东亚同文会成立于1898年，由近卫笃麿（近卫文麿之父）任会长，长冈护美任副会长。

1901年，同文会在上海设立了东亚同文书院，以招收日籍学生为主，四十余年间培养了大批所谓“中国通”，对中国进行全方位立体式的调查活动，自1901至1945年间，由东亚同文书院派出的学生五千余人以旅游访问等名义，先后遍及除西藏以外的中国所有省区，内容涉及地理、工业、商业、社会、经济、政治等多方面，线路达700余条。《支那省别全志》和《新修支那省别全志》就是他们“不辞辛劳，勤勤恳恳”爬山涉水，费尽心血的结晶和成果。客观上东亚同文书院曾经对中日文化交流发挥过一定的作用，但它的最终目的还是为日本的侵华行动作好前期准备，当好马前卒。在侵华战争中，同文书院的学员充当随军翻译、间谍等，为军方搜集和提供情报，直接参与侵华活动。战后东亚同文书院为中国政府所接管，书院最后一任校长本间喜一召集了原书院的教职员工和学生，于1946年11月在爱知县丰桥市成立了爱知大学，并发展至今。