2000年6月，马屿、篁社2镇合设马屿镇。

2011年4月，曹村镇与梅屿、大南、顺泰3乡并入。

2016年，行政区划调整马屿镇管辖范围，增设曹村镇。

2015年12月25日，浙江省人民政府批复部分行政区划调整。新行政区划于2016年4月初调整后马屿镇管辖范围，增设曹村镇。调整后，马屿镇辖3个居民区（文昌、东司桥、莲子湖）、114个行政村（蜇丰、玉岙、吉南、会东、龟山下、三株松、冯桥、江浦、姜家汇、江东、江西、后姜、上郑、黄甲、吴堡、上京、黄桥、山后、树排头、团社、五甲、马南、马北、马岩、九甲、石牌、垟下、永丰、焦坑、上安、净水、上洞、水坑、湖头、藤岙、东山头、朱岙底、格利、一甲、村前、潘山、外垟、大垄头、五仁山、底山、篁屿、高岙、山河、增光垟、鹤一、鹤二、协山、马岙、河岙底、村口、青石桥、江桥、石垟、柴上、柴下、杨巷、霞岙、宫后、冯渡、马上、马中、马下、外三甲、底三甲、河溪、屿头、梅底、先岙、马屿斡、外山头、大岙底、金竹湾、梅岭头、上平坑、大田平、洞桥、五云、建新、泛浦、清河、汤岙、山田上、村头、焦浦、大坟脚、白石坳、三大厂、金竹坑、田垄、姜地、龙船河、许峰、圣井、押头、杨思田、杨角井、岭坪、呈佛、陈新、新华、西安、后坪、林白坑、蛟池、南阳、南新、下徐、中坦、中垟），镇政府驻地不变（马北村）。

2018年，马屿镇下设江浦、沿厚、跃马、新马、清祥、篁社、梅屿、顺泰、大南等9个农村社区，114个行政村、3个居民区。

截至2021年10月，马屿镇下辖1个社区、60个行政村。镇人民政府驻马屿大厦。

马屿镇地处瑞安市西南部的中心，西连文成泰顺，南通平阳福建，北临飞云江，东接瑞安市区，西通文成县和泰顺县，南联平阳县和福建福鼎县，北临飞云江。行政区域面积153.65平方千米。

2018年，马屿镇总人口12.08万人。

截至2019年末，马屿镇户籍人口有119741人。

根据第七次人口普查数据，截至2020年11月1日零时，马屿镇常住人口有87159人。

2018年，马屿镇全年生产总值281亿元，同比增长9.6%：税收收入2.91亿元，增长29%；全社会固定资产投资额为13.59亿元，完成市定任务的101%，增长15%；温商到位资金8.55亿元。

2019年，马屿镇有工业企业494个，其中规模以上31个，有营业面积超过50平方米以上的综合商店或超市95个。

2018年，马屿镇粮食播种面积4.14万亩，粮食总产1.86万吨。

2018年，马屿镇工业规上产值14.47亿元，增长9.7%。

2011年，圣井山风景名胜区接待游客23.4万人次，比上年增长4.5%，旅游收入2.0亿元，比上年增长4.5%。

截至2018年底，马屿镇已实施医疗救助460例，针对因病致贫、因病返贫的农户实施信息化录入及帮扶工作，健康管理率80%。

2018年，马屿镇的医疗保险参保率达98%，养老保险参保率达92%，完成上年度46个扶贫项目建设验收工作。开展对低保人员的经济状况专项审查工作，先后清退不符合低保标准的对象288户442人。开展临时救助321例，救助金额达到41万元。

马屿镇境内有S56公路穿过。

马屿镇因境内龟山、蛇山二阜之间凹如马鞍得名。

圣井山石殿为全国重点文保单位，位于马屿镇大南圣井山。始建于南宋景定元年（1260年），现存的为明代万历至清光绪年间（1573—1908年）所筑。圣井山石殿的所有构件都是用石料雕刻而成，殿内陈设也都由石块刻制，全殿不见寸木块砖，由山门、石坊、前殿、正殿和左右厢房组成。

圣井山风景名胜区为市级风景名胜区，位于马屿镇境内，景区面积10.8平方千米，由圣井山、大南湖、景福寺、矿景岩风景区、枫叶坑5部分组成，属丘陵地貌。主要景点有圣井山石殿、许峰瀑布、大南水库等，还有保昌寺、通济寺、许峰瀑布、大南湖、老虎山、老鹰山、老虎洞、桥司洞等，此外还有猫头鹰、红寿带、杜鹃鸟、野兔、山猴、山猫等动物。

2021年4月，马屿镇入选2021年度浙江省美丽城镇建设样板创建名单。

2021年12月，荣获“2021年浙江省文化强镇（街道）”称号。

2022年，入选2021年度浙江省“五水共治”工作考核优秀乡镇（街道）名单。

2022年4月27日，入选2022年农业产业强镇创建名单。