嘉庆十四年（1809）任会试同考官，京察一等，记名御史。

嘉庆十五年（1810年），父亲病逝，陈寿祺连夜赶回家，为奉养老母，从此决定不再出仕，此时仅40岁。

嘉庆十七年（1812），福建巡抚张师诚入朝，皇帝命将御制《全史诗》带回交学者编定，张师诚请陈寿祺主持，陈寿祺如期完成，编定中颇有独到见解。孝服满后，陈寿祺到泉州主讲清源书院，历10年，以经学教授诸生。当时，清源书院常成为过境官员的旅舍，影响学业，陈寿祺致函督、抚请禁，并要求通饬本省各府、州、县，不得再以书院招待过往官员，此风遂绝。

道光二年（1822），陈寿祺丁母忧回里，服满，主讲福州鳌峰书院达10年。在此，陈寿祺首重考核学生品行，其次才是考该课文。并订立规章，整肃课程，厉行儒家的传统思想教育，并作《义利辨》《知耻说》《科举论》3文，传示诸生。10年中造就不少人才，其中著名者有诗人张际亮、史学家王捷南、理学家梁文等。

陈寿祺还关心家乡的建设和文化事业，如赈济福州贫民，兴修东湖、西湖和莆田木兰陂，都由陈寿祺主持或协助办理。福州贡院修建已及百年，陈寿祺建议闽浙总督孙尔准、巡抚韩克均募款修建，增添号舍，加高围墙，仅6个月完工。

陈寿祺热心宣扬本省的先贤和良吏。道光四年（1824），陈寿祺联合士绅，呈请督、抚将黄道周从祀孔庙，并为之刊行《黄忠端集》66卷。

嘉庆（1796～1820）末年，福建布政使李庚芸居官清正，因对总督汪志伊和巡抚王绍兰的官僚作风不满，遭诬陷迫害，以致自缢身死。陈寿祺深为不平，动员生员林天光等向钦差呈诉，使李庚芸的冤案得以平反，汪志伊、王绍兰被罢官。

陈寿祺关心修志工作，《福建通志》自乾隆三十三年（1768）修成续志以后，已过60多年未曾修纂，地方文献散失甚多，而康熙志和乾隆正、续两志又存在一些错误。陈寿祺建议地方当局，把修缮贡院的余款2万余缗作为修纂新志的费用。当局接受其建议，并请陈寿祺担任总纂。

道光九年（1829），通志馆开局，陈寿祺为通志创立义例，并自撰《形势》《山川》二门和《儒林》《文苑》后传。编撰新志3年中，陈寿祺患病日渐沉重，仍抱病修订稿本。

道光十四年（1834），《福建通志》即将完成之时，陈寿祺已耗尽心力，于是年二月二十日病逝福州黄巷家中。

有子陈乔枞。

陈寿祺对经学深有研究，福建经学自清初的李光地、官献瑶以来，多崇尚宋明理学，空谈心性。陈寿祺初从孟超然学习，颇受宋儒影响，后来师事阮元，又接触钱大昕、段玉裁等朴学大师，便专学汉儒治经，改以汉学解释经义。生平精于今文，而于义理、名物又能融会贯通，成为有清一代经学名家。主要经学著作有：《五经异义疏证》3卷、《尚书大传定本》3卷、《左海经辨》4卷、《洪范五行传辑本》3卷、《欧阳夏侯经说考》1卷、《鲁齐韩诗说考》3卷、《礼记郑读考》4卷、《说文经诂》2卷。

陈寿祺主纂的道光《福建通志》原稿共400卷，其中《地理沿革志》《金石志》《方言志》《列传》及陈寿祺自撰的《形势志》《山川志》，都广征博采，丰赡翔实，堪称力作。陈寿祺去世后，该志稿因纠纷，推迟至同治间(1862～1874年)才出版，且卷数有所减少，但仍多有超轶前志之处，甚为后世所推许。

陈寿祺能文工诗，其遗作有《左海文集》10卷、《左海诗集》6卷、《东越文苑儒林后传》2卷。

嘉庆四年（1799）进士，授编修，充文渊阁校理。嘉庆十四年（1809）丁忧归，遂不复出，辞官归乡。家境清寒，不久父母命复入都，历任广东、河南乡试考官，会试同考官。后阮元聘其到“诂经精舍”任教习，后又主泉州清源书院、鳌峰书院讲学，研究宋明理学。擅长辑佚古籍，喜收藏，所聚书有8万卷，藏书楼名“遂初楼”、“小琅环馆”。保管甚严，外人不能借读。曾编撰有《小琅环馆书目》，已不传。旁室中藏有《左还诗文集》刻板、《经解》《波山志》等印版。曾说：凡献未刊之古籍者，当加倍重奖。所以他收藏的珍善本图书，多闽中藏书家所未有。著述颇富，有《五经异义疏证》《今文尚书经说考》《齐鲁韩三家诗遗说考》《左海骈体文》《东粤儒林文苑后传》《东观存稿》《左海诗文集》《遂初楼杂录》等10余种。

陈寿祺，字恭甫，闽县人。少能文。年十八，台湾平，撰上福康安百韵诗并序，沉博绝丽，传诵一时。嘉庆四年成进士，选翰林院庶吉士，散馆授编修。寻告归，性至孝，不忍言仕，家贫无食，父命之入都。九年，充广东乡试副考官。十二年，充河南乡试副考官。十四年，充会试同考官，京察一等，记名御史。寿祺以不得迎养二亲，常愀然不乐。将告归矣，俄闻父殁，恸几绝，奔归。服除，乞养母，母殁，终丧。年五十三，有密荐於朝者，卒不出。

寿祺会试出朱珪、阮元门，乃专为汉儒之学，又及见钱大昕、段玉裁、王念孙、程瑶田诸人，故学益精博。解经得两汉大义，每举一义，辄有折衷。

两汉经师莫先於伏生，莫备於许氏、郑氏，寿祺阐明遗书，著《尚书大传笺》三卷、《序录》一卷、《订误》一卷，附《汉书五行志》，缀以他书所引刘氏《五行传论》三卷。序曰：“伏生《大传》，条撰大义，因经属恉，其文辞尔雅深厚，最近《大、小戴记》七十子之徒所说，非汉诸儒传训之所能及也。康成百世儒宗，独注《大传》，其释《三礼》，每援引之。及注《古文尚书》，《洪范》五事，《康诰》孟侯，文王伐崇、戗耆之岁，周公克殷、践奄之年，咸据《大传》以明事，岂非闳识博通信旧闻者哉？且夫伏生之学，尤善於《礼》，其言巡狩、朝觐、郊尸、迎日、庙祭、族燕、门塾、学校、养老、择射、贡士、考绩、郊遂、采地、房堂、路寝之制，后夫人入御，太子迎问诸侯之法，三正之统，五服之色，七始之素，八伯之乐，皆唐、虞、三代遗文，往往《六经》所不备，诸子百家所不详。今其书散逸，十无四五，尤可宝重。宋朱子与勉斋黄氏纂《仪礼经传通解》，攟摭《大传》独详，盖有裨《礼》学不虚也。《五行传》者，自夏侯始昌，至刘氏父子传之，皆善推旤福著天人之应。汉儒治经，莫不明象数阴阳，以穷极性命。故《易》有孟、京卦气之候，《诗》有翼奉五际之要，《春秋》有公羊灾异之条，《书》有夏侯、刘氏、许商、李寻《洪范》之论。班固本《大传》，揽仲舒，别向、歆，以传《春秋》，告往知来，王事之表，不可废也。是以录《汉书五行志》附於后，以备一家之学云。”

又著《五经异义疏证》三卷，《左海经辨》二卷，《左海文集》十卷，《左海骈体文》二卷，《绛趺堂诗集》六卷，《东越儒林文苑后传》二卷，《东观存藁》一卷。

寿祺归后，阮元延课诂经精舍生徒。元纂群经古义为《经郛》，寿祺为撰条例，明所以原本训辞、会通典礼、存家法而析异同之意。后主泉州清源书院十年，主鼇峰书院十一年，与诸生言修身励学，教以经术，作《义利辨》《知耻说》《科举论》以示学者。规约整肃，士初苦之，久乃悦服。家居与诸当事书，於桑梓利弊，蒿目痗心，虽触忌讳无所隐。明儒黄道周孤忠绝学，寿祺搜辑遗文，为之刊行。又具呈大吏，乞疏请从祀孔庙，议上，如所请。道光十四年，卒，年六十四。