1961年3月28日，东京地下铁日比谷线首段（南千住站至仲御徒町站）开通，由帝都高速交通营团承运，是东京第4条开通运营的地铁线路。

1964年12月23日，东京地下铁东西线首段（高田马场站至九段下站）开通，由帝都高速交通营团承运，是东京第5条开通运营的地铁线路。

1968年12月27日，东京都营三田线首段（巢鸭站至高岛平站）开通，由东京都交通局承运，是东京第6条开通的地铁线路。

1969年3月29日，东京地下铁东西线全线通车，东京地铁首次延伸至千叶县内，成为日本第一条跨县运营的地铁，也是第一条实行大站快车运营方式的东京地铁线路；12月20日，东京地下铁千代田线首段（北千住站至大手町站）开通，由帝都高速交通营团承运，是东京第7条开通运营的地铁线路。

1974年10月30日，东京地下铁有乐町线首段（池袋站至银座一丁目站）开通，由帝都高速交通营团承运，是东京第8条开通的地铁线路，东京地铁延伸至埼玉县内，成为日本第二条跨县运营的地铁。

1978年8月1日，东京地下铁半藏门线首段（涩谷站至青山一丁目站）开通，由帝都高速交通营团承运，是东京第9条开通运营的地铁线路；12月21日，东京都营新宿线首段（岩本町站至东大岛站）开通，由东京都交通局承运，是东京第10条开通运营的地铁线路，也是第一条实行大站快车运营方式的都营地铁线路。

1991年11月29日，东京地下铁南北线首段（赤羽岩渊站至驹込站）开通，由帝都高速交通营团承运，是东京第11条开通运营的地铁线；12月10日，东京都营大江户线首段（光丘站至练马站）开通，由东京都交通局承运，是东京第12条开通运营的地铁线路。

1995年，奥姆真理教发动东京地铁沙林毒气事件，丸之内线、日比谷线、千代田线及三条路线的换乘车站霞关站遭受攻击；事件造成12人死亡，5510人受伤，并使上述线路于当日停运。

2004年，帝都高速度交通营团实施企业化改革，改组为东京地铁株式会社（Tokyo Metro），东京地铁株式会社承运了所有原帝都高速度交通营团所运营的东京地下铁线路。

2008年，东京地下铁副都心线开通，由东京地铁株式会社承运，成为东京地铁株式会社成立后承运的首条新开通的路线，是东京第13条开通运营的地铁线路，也是第二条实行大站快车运营方式的东京地铁线路，同时在小竹向原站-和光市站与东京地下铁有乐町线共线。

2020年，东京地下铁日比谷线虎之门之丘站开通运营。

2023年11月，东京都交通局宣布，为了进一步为中国游客提供便利，现已支持通过微信 App 购买适用于东京地铁和相关线路的“东京地铁通票”以及京成 Skyliner（特快列车）单程票。

2018年，东京地铁日均客运量达到1078.6万人次。

东京地铁每座车站的入口处都有车站圆形标识、线路名称、车站名称、以及东京地下铁或都营地铁的符号。车站圆形标识由英文字母、阿拉伯数字和带有颜色的外圈构成；其中，英文字母代表所在线路，阿拉伯数字代表所在线路中该车站的编号，有颜色的外圈表示地铁线路的颜色。东京地下铁（Tokyo Metro）或都营地铁（Toei Subway）的符号表明了该车站的运营机构。搭乘东京地铁前，乘客需记住地铁站名、站点号码和线路代表色（圆形外圈颜色），以便乘车。

东京地铁每条线路都由不同的颜色及英文字母代表，其代表字母通常为线路英文名称的首字母。例如，银座线（Ginza Line）的代表颜色为橘黄色，代表字母为G。

进入东京地铁车站后，乘客可依据上方的导示系统进行乘车。导示系统由图示、箭头、及文字（日文、英文）组成。黄色的指示牌表示出口的方向，蓝色的导示标志用作换乘方向的指引。乘客需按照箭头所指方向进行乘车。

每座东京地铁车站都有触控式自动售票机，乘客需到自动售票机处购买普通车票、回数券、1日通票、PASMO卡等车票，也可以为PASMO及Suica等IC卡充值。在自动售票机中，除购买月票外，其余车票均不可使用银行卡购买。乘客也可在部分车站的定期票售票处及车站事务所购买部分通票及回数券。具体车票种类、车票价格、购票方法见下文。

乘客需选择带有绿色箭头的自动检票机，将车票插入该机口后，请于前方取回车票入站。

乘客使用PASMO卡进站时，需将卡片轻触蓝色感应区，面板上即会显示“IC”标志。如果读卡正常时则会发出“哔”的声音。

乘客需依照标识上的路线和方向指示寻找乘车站台。标识会显示方向和编号及车站名称以及主要停留站名。请务必确认月台号码并在正确的月台上候车。

在部分车站内，不同线路的列车可能会停靠在同一站台，乘客需注意列车前部的显示屏，显示屏上标有该列车的终点站。

乘车时旅客可以在车门上方查看列车所在位置及剩余站数等信息。

如因坐过站或是别的原因而导致票价不足，需在自动补票机处补票。补票机设置于自动检票口附近。将车票插入补票机后，会显示出不足金额。补票后，拿取新车票，将它插入检票口后便可通过。

下车后，乘客可在地铁信息看板查询出口编号及最近的车站出口，以便出站。

出了检票口后，可在检票口附近的黄色看板上阅读车站周边资讯及最近的车站出口。所有看板皆含有日文及英文两种语言标示。

东京地下铁间出闸换乘

在东京地下铁线路间换乘时，有时需要出检票口换乘，旅客需从橘黄色的换乘专用检票机通过，并于30分钟内完成转车，否则需要购买新的车票。若使用PASMO卡转车超过30分钟进站时，将会被自动扣除新的车费。如果没有使用橘黄色检票机，车票将被普通检票机收去，此时需联系车站工作人员。以下为需要出检票口换乘的车站：

站内转乘：上野站、三越前站、大手町站、池袋站、饭田桥站、九段下站

站外转乘：日比谷站<=>有乐町站、淡路町站<=>新御茶之水站、上野广小路站<=>仲御徒町站、涩谷站

东京地下铁与都营地铁间换乘

如果从东京地下铁线路换乘至都营地铁线路，都需要出检票口进行换乘，即需通过橘黄色换乘专用检票机并在30分钟内完成换乘。如果旅客没有购买通票，还需到人工窗口补齐差价。

其他换乘站点的信息将在下文具体介绍。

使用普通车票时，出站检票后将不退还车票（如果需要出站换乘，切勿通过普通检票口，需通过橘黄色换乘专用检票口；如果换乘时通过了普通检票口，普通车票将不会被退还，此时需立即联系车站工作人员取出车票）。一日通票会在检票后退回，乘客需取出车票。

以下为东京地铁车站内其他标识。

1. 普通车票：使用该类车票可乘坐东京地铁（包括东京地下铁和都营地铁）线路一次，出站即作废（需出站换乘不算）。该类车票在所有东京地下铁车站的自动售票机中均有售卖，共分为170日元、200日元、250日元、290日元和320日元五种面值类型，乘客需根据所乘坐地铁的距离选择不同面值的车票。普通车票的价格只在东京地下铁的车站中有效，由都营地铁管理的车站中出站时，需到人工窗口补齐差价。

2. 回数券：使用该类车票可在规定时间内乘坐东京地铁（包括东京地下铁和都营地铁）线路一定次数（已车票类型为准）。该类车票在所有东京地下铁车站的自动售票机和部分月票售票处中售卖，共分为普通回数券、回避高峰时段回数券、周末节假日优惠回数券三种。使用普通回数券可在三个月内乘坐东京地铁线路11次，使用回避高峰时段回数券可在三个月内的工作日平峰时段（10:00～16:00）、星期六、日、节假日及每年12月30日、31日、1月2日、3日乘坐东京地铁线路12次，使用周末节假日优惠回数券可在三个月内的每周六、日、节假日及12月30日、31日、1月2日、3日乘坐东京地铁线路14次。回数券的价格只在东京地下铁的车站中有效，由都营地铁管理的车站中出站时，需到人工窗口补齐差价。

3. 东京地下铁24小时车票：使用该类车票可在24小时内乘坐所有东京地下铁线路（不包括都营地铁线路）无限次。该类车票分为预售票和当日票，预售票在大部分东京地下铁定期票售票处中售卖，当日票在所有东京地下铁车站自动售票机中售卖。预售票在6个月内可以使用，自第一次使用时开始计时24小时使用期限。

4. 东京地下铁24小时车票学生票：使用该类车票可在24小时内乘坐所有东京地下铁线路（不包括都营地铁线路）无限次。只有以户外学习等教育旅行（游学）为目的的学生才可使用该类车票。游学团队需向旅行社的教育旅行分店申请该车票。

5. 东京地下铁PASMO一日通票：使用该类车票可在一个月内自行指定一日乘坐所有东京地下铁线路（不包括都营地铁线路）无限次。该车票在大部分东京地下铁的粉色售票机和月票售票处中售卖。

6. 东京地下铁、都营地铁一日通票：使用该类车票可在24小时内乘坐所有东京地下铁和都营地铁线路无限次。该类车票分为预售票和当日票，预售票在大部分东京地下铁定期票售票处和都营地铁车站事务所中售卖，当日票在所有东京地下铁、都营地铁车站的自动售票机中售卖。预售票在6个月内可以使用，自第一次使用时开始计时24小时使用期限。

7. 东京地下铁、都营地铁PASMO一日通票：使用该类车票可在一个月内自行指定一日乘坐所有东京地下铁和都营地铁线路无限次。该车票在大部分东京地下铁的粉色售票机和月票售票处中售卖。

8. 东京环游通票：使用该类车票可在24小时内乘坐所有东京地下铁、都营地铁、都营电车、都营巴士（有人数限制的巴士等除外）、日暮里－舍人线全区间以及JR线东京都内区间线路无限次。该类车票在东京地下铁、都营地铁各车站的自动售票机中售卖，自购买起开始计时。

9. PASMO（IC卡）：PASMO是东京地铁检票口读卡器可识别的IC卡，可用于所有东京地铁线路（包括东京地下铁和都营地铁）、所有东京私铁线路、所有东京公交线路、以及东京首都圈内的所有JR（铁路）线路。PASMO卡也可用作消费。该卡可在所有东京地铁车站的售票机、车站办公室、月票售票处购买和充值。

10. 东京地铁通票（Tokyo Subway Ticket）：使用该类车票可在一定时间内乘坐所有东京地下铁和都营地铁线路无限次。该类车票共分为24小时通票、48小时通票、72小时通票三种，仅限旅日外籍游客使用，可在东京成田国际机场、东京国际机场（羽田机场）、部分地铁站、部分景点的旅客服务中心、部分酒店内购买，购买时需出示护照以证明外籍身份。

购票前，乘客需首先在东京地铁车站内找到自动售票机。以下为购买东京地下铁普通车票的方法。

方法一

1. 乘客通过车站自动售票机旁价目表查询行程所需价格。（注意：如果目的地车站为都营地铁车站，此价格不准确，需在换乘时到人工窗口补齐差价）

2. 点击自动售票机画面右上方的”English”按钮，将介面语言切换成英文。

2. 点击“Ticket”按钮，购买普通车票。

3. 选择步骤一查询到的相应行程价格。

4. 向自动售票机内投入硬币或纸币。

5. 取走车票及找零。

方法二

1. 乘客无需查看价目表，在完成切换语言并点击Ticket按钮后，点击“Search by station name”按钮。

2. 输入目的地车站英文名称。

3. 选择正确的目的地车站名称。

4. 在自动售票机中塞入硬币或纸币。

5. 取走车票及找零。

方法三

1. 乘客无需查看价目表，在完成切换语言并点击Ticket按钮后，点击“Search by station number”按钮。

2. 选择目的地车站所在的线路名称。

3. 选择目的地车站名称。

5. 在自动售票机中塞入相应硬币或纸币。

6. 取走车票及找零。

其他

除普通车票外，乘客可仍然使用自动售票机购买回数券、1日通票、PASMO卡等车票，也可以为PASMO及Suica等IC卡充值。