更新时间：2024-06-14 09:49
上海分院系统现有19家机构（含上海分院）：中国科学院上海微系统与信息技术研究所、中国科学院上海硅酸盐研究所、中国科学院上海光学精密机械研究所、中国科学院上海应用物理研究所、中国科学院上海技术物理研究所、中国科学院上海有机化学研究所、中国科学院上海生命科学研究院（人口健康领域）、中国科学院生物化学与细胞生物学研究所（筹，分子细胞科学卓越创新中心）、中国科学院上海生命科学研究院神经科学研究所（筹，脑科学与智能技术卓越创新中心）、中国科学院上海生命科学研究院植物生理生态研究所（筹，分子植物科学卓越创新中心）、中国科学院上海天文台、中国科学院上海药物研究所、中国科学院上海巴斯德研究所、中国科学院福建物质结构研究所、中国科学院宁波材料技术与工程研究所、中国科学院城市环境研究所、中国科学院上海高等研究院、中国科学院微小卫星创新研究院。其中法人单位16家。
上海分院系统有13个国家重点实验室、39个中国科学院重点实验室，以及中国科学院上海教育基地、中国科学院上海国家技术转移中心、中国科学院上海交叉学科研究中心。
据2021年2月分院官网显示，中国科学院上海分院系统有19个分院系统院所（含1个研究站）和4个共建单位：
中国科学院分子细胞科学卓越创新中心（中国科学院生物化学与细胞生物学研究所）
中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心（中国科学院上海生命科学研究院神经科学研究所）
中国科学院分子植物科学卓越创新中心（中国科学院上海生命科学研究院植物生理生态研究所）
中国科学院声学研究所东海研究站（又名中国科学院上海声学实验室，隶属于中国科学院声学研究所）
浙江中国科学院应用技术研究院
中国科学院上海辰山植物科学研究中心
中国科学院台州应用技术研究与产业化中心
上海分院各研究所学科领域广泛，在优势研究领域有着长期的积累：在物质科学与技术领域，包括同步辐射、核科学与核技术、高能量密度物理、有机化学与有机材料、无机非金属材料和金属材料、天体物理、天文地球动力学和技术方法等；在信息科学与技术领域，包括通信技术、微电子技术、光电子技术、激光技术、红外技术等；在生命科学与技术领域，包括生物化学与分子生物学、细胞生物学、神经生物学、植物生理学、分子遗传学、创新药物和生物技术、病毒学与免疫学、健康营养研究等。同时加强学科交叉和融合，加强系统集成和提供解决方案的能力，在信息、新能源、新材料、空间、海洋、人口健康以及大科学工程等领域着力部署，不断提高创新能力和科研水平。
上海分院凝聚和培养了一大批优秀的科技创新人才，现有一支13718人的科研、管理和支撑队伍，其中专业技术人员9761人，所占比例71.15%，其中高级研究人员4087人。目前拥有的高端人才队伍中，有中国科学院院士57人，中国工程院院士12人，国家杰出青年科学基金获得者153人，国家自然科学基金委创新群体20个，共55人次担任国家“973”项目首席科学家。
上海分院系统各研究机构设有生物学、药学、化学、电子科学与技术、材料科学与工程、动力工程及工程热物理、核科学与技术、物理学、光学工程、天文学、科学技术史、基础医学等18个一级学科，64个二级学科专业。共设立有52个博士学位培养专业点，64个硕士学位培养专业点，20个博士后科研流动站。拥有研究生导师1100余名，其中博士生导师700余名。在学研究生总数为5616名，其中硕士生2846名，博士生2770名，另有在站博士后431名。
中国科学院上海教育基地作为中国科学院研究生教育的重要组成部分，是中国科学院大学在上海地区集中开展研究生课程教学、进行学术交流、营造研究生教育校园文化氛围以及为地方培养高层次人才的教育基地。上海教育基地成立于2002年8月，是中国科学院在京外地区建立的最大的教育基地。
上海教育基地依托中国科学院上海分院各研究所。研究生教育的培养专业，涉及生物学、药学、化学、电子科学与技术、材料科学与工程、动力工程及工程热物理、核科学与技术、物理学、光学工程、天文学、科学技术史、基础医学等18个一级学科，64个二级学科，20个博士后科研流动站。拥有研究生导师1100余名，其中博士生导师700余名。在学研究生总数为5616名，其中硕士生2846名，博士生2770名，另有在站博士后431名。
上海教育基地集中开设硕、博士研究生的公共学位课程和生命科学各专业的专业学位课程的教学。聘请来自国外著名院校、国内重点高校和上海分院各研究所的专家、教授任教专业学位课程，聘请外籍文教专家任教公共学位课程外语。
在中国科学院、上海市的重视和关心下，在各所的大力支持下，上海分院研究生教育工作得到了长足的发展，在学研究生规模逐年扩大，教学条件进一步改善，由中国科学院路甬祥院长亲自奠基的上海教育基地研究生综合教学大楼已于2004年3月正式启用。新教学楼设计理念新潮、硬件设施完备、教学设备先进，适应发展了的现代研究生教学的需要。新教学楼建筑面积有6000多平方米，拥有配备多媒体教学功能的教室、双向传输的远程教学的教室、外语教学的语音室、教学功能齐全的阶梯教室和报告厅，以及供计算机教学用的计算机房等各种教室，具备上千名硕士、博士研究生同时进行各种学位课程教学的条件。
中国科学院上海分院系统研究院所的教育职能归口中国科学院大学，并与中国科学院大学、上海科技大学实行科教融合体制。
中国科学院上海分院高度重视国际合作，积极开展全方位、多层次、高水平的国际科技交流，多途径拓展国际合作局面，与全球20多个国家的430余个机构建立了友好合作关系，每年出访和接待来访人数都超过千余人次，有效的提升了自身创新能力，扩大了国际影响力。
上海解放时，属于原国立中央研究院的有驻沪办事处、医学研究所筹备处、动物研究所、植物研究所、化学研究所、工学试验所等6个机构；属于原国立北平研究院的有药物研究所、发生生理研究所、物理研究所结晶学研究室等3个机构。1949年6月，上海市军事管制委员会接管这些机构，同年11月转归中国科学院领导。1950年12月和1951年1月，又先后接管原由法国教会组织创办的徐家汇天文台和佘山天文台。
1949年11月1日，中国科学院在北京成立，接着又在沪设立了中国科学院上海办事处。中国科学院于1950年开始在全院范围内进行研究机构的调整、扩充工作。
1950年3月21日，经政务院批准，中国科学院华东办事处在上海成立，兼管设在南京的院属研究机构。
1955年2月，仍改为中国科学院上海办事处。
1958年11月，成立中国科学院上海分院。
1963年10月，改为中国科学院华东分院，兼管设在华东六省的院属机构。
1970年7月，中国科学院撤消分院体制，华东分院撤消，部分研究所实行中国科学院与上海市双重领导，部分研究所划给上海市领导。
1977年11月，恢复成立中国科学院上海分院，划给上海市的原院属研究所，以及原分院附属机构全部划回，归中国科学院领导。所有独立机构实行以科学院为主、与上海市双重领导的体制。同时，上海市成立上海科学院，与中国科学院上海分院实行“两块牌子，一套班子”的管理机制；1987年7月，上海科学院实行独立建制。
1997年2月，中国科学院上海分院与上海交通大学联合建立上海交通大学生命科学技术学院。
2002年9月，中国科学院依托上海分院各研究机构成立中国科学院上海教育基地，分管研究生工作。
2011年3月31日，中国科学院上海分院与香港中文大学在上海签订全面合作协议。
2013年4月10日，中国科学院上海分院与复旦大学签订合作框架协议。
2016年1月，中国科学院上海分院与嘉定区签署合作办学协议，将在嘉定区设立中国科学院上海实验学校，2017年起招生。
2019年1月，中国科学院上海分院与俄罗斯科学院远东分院签署合作协议。
2020年7月7日，中国科学院上海分院与上海理工大学签署科教融合协同育人合作框架协议。
注：上海分院改为华东分院的时间，中国科学院上海分院官网院况介绍为1961年，上海市地方志办公室官网、《中国科技史料》等资料介绍为1963年10月。
中国科学院上海分院研究生学术报告
2009年12月25日下午，由中国科学院上海生命科学研究院研究生部主办的“第一作者讲坛”第47期报告在中科大厦一楼报告厅举行。营养科学研究所方靖研究员指导的博士生薛婧作了题为“Prolyl Hydroxylase-3 Is Downregulated in Colorectal Cancer Cells and Inhibits IKKβ, Independent of Hydroxylase Activity”的精彩报告，给大家送上了一份特殊的圣诞礼物。结直肠癌是人类常见的消化道肿瘤，与生活方式及膳食结构密切相关。全球每年新增病例数达94万，每年有近50万人死于结直肠癌，居癌症死因第3位。在我国，结直肠癌居恶性肿瘤发病率第4位，且呈明显上升趋势。薛婧等通过分析结直肠癌临床样本，发现肿瘤中Prolyl Hydroxylase-3 (PHD3)的表达水平明显低于正常结直肠组织，且PHD3的表达水平与肿瘤的分级和转移呈负相关。细胞和动物实验显示抑制PHD3表达可以显著加速肿瘤细胞的生长和肿瘤的生成。进一步的研究提示，PHD3可能通过抑制IKKβ/NF-kB信号通路发挥作用，并且这一作用不依赖于其羟基化酶的活性。研究结果揭示了PHD3的新功能，有助于认识结直肠癌的生长机制以及寻找治疗新靶标。该研究成果于当年9月被消化系统研究领域的权威杂志《胃肠病学》(Gastroenterology)在线发表。在报告中，薛婧同学以活泼生动的语言阐述了该课题的研究背景、研究结果以及在研究过程中遇到的机遇和挑战等。在介绍研究工作的同时，薛婧也应同学们的要求具体谈了她在博士研究生学习中的一些切身感悟，给大家介绍了在研究和学习过程中通过不断思考、假设、试验，完善，最终喜获丰收的过程，还和大家分享了研究生生活中所经历的从疑惑，惊喜到坚定的心路历程。
2018年12月8日，“嫦娥四号”探测器乐成进入地月转移轨道，开启人类初次月球不和着陆探测之旅，为了“嫦娥四号”此次远行，中国科学院上海分院“五朵金花”——上海技物所、上海光机所、上海天文台、上海硅酸盐所和上海有机所全心装扮“嫦娥”。在探月之路上，“五朵金花”绽放“登月瑰宝”，助力“嫦娥”欢迎各类严厉挑衅，顺遂完成探月之旅。
1949年8月～1953年 中国科学院上海办事处主任：李亚农
1953年12月～1954年2月 中国科学院华东办事处主任：李亚农
1954年2月～1958年11月 中国科学院上海办事处 主任：李亚农（1956年9月调离）
1958年11月～1962年8月 中国科学院上海分院院长：刘述周（兼）
1962年8月～1965年 中国科学院华东分院院长：刘述周（兼）
1965年9月～“文化大革命”初 中国科学院华东分院院长：赵明新
1978年1月～1984年1月 中国科学院上海分院院长：王应睐
1984年1月～1988年8月 中国科学院上海分院 院长：曹天钦
1988年8月～1990年 中国科学院上海分院院长：王志勤
参考资料：
李正华 职务：分党组书记，沪区党委书记
胡金波 职务：院长，分党组副书记，沪区党委副书记
孔朝晖 职务：纪检组组长、分党组成员，沪区党委副书记、纪委书记
吴成铁 职务：副院长、分党组成员
王燕 职务：副院长、分党组成员
2021年9月2日，中国科学院上海分院体育协会被国家体育总局授予“2017-2020年度全国群众体育先进单位”称号。