顺治四年（1647），由荫生任山东高苑县知县。考满，迁河南信阳州知州。顺治十一年（1654），得到经略洪承畴推荐，擢湖广长沙知府。大兵进剿南明桂王朱由榔，高天爵理饷济军。顺治十三年（1656），因父病假归。

顺治十六年（1659），补江西建昌府知府。先是广昌县山贼王昂、傅胜、辛连升、周由义、陈太宇、萧来信、夏登选等聚党数千，踞羊石、滴水二砦为巢穴，官军仰攻，辄为滚木礧石所伤，罢攻，招降，贼王昂、傅胜佯就抚，仍伺隙煽乱。官军毙之狱中，余贼益负固。顺治十八年（1661），高天爵会巡道张永祺、参将王之任议乘风雨交作，漂流树木冲断桥梁，贼俱归巢，出不意直捣之，斩贼千余，尽毁其巢，生擒辛连升、周由义、陈太宇、萧来信、夏登选及王昂之父王尚智，并斩于军。巡抚张朝璘疏报：“十年砦贼，一旦扫除，由道府区画周详，捐赀悬赏，鼓励士卒冒险奏功”。诏下部察叙，高天爵得军功加级。