按照印加人的宗教信仰，印加皇帝是太阳神的子孙，皇帝同他们的姐妹通婚，生下继承人，以保持太阳神血统的纯洁。瓦伊纳·卡帕克有很多儿子，皇储是他和他的合法皇后，也就是妹妹的儿子瓦斯卡尔。对于皇位继承权来说，另一位年轻的皇子曼科也很有竞争力，他是瓦伊纳·卡帕克和他的另一位妻子，他的堂妹所生。瓦伊纳·卡帕克一直致力于征服北部的基多王国，并且达到了这一目的，而且娶了基多王国最后一位国君的女儿为妃子，这位王妃为他生下了阿塔瓦尔帕。

阿塔瓦尔帕血统并不纯正，在皇位继承方面没有多少竞争力，但这并不妨碍瓦伊纳。卡帕克对他的宠爱。瓦伊纳·卡帕克的后半生一直都在基多度过，阿塔瓦尔帕就在他面前长大，跟随他征战，父子俩同住一个帐篷，同吃一个盘子里的饭菜，长年累月，积累了深厚的父子感情。到了瓦伊纳·卡帕克临终之时，他理应将皇位传给了瓦斯卡尔，但又不愿看到自己宠爱的儿子阿塔瓦尔帕日后一无所有，寄人篱下。于是他将帝国一分为二，原先印加帝国的国土由瓦斯卡尔继承，首都库兹科，瓦斯卡尔于是成为了新的印加皇帝；而新征服的基多王国的土地由阿塔瓦尔帕继承，首都基多，阿塔瓦尔帕于是成为了基多王。

在瓦伊纳·卡帕克去世后的最初几年里，两兄弟还能做到和睦相处，但俗话说：一山不容二虎称王，卧榻之侧，岂容他人酣睡。阿塔瓦尔帕野心勃勃，继续父王的征讨事业，国土不断扩大，这种扩张引起库兹科方面的惊慌，瓦斯卡尔派使臣去见阿塔瓦尔帕，对他的扩张野心提出抗议，要求对方以基多王的名义向自己称臣。阿塔瓦尔帕自然不干，他早就不甘心于偏安基多一隅，觊觎印加帝位已久，于是，兄弟俩大打出手，展开了一场帝位争夺战。

阿塔瓦尔帕的部下，都是多年跟随父亲南征北战的老兵，这些士兵是印加军队的精华；而瓦斯卡尔的部队，基本上都是临时召集起来的农民。双方的实力表面相当，实则未战已分高下。双方各自纠集军队，展开了一场血战，结果阿塔瓦尔帕大获全胜，继而，他又趁胜追击，攻克图梅班巴城，进城以后，阿塔瓦尔帕开始屠戮居民，将这座本属基多王国，后来反叛的城市夷为平地。他残酷地杀光、烧光、抢光，凡有作战能力的男子，一经抓获立即处死。为了平息阿塔瓦尔帕的怒气，一群小孩和另一群老幼都有的队伍去见他，大家手里拿着绿色树枝和棕榈叶，迎着威风凛凛的华丽轿子，恳求他不计旧仇，宽恕和恩典全村的人。大家苦苦哀求，连铁石心肠的人都会感到心软。

但是对这一切，残暴的阿塔瓦尔帕丝毫不予理会，据说，他甚至命令他的官兵把他们全都杀掉，只有几个孩子和庙宇的修女得以幸免。图梅班巴城的命运令敌人胆寒，各地守军纷纷开城投降，阿塔瓦尔帕大军长驱直入，势如破竹，直逼库兹科。瓦斯卡尔匆忙又纠集许多乌合之众来保卫首都，双方又发生一场血战，这一次，命运之神再度眷顾了阿塔瓦尔帕，他不仅在这次大会战中获胜，而且生擒瓦斯卡尔。于是他将瓦斯卡尔关押在军中，思考如何废掉他，而自己名正言顺地成为“太阳神之子”。但是，他的好运快到头了。这一年，是1532年。

西班牙人的征服

早在1528年，一个落拓的西班牙冒险家皮萨罗和他的合伙人阿尔马格罗就发现了秘鲁，这个他们梦寐以求的黄金之国。当时，他们人手严重不足，所以无法进行冒险活动，只是沿着海岸线溜了一遭，和岸上的印第安人初有接触，他还带走了几个当地人，训练他们说西班牙语，将其培养成为翻译。之后，皮萨罗回到西班牙向国王汇报这一发现，国王为神秘印加帝国的富庶所动，任命皮萨罗为总督、总司令、先遣官等职务，全权负责征服印加帝国。于是皮萨罗在西班牙招兵买马，于1532年重新在南美登陆。这支不到一百八十人的队伍想要征服偌大的印加帝国，仿佛他们是在做登天梦。但是对黄金狂热的渴望激励着每一个人得以克服重重困难，深入到神秘帝国的腹地。

皮萨罗已经得知印加帝国刚爆发了一场残酷的内战，这次内战对他来说是一次机会。他率领队伍跋山涉水，严格要求部下为了明天的利益，克制贪欲，要友善地对待印第安人，不得入室抢劫。并沿途放出消息，他们之所以到来，是为了帮助阿塔瓦尔帕打内战，西班牙人完全是友好的。

阿塔瓦尔帕当时已经获胜，他正在卡哈马尔卡城附近的军营中享受温泉洗浴的乐趣。对于西班牙人的到来，他和多数印加人一样，既感到新奇又有些恐慌。西班牙人古怪的装束，奇特的面孔和胡须，以及他们的马和能发出爆炸般声响的火枪，都让他产生一种想亲眼见识一番冲动。对于西班牙人此行的目的，他也拿捏不准，于是怀着狐疑的眼光暗中派人进行盯梢。他也许不相信这一百多人能给他的帝国带来什么冲击，于是并没有在西班牙人进军时派兵拦截他们。是呀，和他的大军相比，一百多人只不过是沧海一粟。而且，他开始相信皮萨罗先前放出来的话，认为西班牙人并没有敌意。

当西班牙人抵达卡哈马尔卡城，皮萨罗马上派出一小队人马去访问阿塔瓦尔帕的军营，对阿塔瓦尔帕说久闻印加皇帝的武功与威名，特来效劳等等，并带去了皮萨罗本人给阿塔瓦尔帕的请帖，邀请阿塔瓦尔帕访问西班牙人军营。阿塔瓦尔帕当即同意第二天对西班牙人进行回访，他做梦也没有想到，一个阴谋正在等待着他。皮萨罗早就计划好了，要把他调离大本营，然后设下埋伏圈活捉这个印加皇帝，然后通过控制他而控制整个印加帝国。

第二天，1532年11月16日，星期六，是秘鲁征服史上值得大书特书的日子。皮萨罗的军营中早就磨刀霍霍，而阿塔瓦尔帕更是猪油蒙心，他将大部分部下留在卡哈马尔卡城外，只带少数随从进城，而且不带武器。日落时分，阿塔瓦尔帕在大批臣民和随从的簇拥下进入了卡哈马尔卡，他头戴象征印加皇权的“波拉”皇冠，颈上是绿宝石项链，头上戴着各种闪闪发光的黄金饰物，坐在由大块黄金铸成的价值连城的御座上，御座安放在轿子中。他的队伍进入了城市广场，广场上不见一个西班牙士兵。于是阿塔瓦尔帕停了下来。这时，皮萨罗的随军神甫一手拿着圣经，一手握着十字架向他走来，神甫向阿塔瓦尔帕宣讲基督教教义，要他和他的臣民们皈依天主教，向教皇称臣。阿塔瓦尔帕觉得受到了侮辱，他拿过圣经随便翻了几页，便一把将它仍在地上。

这一切早在西班牙人的预料之中，神甫捡起圣经，一路小跑到皮萨罗面前，要他立刻行动，并宣布他无罪。于是皮萨罗发出了进攻的信号，早已埋伏好的西班牙士兵们从各个方向冲向广场，震耳欲聋的炮声和火枪声响起，广场上硝烟滚滚。印第安人吓得呆若木鸡，纷纷倒在西班牙人的刀剑之下。大屠杀开始了，手无寸铁的印第安人簇拥在他们的皇帝周围，用血肉之躯阻挡西班牙人的骑兵靠近阿塔瓦尔帕，他们想用徒手将骑兵拉下马来，但一切都是徒劳，他们不停地被砍死，尽管他们前赴后继，但终有死完的那一刻。天黑了，阿塔瓦尔帕终于被俘，这场屠杀中，有两千到一万印第安人被杀，尸体堆积如山，而西班牙人中只有皮萨罗一人受伤，他因为想要保护阿塔瓦尔帕不被伤害而被自己人砍了一刀。

被囚和被杀

阿塔瓦尔帕被囚于一室之内，他被俘的消息很快传遍了全国，印加军队纷纷望风溃散，或是投降被俘，沦为西班牙人的奴隶。皮萨罗命令善待阿塔瓦尔帕，使他得以在囚室内继续向臣子们发号施令，并将命令传达到外面的世界。被囚的阿塔瓦尔帕很快发现了西班牙人对黄金贪婪的态度，他希望通过满足西班牙人的贪欲来换取自由，于是他对皮萨罗说，如能获释，他将命人在屋子里堆满黄金，并用手在墙上比划，表示黄金堆到他比划的位置为止，皮萨罗命人在他比划的位置划出一道线。这间屋子长二十二英尺，宽十七英尺，那条线离地九英尺。于是，西班牙人和阿塔瓦尔帕签订了一份协议，内容大概是如能按上述条件堆满一屋子黄金，西班牙人将释放阿塔瓦尔帕。

黄金源源不断地从全国运来，但囚室中的阿塔瓦尔帕并不安心，他在惦记着自己的死对头瓦斯卡尔。瓦斯卡尔得知阿塔瓦尔帕被俘并提出以黄金赎身后，千方百计想要逃跑，并向西班牙人送信，或是企图向西班牙人送信，表示愿意出比阿塔瓦尔帕更多的黄金为自己赎身，因为阿塔瓦尔帕从未在首都库兹科呆过，不知道库兹科有多少黄金，更不知道它们都安放在什么地方。皮萨罗闻言宣称，他准备将瓦斯卡尔押到卡哈马尔卡，亲自查问两人之间的争端，以便决定何人更有权得到印加皇位。皮萨罗老奸巨猾，一开始便看到两人的内讧中自己可以坐收渔利，他想要扶植一个印加皇帝，这个印加皇帝日后将成为他们手中的工具。于是阿塔瓦尔帕坐不住了，他秘密下令处决瓦斯卡尔，据一般传说，可怜瓦斯卡尔是被活活淹死在安达马卡河中，临终时说白人会为自己报仇。

黄金日渐堆积，阿塔瓦尔帕似乎看到了希望，不过这次他又失算了，因为哪怕运来整个印加国所有的黄金，也满足不了西班牙人贪婪的胃口。日子一天一天过去，黄金运来的速度越来越慢，眼看黄金即将堆满的时候，天真或者说是糊涂的阿塔瓦尔帕还以为西班牙人的行动会为一纸协议所束缚，自己获释在即。他大错特错，西班牙人等不及了，他们撕毁了先前同阿塔瓦尔帕的协议，一面就地分赃，一面宣布将处决阿塔瓦尔帕。他被指控犯有篡夺皇位；暗杀兄长；偶像崇拜和放纵淫欲，公开实行多妻制；企图煽动起义反对西班牙人等罪名，并被判有罪，执行火刑，即活活烧死。1533年8月29日，阿塔瓦尔帕戴着手铐脚镣，被带到了刑场上。神甫跟在他后面，对他说如果肯接受洗礼，皈依基督教，他痛苦的死刑将被减轻为不那么痛苦的绞刑。阿塔瓦尔帕最后时刻同意放弃自己的宗教，受洗皈依，这位新的皈依者被命名为“胡安·德阿塔瓦尔帕”。于是他于当天被绞死，周围的西班牙人为他喃喃地念颂圣经以超脱他的灵魂。临死，他把几个幼子托付给皮萨罗，求其抚养，这是他最后的遗言。然后他嘴唇微动，似乎想要说点什么，但他什么也没有说出口，便溘然长逝。

阿塔瓦尔帕曾将一个妹妹伊内斯·尤潘基嫁给皮萨罗。皮萨罗死后，嫁给一名西班牙骑兵Ampuero，并前往西班牙定居。她与皮萨罗的女儿弗朗西斯卡·皮萨罗·尤潘基（Francisca Pizarro Yupanqui）与西班牙人生活在一起，但后来获得了王室合法继承权。弗朗西斯卡于1537年10月10日嫁给了叔叔埃尔南多， 生下一子弗朗西斯科·皮萨罗·皮萨罗（Francisco Pizarro y Pizarro）。此子曾有两次婚姻，并有一子康基斯塔侯爵（Marqueses de La Conquista）。埃尔南多死后，皮萨罗家族男嗣断绝，但康基斯塔是具有皮萨罗血统的幸存后裔。皮萨罗第三子安热利那（Angelina）是阿塔瓦尔帕的外甥，在到达西班牙之后不久便死去了，没有获得继承权。

阿塔瓦尔帕有一子二女。他的儿子名叫弗朗西斯科·阿塔瓦尔帕，早夭。其中一个女儿名叫安赫利娜，嫁给皮萨罗。

由于出身血统卑贱，大多数库斯科的印加王公贵族都歧视阿塔瓦尔帕。阿塔瓦尔帕成功夺位之后，其支持者大肆屠杀印加王公，致使印加贵族对其的歧视转为憎恶，称他为“奥卡”（克丘亚语：auca或aukka）。阿塔瓦尔帕的儿子弗朗西斯科早逝的时候，许多印加王公都非常高兴。在印加王室后裔印卡·加西拉索·德拉维加所著的《印卡王室述评》中，以大篇幅的内容描述和渲染阿塔瓦尔帕对待印加王公的残暴，并说他“罪行累累、罄竹难书”。

相传阿塔瓦尔帕在被俘虏后曾在囚室中与西班牙人对奕美洲狮棋，但也可能是对奕中东跳棋。

彼得·谢弗导演的“太阳之战”（The Royal Hunt of the Sun）描述了阿塔瓦尔帕印卡与皮萨罗之间的冲突。该剧于1964年在英国皇家国立剧场首次上演，当时阿塔瓦尔帕由罗伯特·史蒂芬斯扮演。该剧后于1969年改编为同名的电影，阿塔瓦尔帕由克里斯托弗·普卢默饰演。