1950年3月，中央研究院和北平研究院合并，改名为中国科学院，并在上海成立分院，陈芳允在生理生化研究所任技正，在此期间，陈芳允为神经生理学研究完成了一套电子仪器（包括电刺激器、直流放大器及显示设备等），这是国内在生物电子学方面研制的第一套设备。

1951年，加入九三学社。

1953年，调北京，主持中国科学院电子学研究所筹备处工作。1954年并入物理研究所，组建成电子研究室，陈芳允任该研究室主任。

1955年，陈芳允晋升为研究员。

1956年，陈芳允参加国家12年长期科学规划制定工作，并参加了新电子所的筹备工作。

1957年，原苏联发射的世界第一颗人造地球卫星上天，陈芳允对卫星进行了无线电多卜勒频率测量，计算出了卫星的轨道参数。

1958年4月19日，日环食带经过海南岛南端，是最好的观测太阳射电辐射的机会，当时中苏组成联合观测队，陈芳允作为中方领队和天文学家王绶琯及原苏联科技人员共赴海南得到观测结果。回京后，陈芳允协助王绶琯创立了射电天文研究工作。

1958年，他开始从事脉冲技术研究工作。提出并完成纳秒级窄脉冲采样示波器的研制，把采样示波器做成可以携带使用的仪器。1963年研制出国际领先的纳秒脉冲采样示波器。

1960年，参加论证并提出了原子弹试验用的多道脉冲鉴别器的试制方案，三年后，与同事研制了出原子弹爆炸测试用的多道脉冲分析器，交原子弹试验场使用。

1964年，他和研究室的技术人员为空军研制出机载抗干扰雷达，由电子部工厂制造，装备了大量的歼击机。这是中国第一次在飞机上使用单脉冲体制的雷达。

1965年，陈芳允开始参加空间技术工作，担任卫星测量、控制的总体技术负责人，制定了中国第一颗人造卫星——“东方红1号”的测控方案以多普勒测量为主，并在卫星入轨点附近的地面观测站设置雷达和光学设备加以双重保证。为此，他除总体设计外，还参加了设备研制和台站建设工作。

1967年，调到国防科委第26基地，从事卫星地面测控网的研制和建设工作。

1970年，陈芳允研究了美国阿波罗登月飞船所用的微波统一测控系统后，他针对通信卫星的测控要求，设计了新的微波统一系统，后被国防科委和卫星总体负责人孙家栋采纳。两套统一测控系统研制成功，为中国通信卫星发射成功起了重要作用。此项目与通信卫星获得了国家科技进步特等奖，陈芳允为主要获奖者之一。

1976年，调国防科委测量通信总体所任副所长，同年参加中国人民解放军。

1977年，加入中国共产党。

1984年，调国防科工委科技委任常任委员。

1985年，被选为国际宇航科学院院士。

1986年3月，他与王大珩、杨嘉墀、王淦昌一起提出了对中国高技术的发展有重要意义的建议，制定了中国高技术发展的“863计划”。

1988年后为国防科工委顾问。

1991年，被选为国际宇航联合会副主席。

1992年，陈芳允提出地球环境观测小卫星星座的系统方案。

1993年12月15日，与姜岩讨论给江泽民关于纳米技术的报告。

1996年11月，妻子沈淑敏去世，沈淑敏是中国科学院生物物理研究所研究员。

1997年4月7日至10日，陈芳允与杨嘉墀、王大珩、王淦昌三位院士以“863”计划的名义发表了《中国月球探测技术发展的建议》。

1999年，陈芳允被授予“两弹一星”功勋奖章。

2000年4月29日，84岁的陈芳允因运动神经元病中枢性呼吸衰竭去世。

陈芳允是中国卫星测量、控制技术的奠基人之一。1957年，原苏联发射第一颗人造卫星时，他即对卫星进行了无线电多卜勒频率测量，并和天文台的同志一起，计算出了卫星的轨道参数，该方法成为以后中国发射人造卫星所采用的跟踪测轨的主要技术之一。

1965年，中国第一颗人造地球卫星研制工作正式启动。陈芳允担任了卫星测量总体技术负责人。当时，卫星测量在中国是一个全新的技术领域，特别是对卫星的跟踪观测到底采用哪种手段和方案，中国还没有经验。为此，陈芳允带领技术人员深入研究，大胆实践，反复论证。陈芳允不仅主持了技术方案的设计，还参加了设备研制和测量台站的建设工作。经过他与其他技术人员实地考察，分别在新化、南宁、昆明、海南设立了四个多普勒测量站。1970年4月24日，中国第一颗人造卫星“东方红一号”发射升空，地面观测系统很快抓住目标，进行持续跟踪、测量与计算，及时预报了卫星飞经世界各地的时刻。由陈芳允主持完成的卫星测量方案非常有效，不仅圆满完成中国第一颗卫星测量任务，而且为中国卫星测控网的建立奠定了基础。

随后，陈芳允参加了中国回收型遥感卫星测控系统方案的设计和制定工作。那时正值“文革”时期，陈芳允被下放到陕南一工厂进行“锻炼”“改造”，在此期间，陈芳允设计完成了遥感卫星的测控系统方案，为中国第一颗遥感卫星成功回收作出了重要贡献。

1977年，中国建造了“远望号”航天远洋测量船，成为继美、苏、法之后第四个拥有航天测量船的国家。由于船上多种测量、通信设备，光天线就有54部，各种设备间电磁干扰严重，影响了正常工作。陈芳允利用频率分配的方法，解决测量船上众多设备之间的电磁兼容问题，使各种设备得以同时工作而互不干扰，成功地解决了“远望号”船电磁兼容这一重大技术难题，并在中国向太平洋发射运载火箭试验中首次得到验证。

1970年4月，中国发射第一颗人造卫星成功后不久便提出发射同步定点通信卫星的计划。当年年底和1971年年初，陈芳允经过详细的调研和计算，提出了用“微波统一测控系统”来作为通信卫星发射和定点保持时的跟踪、测轨、遥测和遥控，而不必将它们分为独立的系统以完成各自的功能。统一系统大大节省卫星载荷的体积和重量，特别是星上天线的数目，同时也大大节省了地面设备的规模和投资。类似的微波统一系统曾成功地应用于美国阿波罗登月飞船的测控，但陈芳允提出的系统并非阿波罗系统的翻版，而是适用于同步和中低轨道卫星的、各项功能更加合理安排，可以同时工作而互不干扰的系统。他的建议得到了卫星测控部和国防科学技术委员会领导的批准和支持。后来他和测量通信总体所的人员与航天部空间研究院的科技人员密切合作，进一步精心设计，使这一系统更为完善。他们对设备的研究付出了艰辛的劳动，协调了卫星应答机和地面系统之间以及地面各分系统之间的关系。两套微波统一系统在80年代初期制成后被安装在陕西的渭南和福建的沙县，它们对1984年和以后中国通信卫星的发射起了极为重要的作用。

1983年，陈芳允和合作者提出利用两颗同步定点卫星进行定位导航的设想，这一系统称为“双星定位系统”。这个系统由两颗在经度上相差一定距离（角度）的同步定点卫星，一个运行控制主地面站和若干个地面用户站组成。主地面站发信号经过两颗同步定点卫星到用户站；用户站接收到主地面站发来的信号后，即作出回答，回答信号经过这两颗卫星返回到主地面站。主站—两颗卫星—用户站之间的信号往返，可以测定用户站的位置。然后，主地面站把用户站的位置信息经过卫星通知用户站。这就是定位过程。主地面站和用户站之间还可以互通简短的电报。

2000年10月随着2颗北斗导航实验卫星的成功发射，标志着中国拥有自主的卫星导航系统了。是继美国第一个拥有全球卫星定位系统（GPS），苏联第二个拥有全球导航卫星系统（GLONASS）后，中国成为世界上第三个拥有卫星导航系统的国家，美国GPS系统历时16年，耗资120亿美元，由24颗卫星组网，而中国的北斗系统只由两颗卫星组成，在经济上更划算，而且中国的北斗系统某些功能超过美国的GPS，北斗系统它同时具备定位与通讯功能，不需要其他通讯系统支持。

1986年3月，陈芳允与王大珩、杨嘉墀、王淦昌一起提出了对中国高技术的发展有重要意义的《关于跟踪研究外国战略性，高技术发展的建议》，在邓小平的亲自批示和积极支持下，国务院在听取专家意见的基础上，经过认真研讨、论证，制定了《国家高技术研究发展计划纲要》，拨款100亿元，选择生物、航天、信息、激光、自动化、能源、材料等7个技术领域的15个主题项目，制定了中国高技术发展的“863计划”，为中国高技术发展开创了新局面。

提出并于1980年参与完成微波统一测控系统，成为支持中国通信卫星上天的主要设备，获1985年国家科技进步特等奖。

1988年因航天测量船上电磁兼容问题的解决，获国防科技进步一等奖。曾荣获国防科工委先进科技工作者标兵称号。

1999年9月，与钱学森、钱三强、邓稼先、王大珩等共23人一起获两弹一星功勋奖章。

陈芳允兼任国防科技大学教授和博士生导师，并被聘任为中国科技大学和北京大学的兼职教授。

陈芳允是中国人民政治协商会议第三届、第四届全国委员会委员，第四届和第五届全国人大的中国人民解放军代表。是中国电子学会、中国计量测试学会和中国宇航学会的理事。

陈芳允5岁时开蒙，开始读《论语》、《孟子》。1928年秋，12岁的陈芳允进到黄岩县立中学，他是一个尊师好学的学生，当时他的国语、数学、英语等主要课程成绩优秀，从这时起，他打下了良好的学习基础。

在初三快毕业时，陈芳允在毕业纪念册上写了一篇题为《送秋》的小文章。这篇文章坦诚地谈出了他对人生的看法。他认为送秋不送秋无所谓，对一个人来说是秋还是春、夏、冬季都要努力，不能虚度。

1931年夏，15岁的陈芳允考进上海浦东中学高中部，进入高中没几天，就碰上了“九·一八”事变，陈芳允积极参加上海学生运动，抵制日货游行，上南京请愿，后请愿学生被蒋介石派兵押上火车送回上海。同样是“863”计划发起人之一王淦昌在1920年，也在上海浦东中学读书。

1934年，18岁的陈芳允高中毕业，7月份大学考试即将开始，陈芳允报考了当时的上海交通大学与北京清华大学，由于两所大学试卷不一样（交大的试卷考题多，内容繁杂；清华试卷难度虽大，但题目少而且灵活，这样的题风刚好对陈芳允的学习路子），所以上海交大落榜，清华榜上有名。

考入清华的机械系，当时上的第一堂国文课就是由著名文学家朱自清讲授。陈芳允在机械系读一年后，对机械不感兴趣，却对物理课产生了浓厚的兴趣。在物理课上，每周小考一次的物理成绩他总是优秀，物理课的期终考试成绩他得了最佳，分数为S+。那个时期，清华大学的考试成绩采用5分制的计分办法，S表示佳，S+当然就是最佳了。有了这优异的成绩加上物理课对陈芳允的强大的吸引力，他下决心做出了转换专业的选择，后他转换专业进入物理系，投在著名物理学家吴有训门下。吴有训在教学过程中，也已经注意到这个物理成绩优异、又心灵手巧的学生陈芳允。他虽然不大爱说话，但做起实验来有板有眼、井井有序。他发现这个学生的眼睛非常专注地观察他的实验，不放过任何一点细节，不仅一丝不苟地做记录，而且善于动脑子提出问题。吴教授打心眼里喜欢这样的学生，所以当陈芳允提出想转换专业的请求时，得到了吴有训的大力支持。当时，物理系在清华是很难进的，因为陈芳允的普通物理课学的好，吴企孙等任课老师都很赏识他，因此在转系时被物理系所接受。陈芳允把对恩师的感谢深深埋在了心底，不断激励自己努力学习。

1939年，陈芳允结识了身材小巧玲珑，漂亮活泼沈淑敏，他觉得爱情悄悄钻进了他的心里。可是他不太善于同姑娘打交道。他过于文静，缺少其他男青年那种主动进攻的热情劲。一天，大家到吴有训教授家里去玩，吴有训说：“在我家吃顿家常便饭，谁有拿手好菜就献上来。”陈芳允立刻接上吴教授的话：“做饭谁不会呀！大家尝尝我的手艺。”说着卷起袖子就开始干。这一举动，使沈淑敏一下子注意到陈芳允。

印象之深，直到50年后的金婚，沈淑敏还清楚地记得那一幕。可惜，金婚时的沈淑敏猛然发现陈芳允做饭的本事已经退化得连煮面条都不会了。

1948年5月，陈芳允从英国回国。在上海不愿为国民党打内战出力，拒绝航空委员会调派去上海机场工作，同妻儿回黄岩老家，受到工厂记大过处分。10月，正值淮海战役期间，航空委员会调陈芳允去南京工作，他不愿帮国民党政府打共产党，跑回湖州找当医生的岳父为他拔去一个脚趾甲，造成假伤，回到上海住进医院里。

上海解放前夕，在地下党的领导下，陈芳允参加维持秩序的革委会，劝阻中央研究院的科技人员不要跟国民党去台湾。

有人说：要记住陈芳允，只需记住他的两个特点就行：一是自己给自己理发，二是自己给自己缝补衣服。陈芳允的头发长了，从来不去理发店。他说，去理发店太费时间，不是理发师傅等你，就是你等理发师傅，有时一等就是半个小时，结果还未必满意。所以不知从什么时候开始，他练出了一手绝活儿——自己给自己理发。陈芳允的另一招是自己给自己缝补衣服。由于他的祖父是有名的裁缝，所以他从小便与针线打上了交道。就是在81岁高龄，一旦衣服烂了需要缝补，只凭一种感觉和经验，他仍能将手中细细的线轻松地穿进那个小小的针眼。

陈芳允对工作是高标准，对生活却是低标准。他病逝后，在他家里，看不到一件像样的家具，连褪了色的布窗帘也舍不得换。但他为我们国家所须所做的贡献却是用金钱无法衡量的，从863计划的提出到2000年，十五年，“863”计划15年中获国内外专利2000多项，发表论文47000多篇，累计创造新增产值560多亿元，产生间接经济效益2000多亿元。

作为黄岩中学毕业的校友，陈芳允对黄岩中学怀有特殊的感情，对黄岩中学的发展非常关心，1995年6月5日，陈芳允为黄岩中学题词：愿黄岩中学发展、提高，为家乡及全国培养出高质量的人材。

在1999年住院期间，陈芳允以《漫漫人生路拳拳报国心》为题，给他少年时黄岩中学的同学王克晟（黄岩中学的老师现已退休，也是王有器老师的父亲）写了一封信，信中讲述了自己的人生经历，自己思想观念的发展历程，以及自己工作的情况，并希望自己的经历能对母校的学生起鼓舞作用。这封信后来在黄岩中学2000年1月的校报《清献园》上全文登载出来。此时的陈芳允已经病的很重，但他还特意托人给他的母校黄岩中学随信寄来2000元钱，表示支持母校建设的一点心意。这是陈芳允一生中写的最后一封长信。

陈芳允对黄中的学子怀有殷切希望，以自己的人生经历告诫我们的同学：人生道路的选择，思想观念的发展起着根本的作用。

1《无线电电子学的新发展》科普出版社，1963（1979年内蒙古出版社再版）。

2《计量测试技术在空间测控系统中的重要作用》中国宇航学会计量测试年会上的报告，1981。

3《空间统一测控系统设计中的几个问题》中国电子学报，1985。

4《全数字通信技术》中国通信学会特刊：新的技术革命与中国通信，1984.4～10。

5《太平洋地区国家卫星发射与测控技术发展与合作的前景》（英文），国际宇航联学术会议上的报告，1986。

6《发展中国的星基定位通信系统》中国空间科学技术，1987。

7《中国航天技术发展与技术科学》中国科学院院刊，1986。

8《中国航天测控网及其在国际合作中的作用》（英文），国际宇航联学术会议上的报告，1988。

9《关于建设中国灾害测报监控系统的建议》中国科学院地学部灾害防治讨论会上的报告，1990。

10《卫星测控手册》科学出版社。

陈芳允同志的一生，是追求科学、艰苦奋斗的一生，是全心全意为人民服务的一生，是无私奉献、鞠躬尽瘁的一生，是献身国防科技事业并做出重要贡献的一生。他崇高的革命理想，优秀的道德品质，强烈的创新精神，严谨的治学态度，永远是我们学习的楷模。他所展现的一位中国优秀知识分子的高尚风范，永远镌刻在我们心中。（曹刚川原国防部部长）

陈芳允同志为我国第一颗人造卫星的准确测量、预报作出了重要贡献。（中国科学院）

2010年6月4日，一颗由中国科学家发现国际永久编号为10929号的小行星1998CF1，经国际天文学联合会小天体命名委员会批准，由国际天文学联合会《小行星通报》第43191号通知国际社会，正式命名为“陈芳允”星。