1970年，马宗晋担任国家地震局分析预报中心副主任。

1978年，马宗晋被评聘为副研究员，同年加入中国共产党。

1982年，马宗晋被聘为国家地震局研究员。

1988年4月，马宗晋离开国家地震局分析预报中心，调任国家地震局地质所，担任所长。

1989年，由国家科委联合国家计委、国家经贸委共同成立了“国家科委国家计委国家经贸委自然灾害综合研究组”，马宗晋被任命为组长。

1991年，马宗晋当选为中国科学院学部委员（院士）。

1995年11月，马宗晋担任中国科学院地质研究所名誉所长。

2001年，马宗晋被聘任为北京大学地球与空间科学学院教授，学位委员会主任。

2005年，马宗晋担任国家减灾委员会下设专家委员会主任。

1961年，马宗晋开始主要从事小构造研究，主要是岩石的节理，1964年完成节理定性分期配套等小构造研究。提出长中短临渐近蕴震模式建立3个全球现今构造系统，论证了地球变动的韵律性和非对称性，提出以壳、幔、核细分层角差运动为基础的地球自转与热、重、流联合的动力模式构想，对全球构造动力模式进行了新的分析与综合，为灾害和矿产研究提供了部分基础。提出综合减灾系统工程设计，完成全国重大自然灾害调查与对策研究。

1956年，马宗晋发表题为《节理定性、分期、配套》的论文，他在“裂缝”方面的研究也被应用到实践中，曾被任命为中国科学院与石油部联合组建的“裂缝型油气藏联合研究队”队长，奉命入川，去探讨川中和川南缝洞型油气藏的分布规律。

1982年，马宗晋正式提出了全球尺度的三大构造系统，挑战性地描述了现今全球构造，即以板块深俯冲带为代表的环太平洋构造系、以板块巨大开裂边界为代表的三大洋脊构造系和北半球以陆内纬向造山与造原为代表的纬向山原构造系。

1968年，江苏沭阳地区出现了罕见的地裂缝，马宗晋被派到现场调查连夜进行了调查，经过调查发现，当地地面出现裂缝和地震没有关系，而是由于长期抽水造成的地下深层失水干裂现象。

1972年，马宗晋和他的同事们正式提出长期、中期、短期、临震的渐进式预报思想，他们还制定了年度会商、月会商和周会商的地震预报工作程序，对地震活动规律进行了研究，提出“千年级地震活跃世、二三百年级地震活跃期和一二十年地震活跃幕的多级韵律性震史分析”。在这之后，他还对以中国大陆区为代表的大陆地震构造进行了多方面的力学分析，提出中地壳是大陆区的“易震层”、主要蓄积能量的“能干层”的概念。通过对地震群发和地震线交织成网络现象的研究，提出“多应力集中点场”的假说，形成了包括全球构造系统、大区域构造系统及局域场点应力系统3个层次的地震蕴育空间。在这些基础上，为了把地震预报发展成为一门综合性学科，他又提出“震因学”、“震史学”，“震兆学”。他提出的有中国特色的地震预报理论见解，贯穿在他和他的同伴们集体完成的《1966—1976年中国九大地震》这本专着中。

1977年8月，在罗马尼亚的佛朗卡发生了7.6级地震，罗马尼亚政府邀请了中国、前苏联、日本、西德4个国家的地震专家赴罗，中国派出了由卫一清副局长带队，马宗晋、许绍燮等4人组成的专家组，同时也带去了中国自行研制的DD1型地震仪。

1978年，马宗晋随顾功叙教授、丁国瑜教授一起赴巴黎参加了第一届国际地震预报讨论会，会议期间马宗晋被邀请参加了一次专家小组工作会议。

1980年，马宗晋随马杏垣团长一行6人赴南美参加阿根廷的地震会议。

截至2009年8月，马宗晋发表论文200余篇，专著与编著20余部。1981年出版的图书《1966—1976九大地震》获得国家出版局优秀图书奖。

马宗晋主持地震综合预报、国家重大自然灾害对策研究、中国地壳变动网络工程（一期、二期）、全球构造双重非对称性研究。

1982年—2002年间，马宗晋获得中国地震局科技进步一等奖六次（排名第一）。2002年“中国重大自然灾害对策研究”获国家科技进步二等奖、“中国地壳变动网络工程项目”获2006年度国家科技进步二等奖。

马宗晋先后担任中国地震学会副理事长、中国地质学会理事、国家科技部基础研究顾问、中国社会发展研究会常务理事等。

马宗晋的父亲曾是奉系军阀张作霖的部下，做过吉林省司令李杜的参谋长，后曾在黑龙江省的方正县作过一任县长。日寇占领东北后，谢绝仕途，在家赋闲。这是一个没落的家庭，有十几间房子，开了一间小百货店，再加上收点地租，还有过去的积蓄，以此度日。

马宗晋是一个用心灵理解大地纹路的地质学家，又是一个用责任把握大地脉搏的减灾专家。面对自然，他以微、宏观兼顾的视角辨析大地的奥秘；面对社会，他用永不停歇的奋斗实践生命与责任的契合。他的贡献和成果既是自然科学与生活科学的辉煌交织，也是他情系祖国、人民的心路历程。（《人物》杂志评）

马宗晋对中国减轻自然灾害的系统工程，中国重大自然灾害及减灾对策研究等做出贡献。（中国科学院地质与地球物理研究所评）