在此期间，中宗起用赵光祖为首的士林派，与沈贞、南衮、洪景舟等所谓勋旧势力对立。他通过敬嫔朴氏本家的问安婢子来让朴氏说赵光祖坏话，从而引起宫廷对赵光祖的疑心。到正德十四年（1519年，中宗十四年）十一月酿成己卯士祸，赵光祖被流放并赐死，沈贞等重新得势。其后他历议政府左参赞、知义禁府事、议政府右赞成。嘉靖二年（1523年，中宗十八年）丁父忧，终制后拜礼曹判书，历任司宪府大司宪、刑曹判书等职。期间与南衮一起排挤中宗新宠臣金安老，并在刑曹判书任内释放所有狱囚，制造“囹圄空虚”的现象以粉饰太平，得到中宗褒奖。嘉靖六年（1527年，中宗二十二年）正月升任右议政，当年发生灼鼠之变，沈贞不但不帮曾经的盟友敬嫔朴氏，还落井下石，参与陷害朴氏。同年十月升左议政。担任宰相期间，他与李沆、金克愊狼狈为奸，公开宣扬“贪可使“，“凡守令廉谨者，指以为有赵光祖余习，辄斥去之。为守令者，不务恤民，专事横敛，而谄附大臣”，导致吏治败坏、贪风大盛，故当时“言贪则必以沈贞、李沆、金克愊为首”。