陈寿幼年非常贫困，捡到别人丢失的金钱，坐守至半夜，归还给他的主人。补卫学生，师从同乡贺钦。

成化元年（1465），考中举人。

成化八年（1472），考中进士。

成化十年（1474），授户科给事中。巡视宣府、大同边防，弹劾不法的镇守太监。又曾弹劾万贵妃的兄弟及宦官梁芳、僧人继晓，被打入诏狱。得到释放

成化二十二年（1486），转任左给事中。

成化二十三年（1487），升任都给事中

弘治元年（1488），王恕任吏部尚书，擢陈寿为大理寺丞。刘吉怀恨王恕，让御史弹劾陈寿不习刑名，希望以此让王恕得罪。结果陈寿调任南京光禄寺少卿。历任南京鸿胪卿。

弘治十三年（1500）冬，任右佥都御史、延绥巡抚。火筛数次袭扰边境，前任镇巡官俱得罪罢官。陈寿至，收集军情，广布间谍，分布士马为十道，使互相应援，军势始振。次年，诸部大举入侵，先以百余骑前来诱战。诸将请求出击，陈寿认为不可。陈寿自出帐，拥数十骑，据胡床指麾饮食。敌军望见，十分怀疑，于是退兵。诸道袭击，斩获甚多。朝廷刚刚派遣苗逵等率重兵至，而陈寿已经奏捷。明孝宗嘉奖了他，加录一等。苗逵欲乘胜直捣敌巢。驻军延绥日久，战马三万匹日费刍菽数量极多。陈寿请求出牧近塞，就地食用水草，众人有难色。陈寿跨马先行，众人皆从之，省费数十万。取得胜利时，有人劝陈寿加上子弟的名籍，陈寿说：“吾子弟不知弓槊，宁当与血战士同受赏哉？”没有同意。