至此，日军增援瓜岛的计划落空，伯克也因这次战斗而声名大震。

“31节伯克”的称号出自1943年11月，当时第23驱逐舰支队正在库拉湾的哈斯海峡加油，他们接到命令，要高速航行去拦击一支载有空军撤离人员的日本护航队。“查尔斯 奥斯本”号确定了和支队内的另外3艘僚舰会合的约定时间。这时在小威廉·弗雷德里克·哈尔西上将的指挥室里，作战参谋计算出要以31节的平均速度航行才能在指定的时间内到达目的地，考虑到伯克平时指挥他的支队所用的最高编队速度为30节，于是哈尔西上将又给伯克下了第二道命令：“伯克，你必须以31节航行，越过布克岛至拉包尔之间的日军撤退航线，到达布克岛以西30海里处，在那里如果未发现敌人，等到25日的凌晨3时可南下加油；如果遇到敌人，你完全知道应该怎么办。”

结果战斗在圣乔治角发生了，就在1943年11月25日的头几个小时，美国的“查尔斯·奥斯本”号、“戴森”号（DD 572）、“克拉克斯顿”号（DD 571）、“康弗斯”号（DD 509）和“斯彭斯”号与日本驱逐舰“大波”号、“卷波”号、“天雾”号、“夕雾”号和“卯月”号之间进行交战。伯克认为漆黑的夜晚是个“理想的鱼雷攻击好机会”，在第一次攻击中，击中了日本“大波”号和“卷波”号驱逐舰，然后美国驱逐舰一心要尾追向北逃去的其余3艘驱逐舰。也许这是伯克驱逐舰战术的高明之处：15分钟之后，他估计日军即将展开还击，突然命令他的驱逐舰调转航向，以避免可能受到的鱼雷还击。正当5艘美国驱逐舰回到他们原来的航线时，3枚“长矛”式鱼雷在后面爆炸了，这些鱼雷的引爆不是由于它们行驶完了航程，而是因为进入了美国驱逐舰的尾流；在这种情况下，人们不得不对伯克高超的指挥感到惊讶，接着，伯克指挥舰队继续追击，在暗夜中又击中了“夕雾”号。这次战役美舰奇迹般的未受任何损伤，人员无一伤亡，而日舰却被击沉了三艘，这就是著名的圣乔治角海战，这次战役被很多海军学家称为最完美的海战，而他也因此次战役被授予海军十字勋章；从此，“31节伯克”的美名在美国国内广为传诵。

1944年3月，伯克接到调令，任命他担任马克·米切尔上将（第3航母大队副司令）的参谋长，而米切尔也是最近才被任命为第58航母特混舰队（CTF58）的司令的。伯克不得不永远的离开他心爱的驱逐舰，而米切尔上将从此拥有了一名出色的参谋。（欧内斯特·约瑟夫·金上将认为,海军将领要想指挥舰队取得战斗胜利，一定要有优秀的驱逐舰指挥官当参谋）。

欧内斯特·约瑟夫·金很快与伯克建立了一个历经二战和战后很多年的密切合作关系。在之后的15个月里，拥有4个航母大队的TF58特混舰队在太平洋上攻击了日军机场、运输船只和基地的工业设施。在菲律宾群岛、台湾和冲绳群岛以及日军本土，TF58特混舰队参加了太平洋战争中的绝大部分战斗，包括在6月的马里亚纳海战、关岛登陆战、塞班岛登陆战以及紧接着的菲律宾海战；解放菲律宾和10月的莱特湾海战、1945年2月和3月的卡罗琳群岛战役和硫磺岛战役以及在4、5月间的冲绳战役等。

在5月11日的早晨，米切尔的旗舰“邦克山”号航空母舰在冲绳岛附近，遭到两架日本自杀飞机的撞击并受到重创，其中包舰桥和无线电室；在当天日本神风敢死队自杀飞机的疯狂攻击下，TF58舰队中的许多舰艇受伤和沉没。伯克尽全力营救生存者，帮助救援受伤者。因为这次“邦克山”号受损严重，米切尔、伯克还有其它主要官员被调到“企业”号（CV 6）航空母舰上。但是三天后，“企业”号在冲绳岛附近又被一架自杀飞机撞上。这班人马于是又被调到“伦道夫”号（CV 15）航空母舰上。

在1945年5月28日，米切尔、伯克和TF58舰队的其它一些官员从战场返回国内，对于他们来说，战争结束了。伯克早先被提升为海军准将而现在又回到他原先的上校职位，并再被派遣到华盛顿，在那里负责一个研究防御日军自杀式飞机攻击的部门。但是当他刚刚到那里开始工作的时候，战争就结束了。米切尔在1946年9月被任命替换乔恩·英格拉姆上将担任大西洋舰队司令。而伯克则接替米切尔的大西洋第八舰队参谋长职务。1947年2月，米切尔因心脏病逝世。至此，他们两人在二战中结下的伟大友谊结束了。

1948年，伯克调任海军作战部长办公室，负责海军核武器的发展规划，他意识到自己的经验仅局限在作战技巧上，于是开始努力学习历史、经济、科学、政治和国际关系方面的知识，以开拓自己的知识面。他在学习中预见到海军在美国未来国家安全中的重要性和在其中担任的角色。于是他在1948年中期撰写了一篇报告，名为“未来十年国家安全和海军的作用”，虽然这份报告当时没有引起很大的反响，但它证明了阿利·伯克已经具备战略思想家的素质。后来因为国防部长路易斯·阿瑟·约翰逊提出“有了B-36轰炸机，海军就没有必要造航空母舰了，”这遭到了伯克将军等诸多海军将领的抗议，被称为海军上将叛乱事件，他在1949年被贬出华盛顿，指挥一艘巡洋舰，朝鲜战争期间他任第7舰队第5巡洋舰分队司令，负责在东海岸进行火力支援，据说当时的炮弹1万美元一枚，相当于一辆凯迪拉克的汽车的价钱，水兵每拉一下炮栓，就会嚷道：又一辆凯迪拉克飞了。后来升为远东海军司令部参谋长，并且作为联合国停战代表团成员参加了朝鲜战争停战谈判。朝鲜战争结束后他回到海军部任战略计划部主任。

1953年，他直接跨越比他资深的50多位将官，被艾森豪威尔总统由海军少将直接提升为海军上将，1955年8月，伯克被任命为美国海军作战部长，在担任部长期间，伯克积极推动海军在导弹和核动力领域的发展，为美国海军舰艇的导弹化和核动力舰艇的发展做出了重要贡献。

在1961年7月25日美国海军学院为他举行的典礼上，史无前例连任三界海军部长的伯克上将卸任退休。第二天，约翰·肯尼迪总统在白宫授予伯克优秀服务勋章；迄今为止，他仍然是美国海军历史上担任海军作战部部长职务时间最长的人。

尽管伯克将军在海军平步青云、身名显赫，但是他对驱逐舰却始终有着难以割舍的偏爱，他在1962年出版的《驱逐舰：60年》一书中写道：“一直以来，驱逐舰官兵都是一个充满自豪感的团体；他们以自己的出色表现和能力赢得了海军同僚的尊敬；对他们来说，没有什么任务是完成不了的。”1989年9月，美国海军新一代驱逐舰首舰(DDG 51)下水并被命名为“阿利 伯克”号；美国海军之所以将这艘装备着最新、最先进的“宙斯盾”系统的导弹驱逐舰以伯克将军的名字命名，不但是出于对他的尊敬，更是期待这艘军舰能够像伯克将军一样：快速、灵活、势不可挡！

1996年1月1日，阿利·艾伯特·伯克将军在马里兰州比斯塔市（Bethesda）国家海军医院逝世，终年94岁；他的遗体被安葬在美国海军军官学校公墓。为纪念他，所有阿利 伯克级驱逐舰以31节速度行驶一分钟。