鳌江干流从河源到平阳顺溪为上游，长19.1公里。由于受两岸山岩所制，流经高山峡谷，水流湍急曲折，河床块石巨岩犬牙交错，河道弯曲狭窄，河宽50至100米，坡降较大，为39.8‰，属山地溪流。

从顺溪镇至詹家埠（北岸）与小南下峥（南岸），为鳌江中游，长24.7公里，平均坡降2.9‰。两岸逐渐离开山岩控制，但水流仍湍急，河道多曲折。河宽在100至200米，河谷处宽200至500米。河床多系卵石覆盖，但陡峻，洪枯比变化常有摆动，造成多次改道，而形成苔湖、东门、水头等河间台地。

自詹家埠、下峥至河口，为鳌江下游，长48.67公里，为感潮河段，全段受潮汐影响，河床亦受潮汐控制，地势仍西高东低，平均坡降0.1‰。两岸为冲积平原和滨海平原，河床覆盖由砂卵石渐向泥沙质淤泥过度，河宽在200米上下，岱口桥至河口河宽达350至1200米。

鳌江入海口原来在平阳县墨城长岗仙人岩下江道的狮子口与苍南县龙港新美之间。1939年（民国28年），为阻止日本侵略军舰艇进港，县长徐用下令在狮子口抛打大松木和巨石做成的梅花桩，以封港御敌，结果造成河口内外逐渐淤积。1959年至1961年鳌江航管所组织力量，由何经济工程师主持，用爆破法清桩除障。但河口已向前移10公里。现河口在平阳县西湾阳屿山与苍南县舥艚镇琵琶山之间连线上，位于北纬27°34′7″，东经120°37′47″。

鳌江流域年降水量为1700毫米，年径流量约20亿立方米，低潮时平均水深0.8米，年径流深为1300毫米，年平均含沙量约0.13千克/立方米。径流年内分配为双峰型。

鳌江之水丰沛充足，流域的集雨区分布是自东向西递增。平阳的顺溪、青街、南雁，苍南的腾垟、莒溪等地是雨量的中心。鳌江流域多年平均水资源总量19.19亿立方米。其中地表水17.53亿立方米，地下水1.66亿立方米。全流域多年平均径流总量17.53亿立方米，偏丰年22.91亿立方米，平水年16.73亿立方米，缺水年12.57亿立方米，枯水年8亿立方米。多年平均年入海水量15.87亿立方米。

鳌江河口大潮时有涌潮出现，潮头最高达1米。水头镇以下可通航。鳌江镇候潮可通行500~1000吨海轮。

鳌江支流众多，河长在10公里以上的支流有11条（尚不包括入江内河），主要有石柱溪、坳下溪、岳溪、青街溪、怀溪、闹村溪、凤卧溪、带溪、洛溪、梅溪、横阳支江等。

横阳支江

横阳支江是鳌江最大支流，也是苍南境内主河道，主流原长67.5公里，经过多次截弯取直后，现长60.5公里，流域面积733.96平方公里。

横阳支江发源于泰顺县九峰尖南面山峰三角尖西北麓，经龙潭、黄土岭、大峨、田寮等地至莒溪，先后有山后、干坑炉、黄土岭、炉基坑、半岭炉和阳半岭等水注入。出莒溪，东南流，经田贡、樟坑等地，纳内垟、内高山等来水，至矴步头，与富垟溪汇合。出矴步头，折向东北，经下垟、长潭、七亩田等地，又纳方竹、松柏贡等来水，至碗窑，与腾垟溪汇合。出碗窑，纳罗蝉来水，经坑口、小后等地，进入桥墩水库。自源头至此，为横阳支江上游，长31.5公里，统称莒溪，河谷宽约200米，河床宽约100米。河床比降自矴步头以下约为5‰，岸坡陡峻，岩石裸露，河床覆盖卵石，遭受下切和旁蚀。自桥墩水库至灵溪控制闸一段，为中游，长13.5公里。主流出水库，至后隆与平水溪汇合，至黄坑与南山头之水汇合，继续东流，穿过埔美桥至柳垟，再东流至西山，南有松溪来汇。出西山，经南水头至灵溪。河床比降约4‰，而河床覆盖则由卵石逐渐变为泥砂。自灵溪至朱家站水闸一段，为下游，长15.5公里，在凤江注入鳌江干流。其中灵溪经渡龙至流石，俗称渡龙江。在流石与藻溪汇合后，流经新街、江南苏、桥底、四大、张家堡至朱家站水闸，俗称凤江。河床比降甚平。

怀溪

怀溪位于平阳县山门镇，主流发源于平阳、文成两县交界黄罗山，海拔899.6米。河源从文湾东流，经过怀溪、晓坑、山门、东屿、南雁等五个乡镇，在南雁左岸汇入干流。怀溪河长18.89公里，河道落差875米，支流21条，流域面积95.34平方公里。

带溪

带溪位于平阳县腾蛟镇，发源于龙井山南麓，海拔1098米，河长23.95公里，流域面积99.18平方公里。

梅溪

梅溪在平阳县鳌江镇，主流发源于圣井山沙帽岩西麓，海拔662米。河流经过梅源、梅溪、钱仓，在梅浦河口，通过梅浦水闸入干流。梅溪河长全长22.62公里，河道落差640米，流域面积84.17平方公里。

凤卧溪

凤卧溪，古名泾川，发源于龙井山南麓，经白沙坑、高岩头、樟垟、凤岭、 东山至老埠头，注入鳌江干流，全长17.14公里，流域面积52.23平方公里。

北港河

北港河分为二片，以东山为界。东山以北为北片，东山以南为南片。北片主要是水头、小南、江屿等乡镇的小片平原，约12.3平方公里，境内有8.7公里长度干流汇合上游诸溪之水，又有凤卧溪从中途注入，因而流量较大而流速甚急，属山溪性河流。南片系南湖小平原7.2 平方公里，处于群山环抱之中，但因境内无大河流，唯中间垟心河自西至东约长3公里，且河面狭窄，河道曲折，有九九弯之称。

南港河

南港河主要分布在横阳支江左岸，平原广衍，约94平方公里，主要河流有萧江塘河、沪山内河，二河从头到尾，多处相通，组成地域性的河网。

南港河之水大部分源于玉苍山，一部来自凤溪和横阳支江的分流。玉苍山之水分为三支，为洛溪、樟岙溪和仙堂溪。洛溪、樟岙溪在浦亭汇合后，在务山山脚分为两支，一支绕过务山脚转东注入沪山内河，另一支转向南行，注入萧江塘河。仙堂溪，曲折8公里，经天公安、廖宅、经溪、浦尾、双垟村等地，一部转北注入沪山内河，一部东行注入萧江塘河。

江南河

江南河网有干河二：一是龙金运河，由北向南，经龙江、江山、平等、宜山、仙居、钱库、项桥、括山等乡镇至金乡镇北门，全长26.4公里，平均宽度30.5米，纵贯于江南平原；二是云舥河道，由西向东，经铁龙、宜山、仙居、芦浦等乡镇至舥艚镇东魁，全长约20公里，横穿于江南平原。江南河网共长809.4公里，平均宽度18.6公里，河网蓄水量达3131万立方米。江南河网的主要支河有五：一是龙舥河，始于龙港市方岩下，由北向东南，经龙江、白沙、海城、芦浦等地至舥艚镇东魁，全长约15公里；二是金舥河，自金乡镇北门由南向东北，经郊外和老城至舥艚镇东魁，全长约7.5公里；三是龙凤河，自龙港市方岩下由北向西南，经龙江、江山等地至凤江凰浦，全长约7.5公里；四是钱湖河，自钱库镇东西街由南向西北，经新安、宜山、江山等乡镇至湖前直浃河，全长约13公里；五是钱望河，自钱库镇经项桥、新安，至望里镇溪头埠，全长约5公里。

江南河，溯其源泉，龙金运河之水出自望州山北麓，经护法寺至瓦窑头，分为二支：一支东行至钱库，一支北行至新安与宜山；云舥河道源出天龙山北麓，其水分为东西二括：东括之水自梅岭西北行3公里至将军岭脚与西括之水汇合；西括之水东行至将军岭约2公里，二水汇合后东北行经括山至钱库。

小南河

小南河地处鳌江左岸，东、西、北三面环山，南临鳌江，面积达79.8平方公里。

小南河源出新罗山和昆山南麓，两源在坡南汇头汇合，南行至夹屿桥后，东南行经龙山南麓，迤至飞龙桥后，分为两支，自桥右系南行者为西塘河，穿飞龙桥东南行位东塘河。西塘河至钱仓全长10公里，东塘河至鳌江全长7.5公里。西塘河与东塘河之间其旁出之河，相互流通，构成小南河河网。

鳌江流域在浙江省东南部，总流域面积1544.92平方公里，其中水田面积50.2万亩。自河口上溯26公里是平阳与苍南县界。广义上的鳌江流域包括温州市的文成、平阳、苍南、泰顺等4个县，狭义上的鳌江流域仅是指平阳、苍南两县。整个流域与福建省相邻，又与飞云江流域交错。

鳌江之水贯穿了南雁荡山的整个景区。鳌江从桂库的源头发源，经过平阳吴垟山，有一条长长的浙南大峡谷。架在峡谷之上的戈场廊桥，建于清代，是浙南最为险峻的廊桥之一。水到顺溪古镇，溪床顿时开阔。这里是南雁荡山主要景区之一，有元代的百僧堂、气势磅礴的三折瀑、风光宜人的知音涧、人文积淀丰富的国家级文物陈氏古屋、终年云雾缭绕的画眉峰。鳌江至南雁镇，这里山峦叠嶂，溪宽水缓，碧溪汇流，芦蒿遍地，是南雁荡山的中心景区。五代时景区已得开发，历史上名人纷至沓来，有观音洞、仙姑洞、会文书院、棣萼世辉楼等众多景观。

鳌江流经的地方逐渐发展了不少重镇，主要有平阳县的水头镇、麻步镇、萧江镇、鳌江镇，苍南县的灵溪镇，龙港市等。水头镇因鳌江涌潮至此而得名，是鳌江咸水和淡水的交汇点。古代以运麻为特色，江边因此有了一个麻步镇。横阳支江中游两岸为苍南县城灵溪镇。横阳支江汇入干流之处，宋侍郎萧振在此捐资造船设渡，因有萧江镇。鳌江下游拐弯处有个钱仓镇（已并入鳌江镇），古代为南北客货中转的地方。还有鳌江镇因江而名，龙港市因江而兴。

鳌江河口及海岸，由于上游水流挟带泥沙，致使逐年淤泥，同时受大陆架海域泥沙运动的影响送来别处泥沙，扩大淤积面，以致形成了河口及海岸一带广阔的海涂。鳌江海涂是由于河口和海岸淤积面不断扩大而形成的。自1064年（北宋治平元年）至1979年，海岸线共向东海推移2至7公里，平均每年的速度为2.2米至7.7米。而中华人民共和国成立后，平均每年以10至20米的速度向东海延伸。南岸苍南县江南地区已围垦1.7万亩。北岸平阳县小南地区已围垦2千亩，但有待围垦的海涂面积尚很广阔。其北与飞云江海涂连接，其南至琵琶山基岩海岸，共有25.5万亩。其中，已露出水面的面积为12万亩，江南地区可围垦的海涂就有5万亩；还有理论基准面以上的海涂面积13.5万亩。

鳌江上游多峡谷。横阳支江河床比降自矴步头以下约为千分之五，注入莒溪的支流，比降更陡，形成瀑布和急流。其中较大者有黄土岭水漈和碗窑瀑布。

鳌江流域水力资源的利用量达3亿立方米，全部分布在上中游山区，理论蕴藏量为13.9万千瓦，可开发利用为6.27万千瓦。而鳌江又是涌潮江，潮汐资源亦较丰富，可进一步开发利用。

鳌江是强感潮河段，在梅雨台风季节，受到洪水潮水顶托的双向作用，常常水患成灾，洪涝灾害频发。平阳县通过科学规划、合理布局，着重提高北港城镇防洪能力，加快对鳌江流域综合治理工程建设，以减少洪涝灾害损失。

2024年7月26日，受2024年第3号台风“格美”的影响，浙江省鳌江发生今年第1号洪水。