齐耀珊历任湖北抚署文案、武昌保甲总办、宜昌知府、汉口清丈局总办。光绪末年，擢湖北荆宜道，花翎二品衔。嗣又历任江海关道兼洋务总办、 湖北地方官督练公所教练处总办、湖北提学使。1913年1月任北京盐务筹备处处长。1914年3月任约法会议员。1915年任参政院参政。1918年1月任浙江省长。1920年6月任山东省省长。 1921年5月任北京政府内务总长兼饥馑救济会总理，6月任督办京师市政事宜， 7月任商务银行总裁，12月任农商总长兼署教育总长。1922年兼任粮食调查委员会会长，同年4月免教育总长兼职，6月免农商总长职。去职后，居天津，任农商银行总裁。1924年与皖系军阀卢永祥作战胜利，同年被段祺瑞政府免职。1927年任张作霖安国军政讨论委员会委员。1931年任南京国民党政府军委北平分会顾问。