更新时间：2024-06-23 16:31
宋绍兴二十一年（1151年），显宦吏部尚书颜师鲁奏请为吴本立庙。颜发献地建庙，供奉保生第三大帝，称东庙。嘉定二年（1209年），颜唐臣外孙——新科进士杨志为东庙撰立碑记。淳祐元年（1241年），宋理宗诏改慈济庙为慈济宫。
元大德年间（1297~1307年） ，乡贡进士颜贵来重修青礁慈济宫。
清康熙三十六年（1697年）， 由颜氏裔孙颜仲、颜英劝缘重建，并得到印尼华侨捐助。嘉庆十九年（1814年）， 颜氏裔孙劝募重修。咸丰四年（1854年）， 颜可大主持重修。光绪二十二年（1896年）， 大规模重修，捐款总额银27109元，捐助者涉及海内外同祀庙宇及信众。
1966~1975年，青礁慈济宫部分建筑被毁，宫殿充种蘑菇，荒废破落。
1980年5月，厦门市文物管委会普查东宫，发现《吧国缘主碑记》等重要遗存。
1985年8月，青礁慈济东宫理事会成立。
1989年，台湾台中市元保宫管委会捐款人民币130余万元，重建青礁慈济宫后殿及主殿，至1991年竣工。
2000年，经国家文物局批准，按历史原状修复魁星楼和武圣楼。
2003~2004年，厦门市海沧区政府投入1700余万元，对东宫环境进行大规模改造。
青礁慈济宫重建于清初，系重檐歇山顶砖石木结构三进建筑，坐西朝东，建筑面积1305平方米。中轴线自东向西逐渐增高，前殿重楼，由檐廊、门厅和钟鼓楼组成；中殿为正殿，由数十根巨大的石柱支撑，其中有十二根盘龙大石柱，在福建省的古宫殿石雕中较为罕见。其中二根花瓶形柱，二十多根八角形对联大石柱，雕刻着东宫史实和吴真人伟绩，内供吴真人神像，殿前有拜亭。后殿重建于1989年，内供佛道诸神。三殿由两侧廊庑通连。
青礁慈济宫内保存大量珍贵的石雕、木雕、彩绘艺术品，还保存有清康熙三十六年（1697年）、嘉庆十九年（1814年）、咸丰四年（1854年）和光绪二十二年（1896年）四方重修碑记。正殿上方后侧“真人居所”题字为明代大书法家张瑞图手迹。宫庙西北侧山上的丹井、丹灶和石臼，则是吴本当年采制药草使用过的文物。
青礁慈济宫前殿宫埕两旁，共两尊宋代门臼狮，石狮总高0.83米，长1.42米，底部宽0.6米，呈伏卧状，狮身有槽、卯等是古建筑的石构件，被称为“门臼狮”。
真人居所位于青礁慈济祖宫正殿上方后侧，题字为明代大书法家张瑞图手迹。
连战题词位于青礁慈济祖宫正殿内，为前台湾国民党主席连战先生于2006年首届慈济文化节之际提词“普济群生”，具有珍贵史料价值。
吴夲（979~1036年），字华基，号云冲，出身于白礁村的贫苦农民家庭。宋明道二年（1033年）漳州、泉州瘟疫流行，因吴夲义诊施药而得以存活者难以计数。景祐三年（1036年）五月初二，吴夲在文圃山采药不幸坠崖而死，时年58岁。自宋代以来，历朝皇帝先后予以追赐封号之殊荣，其中尤以北宋仁宗追封的“妙道真人”和明成祖追封的“保生大帝”最为著名，吴本亦因此被民间称为“吴真人”“保生大帝”或“大道公”，成为备受后人敬仰的医神和乡土保护神。
保生慈济文化节已经成为海峡两岸保生大帝信众共同的节日，成为两岸开展民俗文化交流的牢固平台。2007年8月、2008年7月、2010年4月，青礁慈济祖宫保生大帝神像先后赴金门、澎湖、台湾本岛巡礼。文化节和巡礼活动进一步扩大了青礁慈济祖宫的影响。
1988年，青礁慈济宫被厦门市人民政府公布为市级文物保护单位。
1996年11月20日，包含青礁慈济宫在内的青、白礁慈济宫被中华人民共和国国务院公布为第四批全国重点文物保护单位。
2001年11月，青礁慈济宫被厦门市评为第一批涉台文物古迹。
2008年，保生大帝信俗被列入第二批国家级非物质文化遗产保护名录。
青礁慈济宫位于福建省厦门市海沧区海沧街道青礁村崎山（岐山）东南麓。
乘坐公共交通漳州角美709路，厦门801路至慈济东宫站下车，步行130米可达青礁慈济祖宫。