万历三十六年（1608）十二月，朵颜进犯蓟州，而河套部拱菟无故为明军杀死百余人。拱菟怀恨，伺机复仇，万历三十七年三月初十日遂率众五千余人进入辽东大胜堡（今辽宁锦县西北），明军游击于守志出兵抗击，失败。拱菟俘获守将耿尚文，将其五体分尸，且在大胜堡大肆杀掠。然后深入小凌河22里地。是时辽东总兵官杜松驻大凌河，不敢往救，明军大败。

福建发生特大洪水

万历三十七年（1609）五月，福建各地连降大雨，山洪暴发。其中，建宁等府居民死者近十万人。

红崖堡地震

万历三十七年（1609）六月十二日夜子时，陕西酒泉（今甘肃）东南的红崖堡、清水堡一带地震最重，军民被压死者八百四十余人，边墩摇损达八百七十余里，城垣衙会塌毁无数。东关地裂，南山一带崩。酒泉以北百里的讨来等河，绝流数日。肃州卫地区是夜大风突起，地大震，所坏城垣墙室庙宇，压死之人难以尽述。高台所一带摇墙撼壁，簸荡及边城。震后人生斑疹。以后连续七、八年，每年都地震一、二次。一直到四十五年才止。此次地震最远破坏距离约三百二十公里，最远有感距离约五百六十公里。震中烈度（Io）X，震级（M）为七点二五级。

徐州人民起事

万历三十七年（1609）十二月初五日，徐州吴家庄人民起事，杀死如皋知县张藩。漕运总督李三才奏报知州刘民爱，指挥王正国等失事，并说：因各处饥荒，故流民日众，且千百成群，在在行劫。非速免租，进行救济，安抚人民，后果将不堪设想。

日本入侵琉球

琉球为明朝属国。琉球国王尚永死，其子尚宁遣人请袭封。福建巡抚许孚远请按照嘉靖间郑晓领封之例，遣官一员带皇帝诏书至福建，由琉球国使臣面领归国，或者派遣一位习海的武官与其使臣一同前往。神宗表示同意。后因日本侵略朝鲜，海上多事，至万历三十一年（1603）始遣给事中夏子阳等册封，仍令琉球领封海上，永为定制。二年后始完事。是时日本正逐渐发展壮大，有吞灭琉球的野心，而琉球国外御强邻，内则修贡不绝，人少力薄。万历三十七年，日本悍然派兵三千人进攻琉球，俘获琉球国中山王尚宁，迁其宗器，大掠而去。浙江总兵官杨宗业奏报，神宗令镇、巡官严饬海上兵备。

2月18日，因在关原之战捕获石田三成而成名的筑后柳川城主，田中吉政在伏见病逝。享年62岁。

6月4日，京极高次（1563年－1609年6月4日）逝世，是日本安土桃山时代武将及江户时代的藩主。京极高吉的长男。 最初是足利氏的家臣。

杨时乔（1531－1609），字宜迁，号止庵，江西上饶人。嘉靖四十四年（1565）进士，历工部主事、礼部员外郎、南京尚宝司丞、南京太仆寺丞、南京尚宝司卿、南京太常寺卿及通政使。遇事敢言，数陈时政得失，切中要害，中外为之传诵。万历三十一年（1603）冬，升为吏部左侍郎。时大计京朝官，杨时乔与都御史温纯力去阁臣所用私人、遭到大学士沈一贯的攻击，神宗亦责其借机“报复”。但不问其罪。杨时乔仍尽心用事，一再请补缺官和起用被废诸臣。是时，吏部缺尚书，神宗命杨时乔掌吏部，又久不置右侍郎。杨时乔一人独理部事五年，持事公允无私，为官刚正清廉，绝请托，拒贿赂，谢交游，住公房。万历三十七年二月十八日卒于官，年七十九。赠吏部尚书，谥端洁。有《周易古今文全书》、《杨端洁集》、《马政记》。

杨道宾（1552－1609），字惟彦，号荆岩，福建晋江人。万历十四年（1586）进士第二，历任编修、国子监祭酒、少詹事、礼部右侍郎兼掌翰林院事。后改为礼部左侍郎，署部事。杨道宾为人端正，明习典章，遇事敢争，屡次上疏请急罢矿税，释放被害官员，以和民心。万历三十七年二月十九日卒，年五十八，赠礼部尚书，谥文恪。有《杨文恪公集》。

陶望龄（1562－1609），字周望，号石箦，浙江会稽（今浙江绍兴）人。万历十七年（1589）会试第一，殿试一甲第三，授编修，历官国子监祭酒。为人正派，乡戚沈一贯、朱赓居内阁，陶望龄从不攀附。在万历三十一年十一月的“妖书”事件中，沈一贯妄图借机陷害侍郎郭正域，陶望龄力为解。其学笃嗜王守仁“心学”说，与弟陶?#93;龄皆以讲学闻名于世。万历三十七年二月卒，年四十八。谥文简。有《水天阁集》等。