1650年（清世祖顺治七年十月） 清平南王尚可喜、靖南王耿继茂南征岭南，令左翼总兵官许尔显造战船二百二十九艘，合红旗海寇梁标相等船同赴东山寺下，南明两广总督杜永和率水兵迎战，破走之。

1688年（清圣祖康熙二十七年季冬），据清康熙《新安县志》中有记载：“东山寺，在大鹏所东门外山上，中为观音堂，左为上帝殿，右文昌阁，前三宝殿”。

1752年（清高宗乾隆十七年仲冬）东山寺住持释德润和尚圆寂，礼葬于东山寺侧，碑石铭刻“洞宗住持东山德润和尚塔门徒默悟孙契乘曾孙相善等立”。该塔于1995年仲夏重建于寺右，西侧重修“东山寺灵光禅师”塔。

1819年（清仁宗嘉庆二十四年）新安县知事舒懋官修《新安县志》，记载东山寺“龙井，在鹏城东山麓，横开一穴，泉流不竭，其水夏寒冬温，甘美与他泉异。”

东山寺于清代咸丰四年（1854年）重修过一次，修建后的东山寺依山势低到高分成四进，前后进之间有天井隔开。广东全省水师军务提督、振威将军赖恩爵为山门题匾“东山古刹”。

854年（清文宗咸丰四年春）东山寺原址建成,建筑规模为四座四进。山门建有石牌坊，大鹏协副将张玉堂为其题写行书“鹫峰胜境”及“鹏岛灵山”。

1857年10月5日（清文宗咸丰七年八月十八）东山寺住持释通铨法师礼葬生母欧阳孺人于东山寺外，碑石铭刻“咸丰丁巳年八月十八日安垆通铨师生身母塔清十七世故室欧阳孺人墓附葬大檀越之塔闽汀杭邑陈英鸿吉立”字样。

1907年（清德宗光绪三十三年十一月） 东山寺住持湛英禅师重修通铨师生身母塔。

1943年12月2日（民国卅二年十一月初六）广东人民抗日游击队东江纵队在惠阳县土洋村正式成立。嗣后，东江纵队在大鹏黄岐塘三角山洞、观音山庙及东山寺设立临时医院。

1944年2月2日（民国卅三年正月初九）国民革命军第七战区惠淡守备区第二游击挺进纵队第三支队上校支队长徐东来指挥周义心大队、陆如钧大队及盐警三部约六百余人陆续攻击小桂、坝光及大鹏，东江纵队及东山寺临时医院伤员紧急撤往西冲。

1944年7月1日（民国卅三年五月十一）东江抗日军政干部学校在东山寺正式成立，东江纵队副司令员王作尧兼任校长、李东明任政治委员、林鹗任教育长、饶卫华任秘书长，教官曾生、王作尧、尹林平、赖仲元等。该校开办两期培训，约有学员七百名。

1944年11月15日（民国卅三年九月三十）东江纵队政治委员尹林平致电周恩来并转中共中央，请示将原有军政干部培训班正式改为军政学校东江第七分校，并建议由曾生、王作尧任何一人暂代校长职务。

1945年2月底（民国卅四年二月）东江纵队副司令员王作尧和政治部主任杨康华率领第三支队第三大队和东江抗日军政干部学校在独立第三大队接应之下，进抵罗浮山以南长宁圩和横河圩一带，校址设于博罗横河圩。7月6日，“罗浮山会议”召开，决定东江纵队迅速北进至粤北五岭山区，东江抗日军政干部学校正式改为中国人民抗日军事政治大学第七分校。

20世纪50年代初东山寺数度遭劫，遂成废墟。寺内大钟、塑像和文物被毁，琉璃瓦、匾额、墙基和阶石被拆，仅存清代石牌坊、佛塔、钟柱二根、石柱四根及石墩数个。

20世纪70年代东山寺原址被开辟为果林场，故称之“春有香梅桃李，夏有龙眼荔枝，秋有红柿鲜柚，冬有橘果甘甜。”

1984年深圳市博物馆考古人员在鹏城小学内发现东山寺寺门石匾，原为阴刻楷书“东山古刹”四字，已断为两截。现余残碑“东山”二字，右侧楷书“壬子年（1852年）重修”，残长135厘米，宽65厘米，拓本现存深圳市博物馆。

1984年9月深圳市人民政府公布东山寺石牌坊为深圳市文物保护单位。

1989年大鹏东山寺开始重建筹备工作。

1992年，鹏城被确认为旅游胜地。“重建大鹏东山寺古迹文物——东江抗日军政干部学校旧址筹备委员会”成立，大鹏镇当地群众，港澳台同胞和其他海内外人士，根据回忆和保存下来的资料，群策群力，在原旧址上重建东山寺。

1995年9月16日（农历八月廿二）东山寺举行重建竣工剪彩仪式。该寺在原址重建，历时叁年零五个月，占地约1400平方米，建筑面积约500多平方米。依山势分成四进，前后以天井隔开。

2005年，受深圳鹏城东山寺合寺僧众及周边地区佛教信众之邀请。恭请德高望重的传正法师为东山寺主持。

2006年8月14日（农历七月廿一） 东山寺获得深圳市龙岗区民族宗教事务局颁发《宗教活动场所登记证》[宗场证字（粤）F020060001号]，定名“深圳市鹏城东山寺”。

2007年10月8日（农历八月廿八） 释法清法师担任东山寺监院。

2009年左右，为了弘扬佛教文化，创建和谐社会局面，应广大善信居士要求，经政府相关部门批准，寺院修缮工作在传正法师的主导下紧张的进行中。

2010年8月29日至31日（农历七月二十至二十二）东山寺拆除旧寺危房。

2010年12月17日上午十时（农历十一月十二）东山寺大雄宝殿上梁法会隆重举行，由东山寺监院释法清法师、潮州东林寺释明皓法师、汕头明光精舍释光成法师为法会主法，释法清法师宣说上梁法语。

2011年11月1日（农历十月初六）东山寺隆重迎请三如来圣像进入大雄宝殿安座。

2012年1月23日（农历正月初一）东山寺大雄宝殿建成，勒石为记：“乐捐大雄宝殿功德芳名香港赖海民陈思廷合家佛历二五五六年岁次壬辰年住持传正立”，释传正大和尚题匾“大雄宝殿”。

2012年6月23日（农历五月初五至十三）东山寺启建第一坛十方法界水陆道场，初五举行洒净仪式，由释传正大和尚、释有学法师、释继光法师共同主法。

2012年6月24日上午七时（农历五月初六）东山寺隆重举行“东山寺落成开光暨上传下正大和尚陞座庆典”，幷由中国佛教协会咨议会副主席、海南三亚南山寺方丈释新成长老亲自为释传正大和尚送座，释传正大和尚正式就任东山寺方丈。

2012年9月 东山寺祖师殿、伽蓝殿、钟楼和鼓楼动工兴建。

2012年12月17日（农历十一月初五）东山寺文化教育中心正式揭牌成立。该中心由释法清法师倡立，举办传统文化公益学习班、幸福人生讲座和亲子国学夏令营等。

2013年4月23日（农历三月十四）柬埔寨王国诺罗敦·阿伦·拉斯美公主一行到访大鹏东山寺。

2013年6月29日（农历五月廿二）东山寺大山门开始动工修建，同年12月竣工，释传正大和尚题匾“东山寺”。

2013年9月7日下午三时三十分（农历八月初三）为纪念六祖惠能大师示寂1300周年，东山寺启建第二坛十方法界水陆道场，初四上午八时启建法会功德道场，初十下午二时三十分圆满送圣。

2013年11月19日（农历十月十七）柬埔寨王国白马省省长肯萨沙（H.E.KENSATHA）等一行参观大鹏东山寺和大鹏所城。

公元2013年深圳市锦绣江南投资公司黄暹典合家捐建东山寺钟楼，立碑记事。

公元2014年3月14日下午三时（农历二月十四）深圳市委常委、统战部长张思平，大鹏新区工作委员会书记刘燕，深圳市民族宗教事务局局长姚任等前来大鹏东山寺调研，随后在鹏城社区综合楼会议厅召开各部门联合调研会。

2014年3月27日（农历二月廿七） 第十一届全国政协常委、中国消费者协会会长、原国家工商行政管理总局局长王众孚在大鹏新区工作委员会副书记、管理委员会主任何永志等人陪同下视察东山寺，并参观了大雄宝殿和藏经楼等建筑。

2014年3月 深圳鹏城社区敬赠东山寺牌匾“惠泽邻里，关爱无价。”

2014年4月2日（农历三月初三）深圳市规划和国土资源委员会（市海洋局）主任（局长）、党组书记王幼鹏率队专程前来大鹏东山寺调研，中共深圳市大鹏新区工作委员会书记刘燕和大鹏新区管理委员会主任何永志等陪同视察。

2014年4月东山寺大牌坊广场建成。

2014年5月11日（农历四月十三）东山寺电子期刊《东山法源》创刊号正式出版，总编辑法清法师，主编郭芷言，副主编江丰泉、韩涛。

2014年5月16日（农历四月十八）原深圳市委常委、南方科技大学党委书记李铭访谒东山寺，并与方丈传正大和尚在藏经楼晤面，监院法清法师、大鹏新区党工委书记刘燕、大鹏新区管委会主任何永志、大鹏新区管委会副主任朱刚等陪同会谈。

2014年6月25日（农历五月廿八）著名学者、深圳市新闻人才基金会副秘书长薛景山撰写《重修东山寺碑记》。

2014年7月22日（农历六月廿六）台湾上海下涛法师主持东山寺放生、点灯、慈悲施食、药师烟供祈福法会，数千名善信参加。当时适逢海涛法师阳历生日，大鹏俊华园为之举办祝寿会。

2014年8月27日（农历八月初三）东山寺启建纪念六祖圆寂1301周年思恩水陆胜会。9月3日（农历八月初十），法会功德圆满，并举行隆重的送圣仪式。

2014年9月7日（农历八月十四）广东省佛协常务副会长、东山寺方丈传正大和尚莅临东山寺，主持2014深圳大鹏国际户外嘉年华“大鹏新区中秋水灯祈福法会”,台湾大寂法师在较场尾海滩分会场主持祈福法会。当晚，东山寺在大牌坊广场举办“菩萨清凉夜·菩提众生缘：东山古寺月圆之夜中秋晚会”,包括台湾大寂法师、东山寺监院法清法师在内的上千名嘉宾和观众出席了活动。

2014年9月9日（农历八月十六）上午十时，台湾天台正宗第四十七代法脉上海下涛大和尚莅临大鹏湾较场尾海畔举行放生法会，弘法度众。当日下午1时，海涛法师在东山寺大牌坊广场主持点万灯、供万水暨药师烟供施食法会，大约1500名信众聆听法师慈悲开示。

2014年11月16日上午（农历九月廿四）柬埔寨王国副总理严才利等率领柬埔寨王国政府代表团参观大鹏东山寺，迎请六祖铜像回国供奉。

2014年11月 东山寺筹建六祖讲堂，占地面积3200平方米，总建筑面积4000平方米。

东山寺为混凝土结构建筑，清水石外墙，黄色琉璃瓦屋檐，依山势从低到高分成四进，前后进之间有天井隔开。第一进前门，门前有十一级石阶，东侧禅房和客厅，西侧厨房。第二进“关帝殿”，供奉关帝神像，右为玄坛，后为韦陀塑像、雄钟和大鼓等。第三进“大雄宝殿”，设三宝佛和十八罗汉，右为“医灵殿”。第四进“观音堂”等。寺内增建“黄大仙殿”。寺院墙壁镶嵌福建彩画一百八十幅，寺外新建凉亭、水榭假山、石龟和花苑，周围新种桃李、枇杷、沙田柚、龙眼和荔枝等果树。

2009年东山寺进行第三次重建。建成后分四进，即以大山门、天王殿、大雄宝殿、藏经楼为中轴心。两旁为伽蓝殿、祖师殿、功德堂和福寿堂，并配以钟楼、鼓楼、僧舍、客房、客堂、斋堂、禅堂和六祖讲堂。

2012年9月至2014年元旦，对大雄宝殿进行扩建，包括左方的伽蓝殿和钟楼，右方为祖师殿和鼓楼。全部采用纯菠萝格红木结构，地基砌以传统花岗岩，未使用任何钢筋混凝土。其中钟楼的万斤铜钟在中国台湾铸造，刻有般若波罗蜜多心经及大悲咒。

大山门

大山门位于寺院前山鹏飞路旁，坐北向南，面朝大鹏湾。山门为四柱三间门楼式建筑，以花岗岩雕砌而成，总宽度21.80米，高度16米，气势雄伟。明间有三座拱形门，石柱为方形，楼顶雕有勾头、滴水，正面横额“东山寺”为传正大和尚所题，两侧联曰：“东城西就平心直行万卷一楼珍，山情水色真经自性一勺四海味。”（林若熹题）。背面刻有原深圳市委书记厉有为所题写的“回头是岸”四个大字，两侧对联“鹏岛听梵歌袅袅禅风曲传海外，鹫峰添胜境悠悠法雨福泽人间。”（吕开义题）。

天王宝殿

天王殿为仿古明清风格建筑，殿前对联云：“果有因因有果有果有因种甚因得甚果，心即佛佛即心即心即佛欲求佛先求心。”殿中对联云“日日携空布袋少米无钱却剩得大肚宽肠不知众檀越信心时用何物供养，年年坐冷山门接张待李总见他欢天喜地请问这头陀得意处是什么来由”。两厢四大天王保持着明清的雕塑艺术风格，神采飞扬，相貌威武。弥勒像后为护法韦驮尊天菩萨。

大雄宝殿

大殿为五开间，双层檐纯木结构，全部采用缅甸进口菠萝格红木，纯粹木结构榫卯衔接。屋顶采用江苏宜兴紫砂瓦，墙上青砖则专门定制于江西赣州。大殿悬挂传正大和尚撰写对联：“水天一色潮音深处有玄机如何是汝真面目，法门广大钟声悠扬无今古悟澈忘吾妙觉心”。殿内供奉三如来（中为释迦如来、左为东方药师琉璃光如来、右为西方极乐世界阿弥陀如来）。殿侧五百泥塑罗汉，仿自韶关南华禅寺，采用潮州陶泥，纯手工制作。

农历七月十五举行盂兰盆节瑜伽焰口施食法会，佛教盂兰盆节，又称为僧自恣日、佛欢喜日、报父母恩日。盂兰盆，梵文UIIam-bana的音译。“盂兰”，倒悬的意思，倒悬形容苦厄之状，盆是指盛供品的器皿。佛教认为供此具可解救已逝去父母、亡亲的倒悬之苦。

东山寺在每年（农历）九月十九（观音菩萨出家日）举行祈福斋天活动，观音菩萨的最初译名是“观世音菩萨”，本意为遇到苦难“即时观其音声，皆得解脱”。观音菩萨是大乘佛教慈悲救世精神的体现，从隋唐以来，民间更是形成了广泛的观音信仰。

东山寺在大鹏所东门外山岭中为观音堂左上帝殿右文昌阁前三宝殿（《新安县志·卷之十三·杂志·寺庙》，新安知县靳文谟修，清圣祖康熙二十七年【1688年】刻本）

东山寺在大鹏所东门外东山岭左为观音堂据金通志(《广东通志》金光祖纂修，清圣祖康熙三十六年【1697年】刻本)

东山寺在大鹏所东门外东山岭中为观音堂左为上帝殿右为文昌阁前为三宝殿《广东通志·卷五十四·坛祠志·广州府·新安县》，郝玉麟修、鲁曾煜纂，清世宗雍正九年【1731年】刻本；《方舆汇编·职方典·第一千三百十卷·广州府部汇考十二·广州府祠庙考二〔寺观附〕府志》

东山寺在大鹏所东门外山岭上中为观音堂左上帝殿右文昌阁前三宝殿（《新安县志·卷之十八·下卷·胜迹略·寺观》舒懋官修，王崇熙等纂，清仁宗嘉庆二十五年【1820年】刊本，第153页；《嘉庆新安县志校注》《宝安文史丛书》编纂委员会编，中国大百科全书出版社2006年出版，第470页。）

东山寺在大鹏所东门外东山岭金志《广东通志·卷二百二十九·古迹略十四》，阮元修，清宣宗道光二年【1822年】刻本

东山寺在大鹏所东门外东山岭左为观音堂据金通志(《广州府志·卷八十九·古迹略七》，戴肇辰修，史澄、李光廷纂，清德宗光绪五年【1879年】刊本。)

龙井在鹏城东山麓横开一穴泉流不竭其水夏寒冬温甘美与他泉异（《新安县志·卷之四·山水略·井泉》，舒懋官修，王崇熙等纂，清仁宗嘉庆二十五年【1820年】刊本。）

传正大和尚，俗名林培庵，号岩基，广东惠来人。1944年出生于一个世代奉佛的家庭，自幼聪慧，睿智天成，少时即怀善心，能显慈悲。年方七岁，便厌血腥，执意茹素。十一岁时投惠来普善岩出家。“文化大革命”期间，所居寺庙被毁，然大和尚心诚意坚，矢志不渝，奉守戒律，毫无怠懈，食则仍依古德，修则不离智定。2004年，师应鹏城当地政府机构和村民以及周边信众的多次礼请，接管深圳市大鹏东山寺，并进行改造。2012年6月24日，东山寺举行落成殿堂开光庆典，同时在两序大众礼请下，晋院升座荣膺方丈。

公交

市内公交乘坐H92/E11车或者龙岗公交线：乘坐818/833车，到大鹏站下，往前走到马路对面100米，在大鹏王母站转B756到东山寺站下。