道光三年（1823年），陈修园病卒，终年71岁，归葬江田。

陈修园的时代，一般医生为了应付门诊，多半只学习唐、宋以来各个医家的药书、方书，想从中找出几个治病的药方，而对祖国的医学经典著作、理论著作和《内经》、《难经》、《神农本草经》以及《伤寒论》、《金匮要略》等著作并不感兴趣。更不愿为研究这些著作而下苦功夫。

陈修园感到这股轻视中医基本理论的风气是不正常的。为了扭转这股学气，嘉庆二十四年（1819年），陈修园告老还乡，在福建省嵩山井上草堂讲学，不但把他数十年来研究这几部中医经典的体会传授给学生，而目，大力呼吁其他医学家也应对这方面的学习且加以重视。听他讲课的人很多，来自全国许多地方。

不成规矩就不成方圆，陈修圆宗于《内经》、《伤寒》等经典著作，他对古典医籍的钻研功力深厚，涉猎广泛，因此他的书籍正统，规范。他还长期从事中医的普及工作，将中医知识通俗化，为后学开启了登堂入室之门。

在医学理论上陈修园特别推崇张仲景，是维护伤寒派的中坚人物之一，也是继张志聪、张锡驹之后最有影响的尊经崇古派。在伤寒研究的争论中，他极力反对方有执、喻嘉言的“错简”说，认为王叔和重新编注的《伤寒论》已经把张仲景的学说完整地流传下来，不能随便改动和取舍。他在研究《伤寒论》、《金匮要略》方面的代表著作有《伤寒论浅注》、《金匮要略浅注》和《伤寒医诀串解》，前两书曾三易其稿，史书称其“多有发明，世称善本”。他还将《伤寒论》、《金匮要略》两书中的方剂和治法编成《长沙方歌括》、《伤寒真方歌括》与《金匮方歌括》，易于记忆、习诵，对后学理解《伤寒论》、《金匮要略》很有帮助。虽然有人说陈修园注疏古籍有独到之处，但他上述着作的广泛流传主要是因为他的研究具有深入浅出的特点，为后学者、特别是初学者研究张仲景典籍提供了入门的阶梯。

在临床治疗上，陈修园长于用温补脾肾的方法治疗杂病，不喜用寒凉滋阴的药物。如他自己所说：“寒凉之药不可久服，人人俱知也，唯滋阴降火及不凉不温之品，最是误人。余素不喜寒凉，姑以寒凉方之不可弃者列”。他虽然承认滋肾丸、四生丸、清燥救肺汤等寒凉方剂能培补生气，是治疗“痨门”(肺结核一类消耗性疾病)不可少之方，但也只能暂用。而对保元方、六君子汤、五味异功散、归脾汤、附子理中汤等温热方剂则大赞其“补虚退热，进食除疾”、“益精气，扶元气”的功效，有“补火以致水之妙”。

在北京，碰到一个叫伊去林的人患中风证（相当高血压后脑溢血），半身不遂，昏迷不醒，十多天未进食，京城的名医都没有办法。陈修园诊断后，当即开药给病人灌服，病人不但醒了过来，还逐渐恢复了健康。这件事一举轰动京城，一时找陈修园看病的人盈门塞巷，络绎不绝。

后来，有位大官强令陈修园做他的私人医生，陈修园不愿意，便借口有病，于乾隆癸丑（1793年）秋回家乡福建。嘉庆六年（1801年），他被任命担任直隶威县（今河北威县）知县。当时直隶各地农村妇女患阴挺（即子宫脱垂）的人很多，直隶臬台（按察史）付廉久闻陈修园大名，见他来到直隶任职，对他尤其敬重，多次向他请教治疗此病的方法，陈修园给他讲了这种病的病因、病理，提出了一些治疗的方法。按他的方法治疗效果很好。

陈修园著作很多，坊本有题名二十三种、三十二种、四十八种、五十种、七十二种的说法，多为开蒙普及读物，有《伤寒论浅注》、《长沙方歌括》、《金匮要略浅注》、《金匮方歌括》、《灵素节要浅注》、《伤寒医诀篡解》、《神农本草经读》、《医学三字经》、《医学实在易》、《医学从众录》、《女科要旨》、《时方妙用》、《时方歌括》、《景岳新方砭》、《伤寒真浅注》，因此影响较大。在学术观点上陈修园是典型的尊经崇古派。后世所编《陈修园医书》中不少是托名作品。

陈氏“劝读十则”，根源于清，流承至今，所论内容丰富，见解明确实用，古今皆宜。此乃启迪深思，备受人用，医术医德医患，收益久远矣。

解放前，虽然各地设立了一些私立中医学校，但能人学人数不多，可是读陈修园书而当医生的甚多。中国当代的一些著名老中医，也有不少是从陈修园的书开始学医的。由于陈修园的书畅销各地，买的人很多，书商为谋取厚利，以假乱真，把其他医家的书也印上他的标签，故有陈修园医书三十二种、四十八种、五十种、七十二种之说。

陈修园是遵经派，明白《黄帝内经》的重要性：“夫医家之于内经，犹儒家之于四书也。日月江河，万古不废”。在医学教育方面，陈修园特别强调启蒙教育的重要定向作用：“医学之始，未定先授何书，如大海茫茫，错认半字罗经，便入牛鬼蛇神之域”，“入门正则始终皆正；入门错则始终皆错”。因此，《南雅堂医书全集》具有以《黄帝内经》、《神农本草经》为基础，以《伤寒论》、《金匮要略》为中心，博采众家之所长的整体结构。这套书内容比较完备，包括了经典的基础理论，诊断、方剂、药物和各种病症的治疗；写法上深入浅出，又多从临证需要出发，切合实用；文字清新流畅、浅显通俗，且多赋以韵脚，或作成歌括，易读易记。因此这套书利于自学，是中医普及教育的理想教材。无怪其问世以来便广为流传，近两百年中好评经久不衰，对中医教育的普及起到了很大的推动作用。

《南雅堂医书全集》的巨大成功，除了上述的内容、写法和文字的因素外，还有一个重要的、甚至可能是最重要的因素，那就是作者济世救人的诚心和著书的态度。如前所述，作者的好几本书都是由于自己在大面积救治病人时，痛心于庸医误人的现状而起心撰写的。而作者对于写书的严肃态度和无私奉献的精神也使人感动并堪作后学的楷模。

据陈修园的儿子陈元犀说，他父亲病危时十多天水米未沾，他已经为父亲准备了后事。中秋那天半夜过后，他父亲又稍微清醒些了，每天早晚可进一茶杯的水或食物。于是就对他说：我这几年所写的书还不完备，比如霍乱、吐泻两条也须重新补写，应该采用张仲景的理中汤和孙思邈的治中汤，“以正群言之失，亦以见古人立法之纯”。他把自己在人间的最后光阴，都投入到自己留给后人的书上，其诚可感、精神可嘉。

《南雅堂医书全集》是在同治四年(1865年)首刻刊行的，接着就有二、三十家书商翻印。在不断翻印的过程中，书商们就逐渐加入他人的医书，混杂其中，于是从《陈修园医书十六种》变成了二十多种、三十多种、…最后多至七十二种！在加入的医书中，有的是名家的著作，比如王孟英的《霍乱论》和竹梅居士的《急救经验良方》，有许多是无名氏的著作。这个现象从一个角度证明了《南雅堂医书全集》在当时流传之广。不但学医的人争购，连许多不学医的人也要买一套放在家里，作为保健常识书来翻阅。

到了清代，历代中医典籍已经汗牛充栋，授徒的中医们各自凭自己的经验和理解选择授徒的课本，官方并无统一的教材。乾隆四年(1739年)，一批医家在乾隆皇帝的御召下用三年的时间编撰成了《医宗金鉴》。这是一套大型的医学丛书，共有48册，内容包括基础理论和各科的疾病治疗方法。这套书平正朴实，强调基础和应用，是官方出版的医学教材，也是皇家的太医院医学考试的标准参考书。这套书出版时(1742年)，陈修园还没有出生。因此，陈修园的《南雅堂医书全集》是在《医宗金鉴》这样一套权威著作的对比中脱颖而出、成为中医历史上最有影响力的个人专著的。

1984年8月，全国陈修园学术研讨会在长乐召开，来自全国各地医学专家80余人专程前来参加会议。同年9月，长乐县中医院改名为陈修园医院，进门就见到陈修园半身铜像，面容慈祥。2003年，古槐镇董奉草堂内修建“南雅堂”纪念馆，供游客瞻仰。

陈修园墓在长乐江田镇溪湄村，墓碑上书：“清大尹陈修园之墓”。1981年，长乐县文化局与卫生局联合拨款重修陈修园墓。1985年，福建省人民政府公布为省级文物保护单位。