故事要从1962年说起，美国国防部和其下属高级研究计划署（Darpa）秘密成立了一支特殊部队，名为“黑色守望”（Blackwatch）；其成立初衷是使用生化战抵御美国的一切威胁以及海外敌对势力，该部队一切行动都属于绝密。1963年，黑色守望的研究人员发现了一种病毒，在灵长类动物身上进行的实验表明，通过DNA的融合，该病毒可以在基因层面上大大提高物种的智力、力量等等身体要素，他们将该病毒命名为Redlight。随后，以该病毒为中心的Project Redlight计划展开。

1963年，黑光计划正式开始，黑色守望部队在美国爱达荷州建立了一座小镇，名为“希望（HOPE）”，并将一批阵亡士兵的家属迁居此地。他们谎称该处是用于模拟核战之后人类聚居区的实验场地，而被蒙在鼓里的军属们却对真正的计划一无所知。黑色守望对居民注射了病毒，此时的病毒似乎对感染人群没有起到丝毫作用。1965年，希望镇上的第一名婴儿出生，其父母身上被注射的病毒在婴儿体内产生的变异对婴儿本身似乎也没有影响。然而一切的平静都在1968年8月被打破了，希望镇突然爆发疾病，黑色守望随即将全镇封锁，将近70%的居民被感染，剩下的人则被隔离在镇内等死。将近一年人间地狱般的日子过去，到了1969年7月，除一人以外，希望镇上四百多名居民全部死亡。唯一的生还者名为Elizabeth Greene（伊丽莎白·格林，即游戏中的紧身衣马尾女），而她在被发现时已经怀有身孕。

黑色守望的清除行动随即开始，他们将Elizabeth Greene带走，并用核弹将整个希望镇夷为平地。当时负责清除行动的是Peter Randall中尉（彼得·兰德尔，即游戏中的独臂将军），他在强行带走Elizabeth Greene的时候被她抓伤了手臂，Randall为制止感染，毫不犹豫自断左臂（这就是他独臂的原因），而且他还因为湮灭证据有功而晋升为少校，并在后来成为将军，成为了黑色守望的最高指挥官。希望镇事件发生之后，黑光计划停止，黑色守望部队的最高宗旨被更改为“探查并消灭美国国土上的一切未知病毒活动，不论人为或自然原因”。

Elizabeth Greene在次月被转往位于马里兰州迪崔克堡的黑色守望基地，并在那里产下一名男婴，黑色守望赋予其代号Pariah，并将其从母亲身边带走（此孩子的命运暂且按下不表）。Greene在随后几十年中属于与外界完全隔离的情况。有证据显示，她在此期间没有成长发育，没有流汗，没有肌肉抽搐，甚至没有眨眼，处于完全静止的状态，好像在等待着什么。

Elizabeth Greene被称作天然的病毒库，各种病毒的变异菌株在她的身上源源不断的产出。

时间到了1980年，Raymond McMullen博士（雷蒙德·麦克马伦即游戏中用枪自杀的眼镜男）创立了GENTEK，并成为了黑色守望的下属研究机构，他认为黑色守望短视，认不清红光病毒的价值，在一番游说下黑光计划（Project Blacklight）在黑色守望的监视下启动，并将Elizabeth Greene转至GENTEK的研究中心，通过Alex Mercer和Karen Parker等研究人员的努力，她身上提取出的基于红光病毒为前身的新品种病毒被命名为黑光病毒（Blacklight Virus），代号DX-1118 C。然而，黑色守望发现GENTEK在有关实验方面有所泄露，本就有所忌惮的黑色守望试图灭部分人的口，此时的Alex Mercer也察觉到了黑色守望意图不善，为了活命Alex偷取了一小瓶病毒样品，希望以此为筹码换取自由，却在车站遭遇了前来拦截的便衣特工。走投无路的Alex Mercer摔碎了瓶子释放了病毒，自己也被当场射杀。由于是在车站，当时就有许多市民被感染，加上苏醒后的Alex释放了Elizabeth Greene，曼哈顿的大规模疫情暴发也就此发生。

Alex Mercer在车站被射杀的时候就已经身亡，接下来在停尸房醒过来的，大家一直在游戏中操控的东西根本不属于人类，它是破碎瓶中的病毒沾上Alex尸体之后对其外形及性格的继承，游戏标题“Prototype”也指的是他。在游戏的某关，也可以听到将军的话：“不！已经不能用'他'来称呼！应该是'它'！”后来的电话中，也可以看到Alex和他的“合作者”的对话：“啊…你已经不是人类了，你是黑色守望的病毒而已。”

游戏越发展下去，游戏的内涵也就越明了：人类对于自己犯的错误只是掩盖再掩盖，实在掩盖不住了，就不惜代价毁掉。而刚刚出生18天的病毒“Alex”却知道要保护某些东西：保护自己的“妹妹”，保护人类文明不被毁灭（游戏最后，曼哈顿就要被军方用核弹毁灭掉），不再重蹈希望镇的悲剧。这些，不得不佩服剧情的编辑者。

作为被用作武器的病毒，黑光病毒是一种实用性极为强大的病毒，并且其感染者远胜于生化危机、求生之路的感染者。

是一种可以加快进化速度的病毒，它的最大用处在于架构物质运输的快速通道从而完成各种进化，简单来说，就是它进入、改变并同化每个细胞，新细胞将之前睡眠状态下的非编码区激活并大量复制，导致激烈的生理变化，扩大基因容量，容纳优质基因改造身体，提高细胞活性，也就是吞噬、融合其他生物并得到进化。

黑光病毒的感染途径十分多样，常见感染方式有以下几种：

尽管方式多样，但黑光病毒的感染仍然有其局限性。

黑光病毒可以通过水源进行传播。

陆路上，Elizabeth Greene制造的感染大厦在12天内感染了曼哈顿81%的地区。然而当Alex把Elizabeth Greene击杀并吸收，第15天时感染率骤降到60%，这也与黑色守望的努力有关。而根据Alex与Cross的谈话中提及失去领导者的感染体们被黑色守望消灭只是时间问题，可见黑光病毒的感染力是与首领——尤其是母体有莫大联系的。

在没有Elizabeth Greene限制的情况下，原则上是可以在14天内扩散至全球。

受黑光病毒感染的生物，无论危险性，体型和智力，都可以统称为感染者（Infected）。

最普遍常见的是Walker，即俗称的丧尸。一般来说黑光病毒所感染的丧尸也是对新鲜的血肉感兴趣；其对新鲜血肉感兴趣的原因几乎和其他游戏如出一辙：病毒的感染受到人体免疫系统的阻挠。免疫细胞会试图将已被感染的细胞杀死，而且通常采用的是“同归于尽”的方式，这就导致人体出现大量坏死组织。为了修复组织的损失和恢复免疫系统的功能，就需要大量的食物提供材料和能量来源，这就使被感染者出现旺盛的食欲。但是不止以上对新鲜血肉的感兴趣，黑光丧尸的手臂还会生成一些利刃，这就正好符合了黑光病毒作为武器的作用。

除普通丧尸之外，黑光病毒还生成了大量的自然生物兵器，例如怪鸟、哥利亚、主宰者、海德拉、格斗者等等，这些自然形成的生物兵器要和其他生化游戏比起来绝对是不落下风甚至还更胜一筹，他们往往身形巨大，打败他们绝非易事。

在两代的游戏中，除主角以及少数成功感染者以外，普通丧尸接触到黑光病毒之后尽管是发生了变异，但是并没有黑光怪物所变异的那么可怕。

一些感染者的形成起因是不可考，可知的事例有被“一般”的途径感染而形成的丧尸，Hunter可以从被感染的水塔中诞生。与之相似的有2代的格斗者（Brawler），它们从被感染的脓疱（Infected Pustules）中诞生。

黑光怪物一般的身形是十分巨大，身体的各个部位变异剧烈，一些部位已经等于事实上的武器，攻击力极强。

黑光是一种可以加快进化速度的病毒，它的最大用处在于架构物质运输的快速通道从而完成各种进化。这种进化在特定的基因片段下是可控的，但只是个别人。大多数人的进化则是不定向的，可能是黑光病毒的所引起的特殊变异，也就是那种烂大街的僵尸。猎手则是完全的黑光产物，其已经成功适应了黑光病毒，由吸附在宿主身上的引导进行身体构造。

Runner是指受黑光病毒感染获得能力而自身的头脑人格意识都保持自我的人。以下介绍的角色除了没被正式确认为Runner的James Heller和Evolved之外都可被归类为Runner。Alex是第一个男性Runner。

Elizabeth属于母体，在游戏中这个母体并没有像Alex或者James一样的各种身体上的异变，身体战斗技巧可以凌驾于Alex之上（Alex是故意放水好抓住机会向Elizabeth注射抗体），而且可以制造一个巨大的怪物来作为身体的“铠甲”。Elizabeth还可以对建筑等无机物进行感染，甚至因排斥吐出的血肉都便可以变异成具有自我意识的Supreme Hunter。

Alex在死后被黑光病毒从基因层面改造，拥有Alex的相貌、思维、人格、记忆——虽然非常残缺，使得Alex需要吸收与他相关的部分人物才可以逐步恢复，可以说是有着Alex“脑子”的黑光病毒集合体。甚至可以说并不是Alex有了黑光病毒才强大，而是黑光病毒选择了Alex才可以发挥自身的特性而强大。

James在活着的时候被Alex注入了病毒，所以他还保持着记忆，思维性格自然也一并继承。

一般情况下，黑光病毒感染者会将双手变成利爪、重锤、卷须、拳刃和利刃等多种战斗形态，还有将变成盾牌来防御火箭筒等武器。Alex甚至可以通过全身硬化来制造一具铠甲，并且还会使用各种临界点技能，这正符合黑色守望将其作为武器的作用。

但是黑色守望可能没有想到成功适应黑光病毒的人数极低。

母巢意识（Hive Mind）是指感染者之间的心灵链接，这一链接可以使高级的感染者（比如runner）控制比自己低级的感染者（比如hunter）。

不仅如此，母巢意识还可以用来追踪特定的感染者。Alex曾经为了追踪绑架走Dana的那头Leader Hunter，吸收了一些带菌者将自己介入母巢意识，得知Leader Hunter的位置。从而可以击败并吸收了Leader Hunter的记忆得知了Dana的位置。

原本母巢意识的核心只有Elizabeth Greene一人，然而当Alex向其注射了抗体后排斥产生的Supreme Hunter成为了母巢意识的另一位领袖。在随后战斗中，Supreme Hunter召唤了大量的Hunter来对抗Alex。

需要注意的是不少玩家把红光病毒与黑光病毒和白光病毒混为一谈。

红光病毒是希望镇时期黑光病毒的名称，代号DX-1118 A。而黑光计划从Elizabeth Greene提取病毒，经由GENTEK研制开发，危险性相比希望镇时期大大提高，故红光病毒可看做是黑光病毒的前身。

白光病毒本是2代黑色守望研制的解药（原体与黑光病毒是否有关系并不清楚），计划用来对抗黑光病毒。然而Alex的卧底——也是白光的研究人员之一根据Alex的命令，将Alex的血液注入其中使其受到污染成为了病毒。气体白光只需嗅到便可造成感染——有可能是造出普通丧尸，也有可能是与James类似的黑光病毒感染者。

还有就是Mercer病毒，即《虐杀原形2》中的病毒。既可能与黑光病毒是同一种病毒，也有可能是Alex Mercer后来研制，也许可以解释2代中身体异变部分会发出光泽的原因。