2023年3月2日，在上海逝世，享年94岁。

20世纪50年代，陈庆云系统研究六氟丙酮的反应，开创了含氟酮化学；1960年—1965年，和蒋锡夔一道研制含氟烯烃和相关氟材料；1975年开始，应国家需要研制电镀铬雾抑制剂，成功研制出新型铬雾抑制剂全氟烷基醚基磺酸钾盐F-53，被中国千余家电镀厂使用；1980年起，利用F-53生产过程中的各种原料和产物，系统研究了全氟和多氟磺酸及其衍生物化学，发现许多特殊性质和反应。系统研究了全氟卤代烷的单电子转移反应，为有机氟化物的合成提供了多种有效途径，将当代有机化学最重要理论之一的单电子转移反应引入并发展了氟化学；2000年起，将氟化学和卟啉化学结合，系统研究了各种氟烷基卟啉的合成、反应和性能，推动了氟烷基卟啉的研究和应用。

据2022年9月中国化学会官网显示，陈庆云先后合成和发现了14种二氟卡宾新前体，并通过对二氟卡宾的研究，发展了8种有效实现三氟甲基化的新试剂和体系。其中代表性的氟磺酰基二氟乙酸甲酯（FSO2CF2COOMe）是被广泛高效实用的优良三氟甲基化试剂，被称为“陈试剂”。

据2022年9月中国化学会官网显示，陈庆云在中国国内外杂志期刊上已发表论文300余篇，其代表论著有《由氟砜基二氟甲基乙酸甲酯形成二氟卡宾和氟砜基二氟甲基阴离子》《大气臭氧层破坏和CFCs替代物》《丙烯酸氟醇酯的合成》《自由基链式亲核取代反应（SRN1）的进展》《抑铬雾剂F-53的研制带动了有机氟化学的发展》等。

据2022年9月中国科学院上海有机化学研究所官网显示，陈庆云曾获省部级以上奖励8次，其中国家自然科学二等奖1次、三等奖1次，国家发明三等奖1次。

据2022年9月中国化学会官网显示，陈庆云已培养硕士生、博士生、博士后50余名，其中多人已成为科研骨干或学术带头人，如上海应用技术大学教授刘超等都是陈庆云的学生。

陈庆云出生于沅江的一个农民家庭，虽然生活艰苦，但陈庆云的父母坚持供他读书。陈庆云小学毕业时，时任校长给他寄语：“你很聪明，切不要见异思迁，你将来会有出息。”这句话激励了陈庆云一辈子。之后从中学修习化学课程开始起，他对化学产生了浓厚的兴趣。

陈庆云的妻子是虞芝芬，两人育有一子一女，陈丰（儿子）、陈晓（女儿）。

“他（陈庆云）严谨治学，造诣精深；他为人师表，桃李满园，我们要学习、弘扬他做人、做学问，求实、求是、求真的精神。”（中国科学院评）

“陈先生（陈庆云）一直用满腔的热情在科学道路上不断探寻，任务带学科，学科促发展，为中国有机化学学科、国防建设、氟工业和上海有机所的发展作出了重要贡献。”（有机化学家丁奎岭院士评）

“陈庆云是中国有机氟化学领域的创始人之一，为中国氟化学和氟工业的发展做出了突出贡献，为中国国家环保节能事业做出了重要贡献。”（中国科学院上海有机化学研究所评）

陈庆云研究了全氟磺酸化学，基于对二氟卡宾化学的研究，合成和发展了多种能高效实现三氟甲基化的试剂和体系，应用最广的氟磺酰基二氟乙酸甲酯被称为“陈庆云试剂”。