天保元年（550年），高孝琬受封河间王。后主天统时，迁任尚书令。当初，突厥与北周的军队攻占太原，武成帝高湛想向东避难。孝琬拦马叩谏，请求委派赵郡王高睿统率军队，一定会军威雄壮，武成帝听从了他的话。孝琬穿上甲胄将要出战，武成帝派人将他追回来。周军退却，封他为并州刺史。

他自以为是文襄帝正出的儿子，颇为骄傲自负。河南郡王高孝瑜死时，各王都在宫内，没有一个敢说话的，独有高孝琬大声哭着出去，怨恨执政的和士开，做草人用箭射它以泄恨。和士开与祖珽向武成帝诬告他说：“高孝琬做的草人，是指的圣上您。另外，前不久突厥军进攻，孝琬脱下头盔扔在地上，说：‘难道是老太婆，需要戴上它！’这是在讽刺大家。”早先，北魏流传谣言，说：“河南种谷河北生，白杨树头金鸡鸣。”祖珽借此对武成帝说：“河南河北，指的是河间；金鸡鸣，指的是孝琬将设金鸡而大赦天下。”武成帝听了，便对高孝琬产生了疑惑。