在以上三种专案组中，第一种情况双可分为两种情况：对于公安和检察机关而言，由于内部分别实行个人服从组织、下级服从上级的上命下从的领导体制，办理一个具体案件时采用什么样的形式，其内部有决定权，因而组成专案组是合理合法的。但对于法院而言，以专案组的形式办案就会存在问题。根据司法的性质，在西方要求法官个人独立；在我国要求合议庭独立，这尽管没有法律的直接依据，但根据刑事诉讼法中关于合议庭权力的内容来看，一般情况下应当由合议庭独立办案。 在重大案件中，审判委员会有对案件的决定权，但这并不是说法院内部也是上命下从的行政化领导体制。因为法律规定审委会是在合议庭经过审理后无法作出裁决时才参与案件的讨论。在此之前，仅仅因为案件是重大案件，就在一开始审理就由审委会成员和其他成员参与案件的审理，形成一个专案组，这是没有法律依据的。当然，我们谈论审委会的职能也是以现行法为前提的，如果从法理角度说，审委会审而不判，违背了审判的基本原理，将来应当废除。

所以，在三机关内部分别组成的专案组，只有公、检两家是合法的。

对于第二种情况，检察机关和公安机关是大控方，两个机关的工作目的都是为了起诉作准备，检察机关有行政机关与司法机关的双重性质，因而当其履行起诉准备职能时，提前介入到公安机关去，是符合法律规定的职能的。当然，作为具有法律监督机关职能的检察机关，合二为一时就变成了自己监督自己，使监督职能流于形式。但是这个问题检察机关办理自侦案件时同样存在。理论上对于这种情况认为是通过检察机关的内部分工来实现，即由检察机关专门设立的法律监督部门监督内部的侦查机关的侦查活动，同时也监督公安机关的侦查活动，各地的检察院还专门设立了 “侦监科（处）”。从这个意义上来说，检察机关的侦查、起诉部门与公安机关联合组成专案组也具有法律上的依据和合理性。

当然，就程序监督权而言，作为大控方的检察机关来监督属于自己一方的公安机关；甚至于本来就属于一个机关的内部的一个部门来监督另一个部门，具有严重的缺陷，其出路是由中立的机构——法院来行使程序裁量权，即通过司法令状来解决，这一制度我们还没有设立，主要原因是因为为了让办案机关掌握与犯罪作斗争的主动权，就必须充分地相信办案机关，赋予其极广泛而强大的权力，也就是说，专案组式的侦查程序是为了“与犯罪分子作斗争”而存在，办案程序必须要服从斗争的需要一切可能影响到办案机关顺利地实施办案行为的设置都被认为是不必要的比如完全中立的法院的司法审查这这种类型的程序就不可能有效地存在，甚至是一般作为对侦查程序进行司法控制的法院也要配合侦查机关的这一工作。当然政府会考虑到人性“恶”的问题，也会采取一些措施对办案人员的行为进行一定的限制。但这不是纯粹限制专案组的权力，而是防止行使这项权力的人做出不利于国家的行为。比如某些侦查措施的使用必须经过上级和其他机关的批准，但是进行批准的机关不大可能是中立的，它与侦查机关也许有着相同的目的，都要迫切地惩罚犯罪嫌疑人，以赢得那场斗争的胜利。《苏俄刑事诉讼法》第127-1条规定，侦查处长对侦查员揭露犯罪和预防犯罪的行为是否有效及时实行监督，并采取各项办法保障侦查员最充分、全面和客观地进行刑事案件的侦查。另外，第168条规定，搜查应当按照侦查员说明理由的决定实行，而且必须经检察长的许可，由检察长或副检察长批准执行搜查，遇有紧急必要的情形，可以不经检察长的许可实行搜查，但是要在24小时的期限内将所实行的搜查事项报告检察长。看起来侦查程序是在检察长的监督之下的，但是检察长的工作性质却与法官有着根本的不同，苏俄的检察长可以直接进行或指挥审前调查和侦查。需出庭或委托出庭支持公诉。检察长与侦查人员几乎是在同一战线上的，因此这样的监督不一定对犯罪嫌疑人非常有利。而中国的政治体制和刑事诉讼制度是学习苏俄的，因此即使有了司法令状制度，检察机关和公安机关的内部监督当然还可以存在，但它只是内部制约的一种形式，而不是超然的程序监督。

对于第三种情况，由各级政法委牵头，与公检法三家分别派出的代表组成专案组，这种情况是通过各级政法委，将控审两方即公检法三家合并到一起，形成的四家联合办案的组织，这种做法也是专案组办案的主要形式，其问题很多。

专案组办案，有浓厚的历史文化传统根基。在中国古代，行政与司法不分，这些有审理刑事案件的行政机构还进行会审。在南朝陈时就有会审制度。在唐代叫三司推事，遇重大案件，由大理寺、刑部、御史台共同审理案件。在明朝，有三司会审，由刑部、大理寺、都察院共同审理要案，另外还有九卿圆审，即由六部尚书加上大理寺卿、左都御史、通政使一起审理案件。而清朝的三司会审、九卿会审、秋审、朝审都是专案组办案的典型形式。

封建社会的办案形式，不是靠完善的机制，靠公开、公平的对抗制诉讼，而是人治来完成的，这样做的结果，既缺乏权力内部的制约，也缺乏人民权利的制约，真正带来公正的是一级高过一级的建立在个人品质、个人智慧基础上的 “明察”。所以皇帝对于下属明察的能力越来越不放心，会审班子的规模就越来越大，越来越离皇帝本人的距离靠近。元世祖曾说：“中书朕左手，枢密朕右手，御史台是朕医两手的”，到明代，皇帝觉得这些人可能还是不能让他放心，于是就让皇帝的秘书机构“通政使司”中的通政使一起参与案件审理，依靠一级级的金字塔式的更高权力进行反复测试来达到公正，但它是建立在个人的品质与能力基础上的，是典型的人治型司法。

在现代社会，经过无数思想家的理论探索和很多国家的立法、司法实践，已经逐渐形成了一套能够最大限度上保证法律实施公正的刑事司法机制，那就是在行政与司法分立的前提下，确立了无罪推定、司法独立、审判公开等基本原则，律师辩护、沉默权、回避、疑罪从无等基本制度，法官中立、控辩对抗、集中审理等严格的程序，也形成了新闻监督、公民表达权等基本的保证公正司法的环境。这样的司法要求以形式正义或者程序正义这一最不坏的形式来实现实体正义。在清朝末年沈家本等人倡导的法制改革中就已经在名义上规定了其中的大部分内容。

专案组办案是几个机关的联合办案，我们无法否认其良好的出发点，但是实现其良好出发点的方式是行政与司法不分、控诉与审判不分，甚至于党的领导与公安司法机关的办案职能不分。司法区分于行政的根本标志是其中立性和裁判性，没有一个中立的机构对控诉行为中的实体问题和程序问题进行裁判，整个办案过程就与行政行为无异，与封建社会中的办案机制没有区别，司法维护公正与保护人权的那些品质不能发挥出来。因此，专案组办案的本质是司法的行政化，它具有行政所具有的权力集中、高效的优点，但同样也有行政权力处理刑事案件时容易导致错案、侵犯人权的缺点。

现代司法程序的设计是权力制约权力和权利制约权力的结合，但是专案组作为一种行政化司法的典型形式，是在单方、秘密、超职权的形式下完成对案件的审理的。

首先，它是一种单方的审理。在诉讼程序中，从侦查、起诉到审判，不应当只存在审理方和被审理方，而应当有第三方的参与。在前审程序中，应当有检察机关作为法律监督机关或者法院作为控辩两方之外的的第三方参与监督；在审判程序中，则控、辩、审三方形成一个正三角结构，控辩两方是这个三角结构的底端，审判者居于中立的第三者地位。完善的程序都规定了公民参与诉讼的具体形式，如被追诉者的随时辩解、律师的参与和当庭辩论等。而在专案组办案时，在审前程序中没有第三方的参与，被调查者成了纯粹的被调查对象，没有法定申辩机会；在审判中，往往审判是形式，因为专案组已经未审先定。因此，专案组办案形成了事实上的单方审理。

其次，它是一种秘密的审理。在正式的审理中，即使是不公开审理，也会有律师的参与，从这个意义上说，不公开的审理也不是绝对秘密的审理，因为对律师是公开的。专案组办案是秘密审理，这是显然的，除了调查者和被调查者，其他人无法了解案件情况和被调查人的处境，容易侵犯被调查者的权利。

第三，它是一种超职权的审理。专案组的超职权有两层含义。一方面是指它实质上自审自判，违背了司法中控辩审三方各行其职的要求，有人会说，专案组只是初步调查和对公检法机关的协调、指导，最终对案件的起诉、审判由公公检法机关按照法定程序完成，问题是，很多冤案就是在专案组的指导下协调、指导完成的。它实际上是公检法之上的一个领导机构，它是实际的办案者，公检法所走的程序只是一个形式而已。另一方面是指它往往采用很多不经过法定程序的法外非常措施，披着合法的外衣行刑讯逼供、超期羁押之实，因此从公民参与权来看，专案组办案缺乏公民参与司法的法定形式。

除了上述审理方式上的特征以外，专案组审理案件还有裁判之后的问题：一旦出现错案，无人负责。专案组是一个集体，在犯下弥天大错之后，任何人都可以在集体负责的幌子下自慰。“组织”，在中国是一个很多人感到可以依靠的力量，在很多时候，我们也从它的身上得到安全感和归属感，可是，它又是一个很可怕的名词，每一个人杀人的时候，都可以用它洗尽自己手上的鲜血。

专案组办案依靠的是封建纠问式或者超职权主义的模式去解决问题。因此，在佘祥林案件纠错过程中，发生潘余均自杀这样的悲剧续集也是情理之中、意料之中。潘案没有明确的结论，但从专案组办案的情况来看，只少有一点是可以肯定的：潘余均这位当年的专案组成员，又在接受专案组办案这种违背刑事诉讼法程序的审理，我们还不能说他是因为什么原因而自杀，但受专案组调查时过程不公开、律师不参与，在程序上受到了不公正的待遇，这一点是无疑的。

专案组办案存在这么多问题，从司法改革的大方向上来看，当然应当废除，但是还应当注意的是，在司法程序不完备的情况下，专案组办案还有存在的必要。

这是一个悖论：它是不完善的，是中国国内司法行政化的表现；但在中国司法体制不合理、司法程序不完善，大量案件不能得到公正、独立的审理的情况下，这种错误的行政化方式是整个行政化司法体系中不可缺少的纠错机制。理由是，没有专案组这个行政化的组织妨害独立、公正的司法，也会有其他方式导致司法事实上的行政化，这是一个有目共睹的现实，在这个现实前提下，专案组办案是行政化办案形式中相对来说更慎重的解决方案，因为它集中了各机关的办案高手、也有财力、物力的保障，能够集中精力解决重大案件。

对于重大案件，用专案组办案，是一种无奈的选择。全面的独立、公正的司法体系建立以前，还不能废除这一问题重重的特殊办案形式。很多人用纷繁复杂的理论所论证的我国司法的“本土资源”、“中国特色”，理由就在于此。这是用一个错误的体制为这一体制中错误的具体机制辩解，在逻辑上是循环论证，就象在一间囚牢里选择了靠窗的地方：在不能撤除囚牢的情况下，把窗子封闭当然是不妥的；但是，不能用有一扇窗口的存在作为不能撤除囚牢的理由。因此，司法改革不能再修修补补了，否则，永远不能跳出冤案发生的怪圈。

因此，中国司法公正的治本之策不是靠专案组办案，而是靠自上而下的司法改革，去建立一个独立、公正的现代司法体系，使刑事司法真正能实现打击犯罪、保护人权的双重目的。