1937年12月南京沦陷后，国民政府先后成为日军第16师团部和伪维新政府行政院，以及汪伪国民政府的立法院、监察院和考试院；国府东院成为伪交通部、铁道部等机构；国府西院成为伪军事参议院。

1946年5月，国民政府还都南京后，这里仍为国民政府所在地。东花园成为国民政府社会部、地政部、水利部和侨务委员会；西花园则成为国民政府主计处、军令部，总统府军务局、首都卫戍总司令部。

1948年5月20日，蒋介石、李宗仁在行宪国民大会分别当选总统和副总统后，国民政府改称总统府。

1949年4月23日，南京解放，24日，中国人民解放军占领总统府。从此，揭开了中国历史新的一页。

1949年4月23日南京解放后，总统府先后成为南京市军管会、南京市文物管理委员会、江苏省省委、江苏省人大常委会、江苏省人民政府、江苏省政协等机关的办公处。

20世纪90年代，机关单位陆续迁出，并于1998年在总统府旧址开始筹建南京中国近代史遗址博物馆。至2003年3月，建设工作完成，并正式对外开放。

1982年，总统府内的太平天国天王府遗址被国务院公布为全国重点文物保护单位。

1999年以来，博物馆征集、收购散落在民间的国民政府印章、照片和重要文件等珍品，还曾通过一些专家学者和国家有关机构向海外的国民党人士及其后裔征集大量文物史料进行复原陈列，主要包括晚清与民国史料陈列、洪秀全历史文物陈列、原国民政府五院文物史料陈列、总统府文物史料陈列和孙中山先生生平事迹展等，展示了中国近代史的演变过程。

2004年，被评为国家AAAA级旅游景区。

2005年4月27日，时任中国国民党主席的连战在访问中国大陆期间，曾到博物馆内的孙中山先生临时大总统办公室及蒋介石办公室等原址参观并为博物馆题字“和平奋斗救中国”留念，是中国国民党主席五十八年来第一次参观南京总统府。

博物馆经过精心的规划和五年的建设，至2003年已初具规模。博物馆总占地面积为9万平方米。景区占地面积约9万平方米，保存有较为完整、风格迥异的近现代建筑遗存，有中式官衙建筑、中式园林建筑、西式建筑以及民国公共建筑等，著名碑碣散布其间。

共分三个参观区域，中区（中轴线）主要是国民政府、总统府及所属机构；西区是孙中山的临时大总统办公室、秘书处和西花园，以及参谋本部等；东区主要是行政院旧址、马厩和东花园。一系列展馆和史料陈列，则分布在这三个区域中。

博物馆东起东箭道，西至太平北路，南起长江路，北至长江后街，占地面积约十万平方米。有国民政府和‘’总统府旧址‘’、孙中山临时大总统办公旧址、近代史通史馆、临时展览馆、煦园、旅游接待服务区、科研行政办公区七大功能区，建筑面积五万平方米。中部以原国民政府和总统府原址为主线，东部以清代两江总督署、太平天国天朝宫殿和原国民政府行政院为主线，西部则以孙中山临时大总统办公室为主线。遗址博物馆的建筑汇集了清末、太平天国、中华民国时期的不同风格，建筑搭配和谐，独具韵味。

总统府‘象征着中国两千多年封建统治的终结，而且曾经是清代两江总督署和太平天国天王府所在地，总统府在各个时期的建筑交错叠加但又不显凌乱，反映了这三个不同历史时期的风貌。

南京总统府既有历史厚重感又有独特的建筑风格，百分之九十的建筑仍在；而与；总统府有关的文物则在多年的战火和社会变迁中流失，馆藏无几，因此博物馆最后被定位为遗址博物馆，主要展示两江总督署、太平天国天王府遗址和中华民国国民政府旧址。

地址：南京市玄武区长江路292号。

市民可乘坐南京地铁2号线、南京地铁3号线至大行宫站步行到达。