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初由荫监生,任兵部笔帖式。康熙二十年(1681),授山东范县知县。康熙二十八年(1689年)陞贵州黔西州知州。历任刑部员外郎。康熙三十四年(1695),迁吏部郎中。
康熙四十年(1701),授监察御史。康熙四十一年(1702)五月,疏言:各部院具题事宜,奉有谕旨,必由内阁发科抄然後施行,惟绿头牌摺子口传谕旨即行,不由内阁不发科抄,日後无从查考。请嗣後於奉旨遵行,後即録原奏,并所奉谕旨,移送内阁,封呈御览。如偶有错误,勅令更正,俱发内阁登记,以备稽核。又钦奉清字谕旨各衙门译汉奉行,恐字句亦有未符宜,令原奏官员送内阁繙译,遵照传抄疏入。下部确议部臣,以事涉繁琐议驳,得旨凡口传谕旨,及绿头牌摺子启奏事件,着各衙门於每月终彚开奏览。康熙四十四年(1705)二月,疏言科道官由满洲、汉军陞补者大抵积俸二十余年,汉人一为知县,俸满三年行取,到部即得考选科道,殊觉太骤,请嗣後行。取知县先以六部主事用,俟练习有年,始许考选。上阅奏,谕大学士曰:御史黄秉中条奏行取知县即补科道未免太过,此言诚。当下九卿、詹事、科道会同确议,议如所请,着为例。
康熙四十八年(1709)七月,疏言寜波、绍兴等处连岁歉收,米价腾贵,计惟招商可平,而温、台二府丰收,米贱格於出洋之禁,请许商民由内洋贩运以济寜、绍,从之。康熙四十九年(1710),署总督事,同提督王世臣疏报:盗刦龙游县村庄,为官兵追逐,逃至遂昌县山中。处州右营都司张朝臣率兵搜剿,遇盗六七十人抵拒,张朝臣被枪刺腹死,随有金、衢两协官兵齐至捕,盗斩杀殆尽。疏下兵部议,部臣言盗夥六七十人非寻常盗案可比,且都司已枪刺殒命,而兵丁无一损伤,显有隐报情弊。上命遣部院贤能司官一员往,会巡抚、将军、副都统至都司张朝臣阵亡处,详察情由,议奏。於是兵部郎中察尔钦等会勘奏言:随张朝臣之兵丁张斌同时阵亡,潘文彩伤重致死,并有鸟枪兵五人因失火药焚死。部议张朝臣、张斌、潘文彩予恤如例,踈防及救援不力,隐匿不报,各官治罪有差,黄秉中不察,劾应降一级留任。上以黄秉中前此奏报不实,命降五级戴罪图功。
九月,调福建巡抚。康熙五十年(1711)六月,同总督范时崇、提督蓝理,以泉州盗陈显五等结夥二千余人,抢掠永春、德化、漳平、大田等县居民。入奏,上曰:督抚提镇等平时不能抚恤百姓,训练兵丁,及事出又不能相机即行剿抚,纵容贼盗滋蔓骚扰地方,肆行抢夺,又迟延日久,始行奏闻。反称百姓不废耕织,照常安业,凡强盗窃盗合夥至三四十人,百姓尚且畏惧逃避,今数逾二千,岂得谓百姓不废耕织,安居旧业乎?明系掩饰诳奏。下部严察部议,治罪革职有差。命革蓝理职,免治罪。黄秉中与范时崇免革职,降五级戴罪効力。十月,因前任浙江巡抚时,不劾奏粮道陈銮改折漕粮事,革任罚赔。
康熙五十一年(1712)三月,命以子牙河分司効力。三年期满,直隶巡抚赵宏燮奏黄秉中自备工料,修防堤岸,俱各稳固。下部议,叙给还原品。
康熙五十七年(1718)五月,卒。乾隆十八年(1753)入祀福建名宦祠。
长子:黄廷监
次子:黄廷钰
三子:黄廷桂,历任两江总督、陕甘总督、四川总督,吏部尚书,武英殿大学士,授世袭三等伯。