井上馨在朝鲜时，就通过随员井上角五郎向放出“将向中国讲理”的风声；1月19日，井上馨回到东京，22日与到访的新任中国驻日公使徐承祖会谈时要求中国撤走驻朝清军。清政府得知后，认为“华兵驻朝，保护属藩，业已有年，又经朝王屡请留防，义难漠视，今该国乱党未靖，尤不能撤“，因此要求徐承祖继续与井上馨据理力争。但井上馨坚持要中国撤军，徐承祖判断难以说服日方，转而支持撤军，在1月30日致直隶总督兼北洋大臣李鸿章的报告中认为有俄国在，日本必不敢在朝鲜轻举妄动，且中法战争正在进行，中国不宜再树一敌。此议得到李鸿章的采纳，但立意与徐承祖有所不同，他指出：“庆军（指吴长庆麾下军队）戍韩三年，将士苦累嗟怨，稍缓本应撤换，但隔海远役，诸多不便。朝城各国官商毕集，口舌繁多，日人又从中播弄。统将刚柔操纵，难尽合宜，得人实属不易。如果日兵允即尽撤，我军亦未尝不可暂撤。”也就是说，李鸿章要求日军也同清军一起撤退才行，此外他还主张撤军后由中国推荐德国教官去朝鲜训练军队，中国军舰也时常巡航朝鲜，以维持对朝鲜的控制。他的这些主张在后来的天津谈判中体现出来。

1885年2月7日，日本政府终于达成一致，决定和平解决与中国的争端。翌日，外务卿井上馨电告驻华公使榎本武扬，命令他试探清政府态度，即是否接受处罚驻朝清军将领（袁世凯等）和撤军两项要求。当时中国普遍担心日法结成同盟，井上馨企图利用这一点迫使清政府就范。另一方面，日本还请求英国驻华公使巴夏礼斡旋，巴夏礼不顾已经病重的身体，以俄国威胁和日法同盟的可能性来说服清朝总理衙门接受同日本的谈判。

2月24日，参议兼宫内卿伊藤博文被任命为特派全权大使，赴华处理甲申政变的善后问题，井上馨在对伊藤下达的训令中所布置的任务仍然是他之前对榎本武扬提到的两个：一、惩办甲申政变期间的清军将领；二、撤退驻扎朝鲜之清军，并补充说对于第一项任务，要求对清军将领最低限处分是罢职，对于第二项任务，驻朝日军也可相应地撤退。此外，萨摩系人士西乡从道则被特别任命为“辅佐”，让他加入使团的理由主要是为了平息萨摩系及军队中主战派的声音。另有海军中将仁礼景范、陆军中将野津道贯、参事院议官井上毅、太政官大书记官伊东巳代治、外务权大书记官郑永宁等随行，整个使团合计24人。3月11日，清政府也正式任命李鸿章为全权大臣，吴大澂会同商议，上谕中要求谈判在天津举行，并针对日本提出的两项要求，指出绝对不可同意惩办袁世凯等人，但没有提及不可撤军，可知清廷在撤军问题的态度上已经松动。天津谈判就此拉开帷幕。

伊藤使团的来华充满火药味。据徐承祖搜集的情报，日本天皇将赴广岛、熊本两镇台阅兵，各处兵工厂也忙于备战，伊藤使团中的野津道贯负责查看地势，为开战做准备。伊藤来华的消息传入朝鲜后，也引发恐慌，与金允植、闵泳翊等朝鲜高官过从甚密的日本人井上角五郎更是在朝鲜大肆散布中国不会答应撤兵、中日必将于朝鲜开战的消息，因此很多朝鲜官民忙着向农村转移财产（不过实际上日本政府的对策是谈判破裂就强化驻朝兵力，而非马上开战）。上海《字林西报》也报道说，伊藤不仅要求中国撤退驻朝清军，还要索赔80万、了结琉球案、新开口岸、重订商约。为此，清政府不得不严阵以待，李鸿章则劝告总理衙门尽快与法国妥协，以便他的对日谈判。

原本日本驻天津领事原敬告知李鸿章，伊藤博文预计在3月6日抵达天津，但到3月12日仍无音讯，甚至还传出伊藤博文私赴上海，与法国结成秘密军事同盟的风闻，为求证此事，李鸿章于13日会见日本驻华公使榎本武扬，榎本武扬解释称伊藤使团来到烟台时，随员中出现了疑似天花感染者，因而按照国际惯例需要滞留几天。3月14日，伊藤博文姗姗来迟，16日在日本驻天津领事馆会见李鸿章，告知他将赴北京向光绪帝或慈禧太后递国书方能坐上谈判桌，李鸿章则以皇帝年幼、妇女不宜接见外使为由加以挽留。伊藤不顾其劝告，于3月17日离津赴京，21日抵达北京。总理衙门同样以天子幼冲、尚未亲政的理由拒绝伊藤博文谒见皇帝、递交国书，并称李鸿章有战时防务在身、不能离开天津，坚持要求伊藤博文去天津谈判（更重要的隐藏原因是驻日公使徐承祖向清政府提供了“伊藤随弁，意在窥探”的情报，所以清政府坚决不让他们留在北京）。最终伊藤博文妥协，在确认了李鸿章的全权资格之后与总理衙门的庆郡王奕劻等王大臣实现了三次会晤，并于3月31日折返天津。在伊藤到来之前，井上馨就主张不必将谈判地点放在北京，并训令榎本武扬不得在此问题上逼迫总理衙门，所以伊藤在遭到总理衙门的反对后自然不会在此问题上坚持；在这过程中，英国驻华代理公使欧格讷（巴夏礼在伊藤入京翌日死亡）出面斡旋，请伊藤博文不要执着于在北京谈判，也起到了一定作用。

4月2日下午，伊藤博文回到天津。此时中法战争的局势因冯子材取得镇南关大捷而转向对中国有利，谈判就在这种情况下拉开帷幕。4月3日在直隶总督行馆举行首次谈判，以下为谈判参加者名单：

双方交换了委任状后，就展开了谈判。伊藤博文开门见山，气势汹汹，称他此来一为“以前之事”，二为“将来之事”，为“以前之事”则须惩办驻朝清军指挥官（袁世凯等）并赔款日本损失，为“将来之事”则需撤离驻朝清军。李鸿章则依据朝方提供的情报，称甲申政变时日本驻朝公使竹添进一郎率军入宫所凭借的国王教旨“日使来卫”实为“乱党”矫旨，又言驻朝清军曾将日本侨民妇女护送到仁川，对日本问心无愧，且中国绝不可能向日本赔款。第一轮谈判就在激烈的唇枪舌剑之中无果而终。

4月5日，中日代表在直隶总督行馆举行第二轮谈判。双方争辩的焦点在于驻朝清军指挥官的责任问题。伊藤博文声称他握有朝鲜国王要求日本保护的证据，李鸿章则拿出朝鲜国王给吴大澂的咨文副本加以驳斥；伊藤接着又指责驻朝清军先攻击日军，李鸿章则强调驻朝清军在12月6日上午8时就照会竹添进一郎，下午3时竹添仍未回应，才导致了冲突，相反驻朝清军是应朝鲜官民的请求而出兵解救国王的，名正言顺，故错在竹添而非袁世凯；伊藤自知理亏，又转进到驻朝清军参与攻击日本侨民的问题，并出示了5个“受害者”的证词，李鸿章则表示因朝鲜军服改制，和清军容易混同，再加上可能为假冒清军之人，所以无法确认是驻朝清军所为。双方争锋相对3个多小时而散。次日，李鸿章得知中法和约在巴黎草签的消息，总算舒了口气。

4月7日，中日代表在水师营务处举行第三轮谈判，依旧是围绕上次问题进行争辩。最后李鸿章提到总理衙门告诉他日本所要求的只有两项，即要求中国撤军和惩办中国营官，没提到赔款的问题。伊藤博文则狡辩称他曾向总理衙门提过驻朝清军伤害日本侨民之事，是总理衙门没听懂他当时暗示赔款的言外之意。事实上，日本政府对伊藤的训令里也没要求他争取赔款，还强调尽管日本有提出赔款的权利，但“不宜徒增议论，滋生事端”。所以伊藤博文擅自提出赔款要求实乃横生枝节、利用门面效应达到目的的谈判技巧。伊藤博文还说自己曾被总理衙门告知“此事与中堂商办，必能妥速，因中堂系主和之人，必不愿与日本开仗”，表面上是恭维，实暗含威胁之意。不过，李鸿章最大的顾虑即法国因素已经消散，因此对日本更无让步余地。

随后，伊藤博文也得知了中法停战的消息，对他来说无疑是浇了头冷水，于是他派榎本武扬在4月8日夜去试探李鸿章的口风，问伊藤所提三项要求能答应几项，李鸿章说只有彼此撤军一项可以商量。榎本威胁道，若如此，伊藤将立刻停止谈判回国。李鸿章生气地表示：“朝鲜事中国并未办错，其错处全在竹添，若因此决裂，我惟预备打仗耳！”并转头对伍廷芳说：“中国不是都敢向法国开战吗？”

李鸿章的强硬态度果然奏效，伊藤见威胁无效，只好暂时向中国屈服。在4月10日直隶总督行馆举行的第四轮谈判中，中日代表便开始围绕撤军问题展开谈判，主动权牢牢握在李鸿章手上，谈判相当顺利，但是李鸿章反而显得有些得意忘形，口无遮拦，竟然说什么“我知贵国现无侵占朝鲜之意，嗣后若日本有此事，中国必派兵争战；若中国有侵占朝鲜之事，日本亦可派兵争战；若他国有侵占朝鲜之事，中、日两国皆当派兵救护。缘朝鲜关系我两国紧要藩篱，不得不加顾虑。目前无事，姑议撤兵可耳”。伊藤博文则马上附和道：“中堂所论光明正大，极有远见，与我意相同，当谨识勿忘。”

4月11日，李鸿章命吴大澂拟出草案4条，内容为四个月内中日从朝鲜撤军；在一定期间内保留中国教官；以后朝鲜发生商民争端，中日官员均不带兵前往；朝鲜若请中国出兵镇压叛乱，与日本无关，中国也不再留驻军队。在呈给伊藤过目后，伊藤也拟出了草案5条，内容为以后中日均不得在朝鲜有任何军事存在；前条款与两国交战权无关；朝鲜若发生交涉事端，中日均派委员和平解决；中日应劝朝鲜国王选择第三国教官来训练朝鲜军队；中日驻朝军队在四个月内从朝鲜撤回。

4月12日，中日代表在日本驻天津领事馆举行第五轮谈判，中日草案均被提出讨论。伊藤博文反对中方草案要留中国教官的第3条，并抗议中方草案第4条中单方面强调中国可以应朝鲜请求派兵，对于曾在《济物浦条约》中获得出兵权的日本来说不公平，且与第2条矛盾。双方争论的焦点集中于后者。李鸿章认为中国本来就是朝鲜的宗主国，不应与日本等量齐观，但伊藤博文不承认中国对朝鲜的宗主权，李鸿章又主张在第2条进行修改，添加一些附加条件（如朝鲜叛乱例外或不妨碍中日在朝鲜的既得之权）；而伊藤则主张将第4条改为“中日两国如经朝鲜请平内乱，各有派兵赴朝之权，惟彼此均应请示”，李鸿章不以为然。双方相持不下，伊藤又以罢议回国来要挟，会谈不欢而散。

4月15日，中日代表在水师营务处举行第六轮谈判。伊藤提出草案3条，最关键的第三条就是“如将来朝鲜有纷难之事，两国或一国派兵，先互相行文知照”，这正是上轮谈判中伊藤提出却被李鸿章否定的条款。双方正在议论中，李鸿章接到军机处电寄谕旨，内有“撤兵可允，永不派兵不可允。万不得已，或于第二条内无干句下添续‘两国遇有朝鲜重大事变，各可派兵，互相知照’等语，尚属可行。至教练兵士一节，亦须言定两国均不派员为要”之语。李鸿章见慈禧太后的意见与伊藤的意见无甚出入，便同意伊藤提出的3条，只作文字上的修改。至此，双方终于就天津谈判的核心问题——撤军问题达成共识。

惩办驻朝清军指挥官是日本政府要求伊藤博文必须完成的两项任务之一，于是伊藤在撤军问题达成共识后又重提惩办营官之事，不肯罢休，最后双方都作出让步，李鸿章答应“行文申饬”驻朝清军将领，至于伤害日侨的责任则留待查明后再按军法处置肇事者，然后将此承诺按伊藤要求以照会形式发给伊藤，以便他能向日本政府交差。由于清廷之前指示过“日使所请惩处断不可行”，所以事后李鸿章向清廷解释驻朝清军都是他的属下，所谓“申饬”类似“子弟与人争斗，其父兄出为调停”，是他个人的事，与国家无关。

1885年4月18日下午3时，李鸿章、伊藤博文在水师营务处签署了《天津会议专条》。4月19日，伊藤博文离开天津，在船中赋汉诗一绝：“解纷不用千戈力，谈笑之间又缔盟。离里归舟风浪静，载将春色入京城。”4月28日回到东京复命，围绕朝鲜甲申政变的中日交涉至此告一段落。

大清国特派全权大臣太子太傅文华殿大学士北洋通商大臣兵部尚书直隶总督一等肃毅伯爵李；

大日本国特派全权大使参议兼宫内卿勋一等伯爵伊藤；

各遵所奉谕旨，公同会议，订立专条，以敦和谊。所有约款胪列于左：

一、议定中国撤驻扎朝鲜之兵，日本国撤在朝鲜护卫使馆之兵弁，自画押盖印之日起，以四个月为期，限内各行尽数撤回，以免两国有滋端之虞。中国兵由马山浦撤去、日本国兵由仁川港撤去。

一、两国均允劝朝鲜国王教练兵士，足以自护治安。又由朝鲜国王选雇他外国武弁一人或数人，委以教演之事。嗣后中日两国均无派员在朝鲜教练。

一、将来朝鲜国若有变乱重大事件，中、日两国或一国要派兵，应先互行文执照，及其事定，仍即撤回，不再留防。

大清国光绪十一年三月初四日

特派全权大臣太子太傅文华殿大学士直隶总督一等肃毅伯爵李鸿章

大日本国明治十八年四月十八日

特派全权大使参议兼宫内卿勋一等伯爵伊藤博文

1885年7月21日，中日两国撤走了各自的驻朝军队（日本在《汉城条约》缔约之后留下一个大队1000多人的兵力驻扎朝鲜，6月已先撤走其中1个中队）。另外在中日两国的认可下，朝鲜聘请美国教官来训练军队。日本在撤军前，其驻朝代理公使高平小五郎还特别提醒朝鲜政府说：“兹奉本国政府训称：今将我护卫兵于本七月二十一日全数撤回，此系遵照我明治十五年在济物浦所订两国条约，视其无须警备之时，暂行撤回。至于将来如遇有事，再须护卫，仍当随时派兵护卫，不得因此次撤警备，误谓废灭前约。”换言之，日本依然保留《济物浦条约》所规定的对朝出兵权。

《天津会议专条》在当时来看是一个平等条约，李鸿章和清政府都为这个条约的缔结感到满意，清流派亦无攻击此条约之迹象。而当时的日本舆论则寄希望于伊藤博文获得清朝的谢罪与赔偿，甚至发生新闻误报之事，结果伊藤博文只带回会近乎一纸空文的照会，也没有获得任何赔偿，因此受到不少日本舆论的批评，但也有很多日本舆论对《天津会议专条》表示满意。清朝并未履行照会内容，日本要求惩办的袁世凯在1885年10月借送还大院君李昰应之机复出，甚至还长期担任清廷驻朝大臣（驻扎朝鲜总理交涉通商事宜），另一方面，清朝也未追究日本驻朝公使竹添进一郎参与甲申政变的责任，问责之事遂不了了之。真正的要害在于第三条，这相当于清朝承认了日本的对朝出兵权，而两国均可对朝出兵、出兵前相互知照的规定则使日本在朝鲜半岛取得了与中国对等的权利，中国对朝鲜的所谓“宗主权”的优势事实上荡然无存，这也是在甲午中日战争后此条约被中国人诟病的原因所在。

朝鲜问题无疑是《天津会议专条》的症结与焦点，谈判期间李鸿章反复质问日本是否有吞并朝鲜的野心，伊藤则矢口否认，称征韩论只是民间主张，决非政府观点，又说朝鲜是穷国，日本也是穷国，日本不可能让自己穷上加穷，甚至还反问中国会不会以朝鲜为跳板吞并日本。而《天津会议专条》签订后的九年间，随着中日在朝鲜半岛构成均势格局，日本确实在政治上对朝鲜采取“退婴政策”，绝少染指（但经济上的侵略并未放松），甚至日本外务卿井上馨还拟出《朝鲜外务办法》八条，托驻华公使榎本武扬献给李鸿章，帮助中国强化对朝鲜的控制。这是因为日本当时处于宪政体制确立的关键期，无暇对外扩张，同时外交方针的重点也被置于修改与欧美的不平等条约之故，又需要利用中国来阻挡俄国对朝鲜的野心。就在《天津会议专条》缔结前后，发生了朝俄密约事件与巨文岛事件，欧美列强对朝鲜的渗透以及朝鲜王室“背华自主“的倾向引发了清政府的警惕，防日不再是清廷对朝政策的重点。直到朝鲜爆发东学党起义以后，中日朝鲜交涉才重新浮上水面，并引发了甲午中日战争。