1896年（清光绪二十二年）3月23日，张之洞奏准设立江南陆师学堂，创办于南京。在编练自强军的过程中，张之洞发现“学堂出身之人，究视未学者领会易，长进甚速，是学堂有益，确有明征”。他认为“练兵必兼练将，而练将又全赖学堂”，决定创设江南陆师学堂，以培养将才。

1898年（清朝光绪二十四年）9月14日，两江总督刘坤一上奏光绪帝，因江南青龙山煤矿正在办理矿务，议请“于陆师学堂内添设矿路学一斋，挑选学生分习重力、汽化、地质等学”，28日获光绪帝准请。矿路学堂聘德国教员，开设国文、德文、日文、测矿学、地质学、化学、熔炼学、格致学、算学、绘图学等课程。该学堂仅于1898年招收了一期学生，共一个班24人，附设于陆师学堂第二期，二十五年（1899）正月，于陆师第二期附设的矿路学堂开学，收鲁迅等学员24人，1901年1月毕业。

辛亥革命后，学堂东部旧址改为兵营；西部旧址改为江苏高等农业学校，后为国立中央大学林学院标本林，1946年后中央大学附属中学（南京师范大学附属中学前身）迁入。现存中山北路的总办办公楼，原为大门后的第四进建筑，2层，砖木结构，现属江苏省省级机关事务管理局，2号楼即原德籍教员楼，2011年4月29日起火烧毁。察哈尔路学堂遗存的教员楼，在总办楼的西边，2层，砖木结构，坐北朝南，通阔21.8米，高7.2米，屋面覆漆红铁皮，开拱形门窗，设内廊，现属南京师范大学附属中学，已辟为鲁迅纪念馆。

鲁迅1898年4月考入江南水师学堂轮机班，同年11月因不满该校的恶劣风气退学，十二月考入矿路学堂，1901年1月以一等第三名毕业。鲁迅在矿路学堂求学期间开始接触新思想，写下“灵台无计逃神矢，风雨如磐暗故园。寄意寒星荃不察，我以我血荐轩辕”的诗句。1902年3月24日，矿路学堂总办俞明震带领官费生鲁迅、张邦华、顾琅、伍崇学、刘乃弼及自费生陈衡恪赴日本留学。

作为中国近现代历史上最重要的名人之一，南京鲁迅纪念馆的建成与开放，填补了鲁迅曾经工作生活过的南京没有鲁迅纪念馆的空白。

鲁迅在南京留下了不可磨灭的历史印记和精神财富。1898年，17岁的鲁迅怀着“走异路，逃异地，去寻求别样的人生”的想法，从故乡来到南京，在南京学习生活了4年。1898年5月至1902年1月，鲁迅曾在南京求学，先就读江南水师学堂的轮机科，后转入江南陆师学堂附设的矿路学堂（校址在南京三牌楼，面临妙耳山，现在南京师大附中的一隅，是鲁迅就读过的南京陆师学堂附设矿路学堂的旧址）。鲁迅在南京以优异成绩毕业并获得了官费留学的资格。

1902年3月24日，鲁迅乘日轮“大贞丸”离开南京，赴日留学。鲁迅从南京走向世界，东渡日本，继续寻求救国救民的道路。因此，南京是鲁迅走出旧时家庭的首站，更是他走向世界成为中国文化巨人的起跑点。

南京鲁迅纪念馆的办馆宗旨是：介绍鲁迅生平，以在南京为主；介绍鲁迅作品，以收入中小学教材的为主；纪念鲁迅，以弘扬鲁迅精神，进行爱国主义教育、革命传统教育为主，努力把鲁迅纪念馆办成爱国主义教育的基地。

第一，以“鲁迅在南京”为基本的史料布展。鲁迅1898年到南京，考进江南水师学堂，后考入江南陆师学堂附设的矿务学堂。1902年东渡日本留学。1912年1月在南京国民政府教育部工作，4月离开南京，回到绍兴。然后去了北京教育部。总的看，鲁迅在南京的时间大约是4年多一点的时间。然而，这正是他成长的一个关键时期，是他世界观形成的一个关键时期。这对中学生具有强的借鉴意义。

第二，以“中学课本中的鲁迅”为研究对象。鲁迅和鲁迅作品在中学课本中的存在，是不断变化的。这种变化是时代变化的一个缩影，它从一个独特的角度，反映了各种思潮的消长和价值观的变迁，也许正是通过一个较长时段中鲁迅形象的演变，才能更好地寻找到真实的鲁迅，鲜活的鲁迅，才能从中提取和积淀出最为宝贵的鲁迅精神。

第三，探讨鲁迅在中学生精神成长中的价值、内容和实现方式。几年来，开设了由校友钱理群教授开发的选修课程，并印制了教材《中学生鲁迅读本》，还参与组织暑期鲁迅夏令营活动，展开了“中学生阅读鲁迅”的征文比赛活动。