中国人民解放军第三十九集团军的前身是红十五军团，包括红二十五军和红二十六军。红二十五军由徐海东任军长，参加长征。红二十五军后抵达陕北苏区，与刘志丹、高岗领导的红二十六军会合，组建红十五军团。徐海东任军团长，程子华任政委，刘志丹任副军团长，高岗任政治部主任。

抗日战争期间，红十五军团编为八路军115师344旅，由徐海东将军率领，在与日军交战中损失巨大。工农红军总司令朱德为首的军委，改任杨得志为代旅长，黄克诚为政委，后发展为第五纵队。1940年，黄克诚率该纵队大部进入华中地区，并在苏北与陈毅的新四军会合后，后改编为新四军第三师，黄克诚任师长兼政委，原344旅整编为第10旅，刘震任旅长，洪学智为师参谋长。

1945年9月，根据中共中央关于向东北发展，并争取控制东北的战略部署，新四军第3师师部率所部第7、第8、第10旅和独立旅及师属3个特务团共3.2万余人，先后从江苏省淮阴地区出发，11月进入辽宁省锦州以西地区，归东北人民自治军领导。1946年1月，改称东北民主联军第3师，归热辽（西满）军区领导。9月，第3师主力在黑龙江省安达、海伦地区改编为东北民主联军第2纵队。刘震任司令员，吴法宪任政治委员（后吴信泉任副司令员兼参谋长、吴法宪兼任政治部主任）。所属第8、第10旅和独立旅依次改编为第4、第5、第6师，共3万余人。第7旅编入第6纵队，改称第16师。纵队成立后，参加四平保卫战、三下江南作战及东北1947年夏、秋、冬季攻势作战。1948年1月，改称东北人民解放军第2纵队，归东北野战军建制。4～8月进行新式整军和练兵。9～11月在辽沈战役中，参加攻克义县、锦州和在黑山、大虎山地区的围歼战，并与兄弟部队一起解放沈阳。1948年11月，根据中共中央军委关于统一全军编制及部队番号的命令，东北野战军第2纵队改称中国人民解放军第39军，仍属东北野战军建制。刘震任军长，吴法宪任政治委员，吴信泉任副军长，王良太任参谋长，李雪三任政治部主任。所辖第4、第5、第6师及新调入的独立第7师依次改称第115、第116、第117、第152师，全军共6.8万余人。12月～1949年1月参加平津战役，在解放天津的作战中，与第38军共同担负由西向东的主要突击任务。平津战役后，执行对国民党军第31军军部及第104军第269师的改编任务。5月，第39军编入第四野战军第14兵团。兵团副司令员刘震兼任军长，吴信泉任政治委员（后吴信泉任军长，徐斌洲任政治委员），谭友林、孙子仁任副军长，后李雪三任副政治委员兼政治部主任，再后石瑛任政治部主任，沈启贤任参谋长。随即由河北省武清县（今属天津市）南下。7月调归第13兵团指挥，参加宜沙战役。9～10月，与第38军组成进军华南的西路军，参加衡宝战役，直插湘西南，切断了湘南国民党军西逃云南、贵州的道路。11～12月，参加广西战役，解放贵州省从江，广西省柳州、宾阳、南宁等县市。尔后，追击国民党军至广西西南边境，解放边陲重镇镇南关（今友谊关）。12月，第152师调归广西军区建制，第115师进至桂林、鹿寨、来宾等地剿匪。1950年1月，第39军主力北上湖南省耒阳、郴州、衡阳地区集结。3月，进驻河南省漯河地区整训和参加治理颍河工程。7月，开赴辽宁省辽阳、海城地区，编入东北边防军。8月，第115师进至鞍山归建。1950年10月，第39军编为中国人民志愿军第39军，参加抗美援朝战争。