该门动物呈蠕虫状，体长几毫米至200毫米。两侧对称，体圆柱形，不分节。典型的曳鳃动物大多可分为吻（翻吻）、躯干部（腹部）和尾（尾附器）3个部分。吻位于虫体前端，可伸缩，口位于吻前方中央。吻表面具多排环状排列的咽齿和许多纵排的小圆锥形杯状乳突。躯干部具许多假体环，但非分节，常覆有小棘或瘤。后端腹面开口为肛门，肛门前两侧开口为泄殖孔。尾位于躯干部之后，有人认为是躯干部的延长，具中空的柄和许多囊泡状突起（尾囊），不同种的曳鳃动物尾变化较大，或仅为一细长的尾，或无尾。

体壁由周期性蜕皮的角质膜、单层表皮、环肌和纵肌以及一层不清楚的膜组成。消化系统为一直管，由口、口腔、肌肉质的咽球、食道、肠、直肠、肛门等器官组成。神经系统简单，不与表皮分离，亦无神经节的分化，具围咽神经环和腹中部的神经素。排泄器官原肾型，1对，位于体后肠两侧的体腔内，具许多焰细胞，排泄管下行与生殖管相遇为泄殖管，并以泄殖孔开口于体外。