1187年，埃及阿尤布王朝苏丹萨拉丁从十字军占领下收复了耶路撒冷。之后，萨拉丁下令清除十字军污垢，全面重修远寺，用彩色马赛克镶动物图案装饰了圆顶内穹，重建了“米哈拉布”（凹壁），用名贵木材精制了一座“敏拜尔”（宣讲台）安放在大殿一侧。寺内还另辟一处长方形礼拜殿，内有大小厅堂各一间，大厅称阿齐兹厅，小厅称宰凯里亚厅，装饰极为华丽，内有凹壁，称宰凯里亚凹壁，据悉是当年宰凯里亚先知礼拜、坐静、参悟、赞主之处。圣寺的北门有一座高大的门廊，系阿尤布王朝素丹伊萨于1217年所建。

1948年以色列占领耶路撒冷后，不断拆毁阿克萨周围大部分建筑。1969年8月21日又放火烧毁了清真寺的主要建筑物，寺内诸多名贵文物和宣教台一道化为灰烬，遭到了全球穆斯林的强烈谴责。

根据联合国的决议，阿克萨清真寺永远属于穆斯林。但自从被以色列人占领以来，犹太极端份子制造无数事端，坚持说阿克萨清真寺地下是犹太人祖先所罗门（阿拉伯语“苏莱曼”）建造的犹太神庙，称阿克萨为“圣殿山”，是将来迎接救世主“弥赛亚”（阿拉伯语“麦西哈”）从天而降的地点。犹太人在清真寺高台之下挖掘深坑和信道，称为考古。重型机械在清真寺地基下作业﹐震动地面上所有伊斯兰古迹，企图破坏历史文物，拆毁伊斯兰圣地。

阿克萨清真寺在以色列国防军包围之中对进入圣地礼拜和祈祷的穆斯林严加限制。外地穆斯林一律禁止入境。而本地穆斯林限制在四十岁以上，而且清真寺周围设立数以百计的关卡和路障，对穆斯林重重验证和全身搜查。在获悉巴民族权力机构主席阿拉法特支持恐怖主义活动，并从伊朗、叙利亚等国获得支持后，2000年9月，时任以色列反对党利库德集团主席的沙龙为了表示他夺取圣殿山的决心，在竞选中率领大批军人和卫队闯入阿克萨清真寺，遭到全世界穆斯林抗议，进而引发了第二次巴勒斯坦人民起义。 以色列文物部门同时宣布，在耶路撒冷老城圣殿山（巴方称“尊贵禁地”）脚下的考古公园内开展所谓抢救性考古挖掘工作。

抗议

巴民族权力机构主席阿巴斯的政治顾问纳米尔·哈马德说，以色列就是在“蓄意破坏”。他说，以色列40年来一直想改变阿克萨清真寺的结构，这是最终使整个耶路撒冷犹太化的步骤。

正在沙特麦加进行联合政府谈判的阿巴斯要求以色列立即中止这一行动，称以色列想破坏神圣的伊斯兰古迹必将危及和平进程。同样出席麦加谈判的哈马斯政治局领导人迈沙阿勒警告以色列不要“玩火”，他警告说，2000年就是因为沙龙亵渎阿克萨清真寺，引发了第二次巴人起义，我们完全可以再次起义。巴政府总理哈尼亚敦促穆斯林行动起来，保护阿克萨清真寺。

法塔赫组织下属的“阿克萨烈士旅”的声明说，如果以色列不停止“挑衅”行动，他们将予以坚决的“还击”。当天，该组织还向以境内发射了数枚火箭表示威胁”。巴人用投掷石块的方式表示抗议。一些城市还进行罢工，宣泄愤怒。 以色列阿拉伯议员塔拉布说，以色列政府此举将会“点燃第三次起义”。他认为，以色列这样做的目的是为了“转移人们对它在黎巴嫩战争中军事失败的注意力”。

据悉，萨拉赫已呼吁以色列境内的全体穆斯林行动起来，阻止以当局破坏伊斯兰教圣地。阿克萨清真寺风波无疑给前途多舛的巴以关系增添了新的变数。

2007年，以色列占领当局对阿克萨清真寺的地下通道进行考古挖掘。巴勒斯坦人表示抗议。

阿克萨清真寺（Aqsa Mosque in Jerusalem）位于耶路撒冷老城东部，是仅次于麦加圣寺和麦地那先知寺的第三圣寺。“阿克萨”在阿拉伯文中意为“极远”，该名称源于伊斯兰教先知穆罕默德于621年7月一个夜晚由天使吉卜利勒陪同自麦加乘天马到耶路撒冷登霄夜游七重天的传说。“他教自己的仆人，由禁寺夜赴我赐福于其四周的远寺”。（17—1）相传远寺当初是由大先知伊布拉欣（亚伯拉罕）始建，后又被先知苏莱曼（所罗门）续建完成。

阿克萨清真寺就是《古兰》第17章说的“远寺”。是公元621年先知穆罕默德登霄前率领自阿丹到尔萨（耶稣）等历代圣人礼拜的地方，是伊斯兰三个最神圣的地方之一。

伊斯兰初期，阿克萨清真寺曾一度被定为穆斯林礼拜的朝向。公元638年，第二任哈里发欧麦尔，在攻克耶路撒冷后加以重建。并派乌巴德·本·沙米特担任巴勒斯坦第一任大法官，其坟墓坐落在清真寺东墙外。公元705年至709年，伍麦耶王朝哈里发阿布杜·马立克·本·麦尔旺及其子瓦利德，再一次进行了大规模的修建。

在圣寺大院内，还有一些辅助性的伊斯兰建筑，如纪念先知登宵的建筑物登宵圆顶亭。标志圣寺大院中心位置的顶圈圆顶亭，由哈里发麦尔旺建造。麦尔旺殿廊，在寺院的东南角，其中有一段系建于地面以下的拱顶长廊，为节假日礼拜的人提供一条地下通道。该地道古代通南边的伍麦叶王宫，现封闭不开放。大金门建于伍麦叶时代，有两个拱顶大厅，一个通向圣寺的仁慈大门，一个通向忏悔大门。大学者安萨里（1058—1111）任远寺伊玛目期间，曾住在门楼上，完成了巨著《信仰的科学》。世界著名的历史学家们称赞阿克萨清真寺是“地球上最豪华最优美的建筑物和历史文化遗产”。它是一座历史丰碑，属于世界穆斯林，也属于全人类，决不允许一小撮敌视和平与文明的极端分子将圣寺破坏。

清真寺的北门有一座高大的门廊，系阿尤布王朝苏丹伊萨于1217年所建，由7个独立的拱门组成，每一座拱门又与清真寺大殿的一扇门遥遥相对。寺前广场上有“卡斯”水池，为人们礼拜前作小净用。在寺内大院中，还有一些辅助性的伊斯兰建筑，如纪念先知登宵的建筑物登宵圆顶亭。标志圣寺大院中心位置的顶圈圆顶亭。麦尔旺殿廊，在寺院的东南角，其中有一段系建于地面以下的拱顶长廊，为节假日礼拜的人提供一条地下通道。远寺古地道，位于寺的东半部，连接圣寺前庭院和圣寺南墙的双道门。1969年8月清真寺部分建筑曾因大火被焚。

坐落于圣殿山上的阿克萨清真寺建筑群是伊斯兰教第三大圣地。由于巴以双方都称这里是各自的圣地，很多古迹犬牙交错，难分彼此，说不清，理还乱，所以稍有不慎，就会引发事端。

2000年9月，时任以色列反对党利库德集团主席的沙龙强行“参观”阿克萨清真寺建筑群，这一事件被认为是引发持续数年的巴以大规模流血冲突的导火索。

2007年2月6日，以色列文物部门宣布，在耶路撒冷老城圣殿山（巴方称尊贵禁地）脚下的考古公园内开展抢救性考古挖掘工作，以修建一条通往圣殿山的通道，替代在2004年受损于地震和暴雪的原有通道。但以色列的举动遭到阿拉伯世界的强烈不满。

2021年5月11日，巴勒斯坦民众与以色列警察在阿克萨清真寺爆发了冲突。据美联社报道，巴勒斯坦民众构筑路障，封住出入口，向清真寺外的以色列警察投掷石块，而以方则发射催泪弹、震爆弹和橡皮子弹等。巴勒斯坦红新月会表示，当天的冲突造成超过305名巴勒斯坦人受伤，其中大部分伤者被送往医院进行救治；此外，另有21名以方警察受伤。

综合美联社、《中东之眼》消息，当地时间2022年4月17日，以色列警方再次袭击了位于耶路撒冷老城的圣殿山的阿克萨清真寺，系48小时内第二次袭击。

当地时间2022年4月21日清晨，以色列军警与巴勒斯坦民众再度在阿克萨清真寺附近发生冲突。

2022年4月22日清晨，巴勒斯坦民众与以色列军警再度在阿克萨清真寺附近区域发生冲突。根据以色列警方消息，自当天凌晨4时起，有上百名巴勒斯坦蒙面青年在位于耶路撒冷老城圣殿山（穆斯林称“尊贵禁地”）上的阿克萨清真寺附近区域游行，并向以色列军警投掷石块、燃放烟花。以色列军警则发射催泪瓦斯和橡胶子弹进行回应。根据巴勒斯坦红新月会消息，冲突造成至少27名巴勒斯坦人受伤，其中2人伤势较为严重。

巴民族权力机构主席阿巴斯的政治顾问纳米尔·哈马德认为以色列是在“蓄意破坏”。

事发后，阿盟发表声明谴责这一行为。埃及外交部要求以色列立即停止这一行动。约旦国王、摩洛哥国王都表示了强烈的谴责。

阿巴斯要求以色列立即中止这一行动，称以色列是想破坏神圣的伊斯兰古迹，必将危及和平进程。巴政府总理哈尼亚敦促穆斯林行动起来，保护阿克萨清真寺。

法塔赫组织下属的“阿克萨烈士旅”要求以色列停止挑衅行动，当天该组织还向以境内发射了数枚火箭表示警告。在加沙、伯利恒、拉姆安拉、希伯伦等地，都爆发了巴勒斯坦人与以色列军警的冲突。

以色列的阿拉伯议员塔拉布认为以色列政府此举将会“点燃第三次起义”，其目的是为了“转移人们对它在黎巴嫩战争中军事失败的注意力”。阿拉伯电视台认为，以色列利用了两个机会，一是“巴人正忙于内部事务”，二是“国际社会反应的迟缓”，报道认为以色列是“在文物科研的幌子下，进行政治犯罪”。

为防不测，以色列出动了2000名警察，部署在阿克萨清真寺及其周围，同时只许45岁以上的穆斯林进入清真寺内，并禁止游客参观。7日，包括“伊斯兰运动”地区领导人萨拉赫在内的7名巴勒斯坦人因强行靠近挖掘现场而被以警方拘捕。

阿克萨清真寺风波无疑给前途多舛的巴以关系增添了新的变数。

清真寺与穆斯林一生的生活息息相关，其职能表现于以下各方面：(1)宗教活动中心：每日“五时拜”，每周的聚礼，每年两次“会礼”，都到清真寺举行。宗教节日，如先知诞辰，都在清真寺庆祝。婴儿初生时命名和亡人的殡礼也要到寺内请阿訇主持举行。(2)宣教中心：自从先知穆罕默德在麦地那清真寺第一次“聚礼”时发表宣教演说后，清真寺就成为宜教的场所。此后在每周“聚礼”日和每年两次“会礼”中，通过“呼图白”(讲演)方式宣教成为定制。(3)宗教教育中心：在伍麦叶王朝时期，各地清真寺开始附设学校，教读《古兰经》。阿拔斯王朝时期，许多著名清真寺同时也是著名的同名大学所在地，如埃及的爱资哈尔大学，摩洛哥非斯的卡拉维因大学，突尼斯的栽突那大学等。(4)文化中心：清真寺多附设有图书馆，也附设有医疗机构。如也门萨那清真大寺图书馆是阿拉伯世界清真寺最大的图书馆之一。(5)处理穆斯林民事的中心：一般穆斯林间有关婚姻、遗产、商业等纠纷，都在清真寺内按教法规定解决或调处。(6)穆斯林联系交往的中心：平时忙于自身事务，礼拜时聚会一起，特别是每周的聚礼和每年的会礼时，共同礼拜，互致色兰，清真寺起到了凝聚和团结的作用。