成化十三年（1477年）八月，因为傅瀚在翰林院检讨这一职位上任职已满九年，所以明宪宗将他提升为翰林院修撰。

成化十四年（1478年）二月，傅瀚兼任司经局校书，负责东宫的讲读。

成化二十二年（1486年）六月，傅瀚升任左春坊左谕德兼翰林院检讨，充任讲官，并在八月主持顺天府的乡试，那次解元是罗玘。

成化二十三年（1487年）三月，傅瀚奉命教导庶吉士学业。十一月，明孝宗登基，因为傅瀚学识渊博且曾教授明孝宗，所以特恩赐傅瀚晋升为太常少卿并兼任侍读，仍充任经筵讲官并兼任日讲官。每次给明孝宗讲学时，傅瀚都表现出真诚的态度和恳切的言辞，阐述的内容详尽而委婉，举止从容不迫。明孝宗每次都全神贯注地倾听。

弘治元年（1488年），明孝宗亲自耕种籍田，并巡视太学，傅瀚都因职务在身而随从。在太庙举行祧祫（古代一种祭祀远祖和近祖的礼仪）时，傅瀚都预先参与讨论，并直接参与日讲（每日为皇帝讲解经史）工作。他在讲学时仪态雍容典雅，讲解的词义恳切到位。

弘治四年（1491年）八月，《明宪宗实录》编成，傅瀚因纂修之功晋升为太常卿兼侍讲学士。

弘治五年（1492年）九月，傅瀚上疏请求回乡祭拜祖先，明孝宗应允了他的请求，并安排驿站供他沿途使用，但仍指示他尽快回来继续履职。傅瀚在辞别明孝宗时，明孝宗赐给他十两白银和两套彩色绸缎。

弘治六年（1493年）五月，傅瀚完成回乡祭祖的仪式后，返回京城继续履职。

弘治六年（1493年）六月，傅瀚再次教导庶吉士，不久晋升为礼部右侍郎。当时倪岳担任礼部尚书，傅瀚恭敬地履行职责，两人都被称为贤能之臣。当时南京缺少参赞，大家一致推举尚书倪岳担任。傅瀚说：“倪公的才能怎么能只放在南都呢？”有人对他说：“如果倪公去南都，你不就是下一个晋升的人吗？”傅瀚回答：“我只知道为国家考虑，哪有时间顾及其他。”

弘治九年（1496年），皇太子举行冠礼，后来诸王的婚礼以及郊庙的祭祀活动，傅瀚都参与其中。四月，傅瀚转任左侍郎。最初，祠部（负责祭祀、礼仪等事务的部门）给予僧侣道士度牒（证明僧侣道士身份的凭证），是每十年考核发放一次。每当此时，数以万计的游僧道士聚集在京师，许多权贵都为他们请求度牒。傅瀚坚决地说：“这些人耗费国家的资源，应该严厉禁止并改革。即使不能恢复到祖宗朝的制度，也应当稍微加以限制。”于是，改变了每十年发放度牒的惯例，将度牒发放数量减少了七八成。当时，因为杨时从祀于孔子庙廷，有人因此提出罗从彦、李侗也应当从祀。傅瀚说：“这两位的著作与尹焞、游酢、谢良佐相比，还不知道该如何排定次序。如果这两位从祀，那么其他三人也不应遗漏。道学的传承岂能随意滥加？”于是此事就此作罢。

弘治十二年（1499年），傅瀚负责礼部贡举事宜，严格防范作弊行为，中途虽有变故，但最终仍然维持了考试的公正。当时太子出阁讲学，朝廷正在慎重地选拔官僚，傅瀚通过朝堂的推荐兼任学士，掌管詹事府的事务，同时仍然负责日讲（每日为皇帝或太子讲解经史）。恰逢编纂《大明会典》，傅瀚担任统副统裁官。

弘治十三年（1500年）五月，傅瀚接替徐琼担任礼部尚书。当时京师发生地震和冰雹灾害，四方每天都奏报灾异情况。傅瀚因此上疏说：“如今赋税重，徭役繁，百姓穷困，财物枯竭，陛下应该以身作则，躬行节俭，为天下人做出表率。这样的百姓困苦才能得到缓解。”当时陕西地震异常严重，傅瀚又率领其他公卿奏报了三十一条措施，如敬天、勤政爱民、效法祖宗、施行恩惠、裁汰冗官、停止不必要的工程、减轻地方负担并减少上供给朝廷的财物等，对此他特别用心。奏章被留在宫中。傅瀚又上疏说：“民心容易感动，需要用恩惠来团结他们；天意也可以挽回，需要用实际行动来回应。之前我们提出的措施，应该像拯救溺水者和火灾中的人一样紧迫，尚犹恐不及。但已经过了一个月，陛下还未做出裁决，这怎么能够挽回天意呢？”奏章上报后，明孝宗批复同意。

七月，巡抚陕西的都御史熊翀等人派人献上了一枚玉玺，声称是在鄠县的赵伦村泥河的水边，由当地村民毛志学等人发现的。玉玺上刻着“受命于天，既寿永昌”的字样。玉的颜色纯白中带着一点青色，玺的背面有螭形的纽，玺的周长一尺四寸，厚度二寸。熊翀等人认为这就是秦朝传下来的玉玺。

然而，傅瀚与他的同事们一致认为：“自从有秦朝的玉玺以来，历代关于它的得失存亡、真伪的记载，都详细记录在史籍中。现在所献上的这枚玉玺，其篆刻的文字与《辍耕录》等书记载的鱼鸟篆文不同，其螭纽也与史传等书记载的文盘五龙、螭缺一角以及旁边刻有魏隶文的玉玺不同，而且与宋元时期所得的玉玺颜色也不同。考虑到秦朝的旧玺历经变故，已经亡毁很久了。现在陕西所献的和以前宋元所得的玉玺，怀疑是后世模仿秦玺刻制的。我们认为，玉玺的用途是用来标识文书、防止欺诈，而不是作为珍宝来玩的。自从秦始皇得到蓝田玉刻为玺后，汉以后一直沿用。人们误以为得到此玺就能接受天命，否则就会感到羞愧，认为天命已经离去。然而，真正接受天命在于德行，而不是玉玺的轻重。因此，如果找不到真正的玉玺，就会私自刻制伪造，以欺骗他人。一旦找到，就会欢呼雀跃，认为是秦玺，君臣都会面露喜色，庆祝并遍祀天下，结果只是被人嘲笑和讥讽，这种情况千百年来屡见不鲜。我们伟大的太祖高皇帝睿智非凡，超越千古，他没有模仿前代的刻制，而是制作了自己的玺文，各有意义，随事而施，这足以作为圣子神孙一代受命之符，并为万世垂法。历代圣君相承，都遵循祖训，百余年来，我们并没有其他的古玺，但受命寿昌的福分却越来越隆盛。皇上大德显明，天命不懈，圣体万福，宗庙社稷安定，正无需玉玺来彰显天命的眷顾。如今这枚玉玺出自狭小之地，竟被当作天赐神符献上，实在是自欺欺人。应该将它收藏在内府，以供闲暇时观赏，以彰显圣德，端正人心。我们恳请皇上采纳此建议。”明孝宗听从了他们的建议，并下令薄赏毛志学等人，每人五两白银。

傅瀚因足疾请假在家休养，明孝宗多次派遣御医前来探视，他因此请求退休，但明孝宗没有允许。傅瀚虽然在家休养，但每天仍然处理礼部的事务，没有停止。有人劝他稍微放下公务，好好调养身体。傅瀚说：“我受到皇上的知遇之恩，辞去俸禄不可以，辞去官职也不可以。既然职责在我，我怎敢贪图安逸？”有一天，他对儿子傅元说：“我恐怕要回去了（指去世）！我夜里梦见祖先和母亲来看望我的病情。”

傅瀚尤其勤于政务，常常带病工作。他在临终前一天还在修改祠祭的文稿，用心筹划，亲手书写，必定要求得当才罢手。弘治十五年二月二十日（1502年3月28日），傅瀚去世，终年六十八岁。当他去世的消息传来，明孝宗深感震惊和哀悼，命令有关部门说：“傅瀚侍奉朕讲学已久，可以特别追赠为太子太保，谥号文穆，派官员前往祭奠，提供驿马护送他的灵柩回乡安葬，并赐给一万贯宝钞作为治丧费用。”

傅瀚的政治成绩主要表现在以下几个方面：

明孝宗朱祐樘：卿学行端慎，才望著闻，方切倚任。（《明故资善大夫礼部尚书赠太子太保谥文穆傅公墓志铭》引）

刘健等：瀚嗜学强纪，处事周悉有思致，虽小不苟。工书法，为诗文峻整无陈俗气。（《明孝宗实录》）

李东阳：①与人交，仪必过厚，值所倾信，终身不二。闻有善则乐道之。其识量弘裕，尤人所不易及者。博学强记，为诗文峻整有格，书法亦遒美，为时所重。（《明故资善大夫礼部尚书赠太子太保谥文穆傅公墓志铭》）②倪青溪、傅体斋两先生先后倾逝，一时人物凋谢至此，固当为天下痛之。（《答杨邃庵书》）③呜呼！乡有先达，国有旧臣，培养成就，代不数人。公之文章，演迤渊沦；公之性行，缜栗温纯。词范毓秀，卿曹致身；功在启沃，业存经纶。地极台斗，望隆冠绅；游鹍始运，屈蠖方伸。中道倾逝，天胡弗仁？友朋之义，休戚实均；共期僇力，以赞化钧。公今弃我，孰与为邻？昔我同年，如木向春；今我同年，若星在晨。嗟公已矣，宁不伤神？执绋而饯，玉河之滨；目送行旐，心随去尘。与公永诀，涕泪盈巾。呜呼哀哉！（《同年祭傅文穆公文》）

王鏊：少颖秀拔异，读书过目成诵。（《礼部尚书赠太子太保谥文穆傅公瀚行状》）

蔡清：惟公名德在天下，事业在史官，文章在士林，而其行义之著于家庭族里间者，至今临江之人亦翕然颂之无间言。呜呼！若公者，真可谓之有学有德有体有用有华有实，在邦无怨，在家无怨者矣。岂非一世之伟人，而后学之师表也哉！不肖清昔侍春官，虽仅弥月，而德教在怀，十年如渴。乃今迹名贤之故邦，慨亲依之路绝，宰木何如，寸心徒切。驰瓣香以写吾怀兮，恍台仪之形于目睫。尚飨！（《遣祭傅文穆公文》）

邵宝：维公立朝余三十年，钜人长德，时无间然。博推词林，精著史局，公称礼闱，忠效经幄。既陟宗伯，复领宫端，元良之辅，其慎其难。大宗载迁，佥曰惟允。曾未再期，而公遽殒。呜呼哀哉！宝初登廷，公在执事。于文字间，与我国士。公生我知，公没我悲。非我私公，天下咸思之。尚飨！（《祭傅文穆公文》）

廖道南：予读国史，于瀚极其訾议，谓敏政之死，瀚实搆之。及观西涯所撰墓铭，则又奖与无间词。何也？岂其实有之与？将诬之也。（《殿阁词林记》）

王世贞：礼部尚书、赠太子太保傅瀚，右敏而好学，中情见貌。（《弇山堂别集》）

张廷玉等：嗜学强记，善诗文。（《明史》）

有一天，焦芳看见有校尉露宿在外，就戏谑傅瀚说：“晓日斜穿校尉头。”这是因为傅瀚是江西新喻人，当时有“江西校尉”的戏称。傅瀚一时答不上来。李东阳指着焦芳的耳朵，傅瀚立刻回应说：“秋风正贯先生耳。”因为民间有“秋风贯驴耳”的说法，而焦芳的外貌像驴，所以傅瀚这是在戏谑他。

据《玉堂丛语·巧艺》记载，傅瀚、傅潮兄弟二人都擅长书法，时人套用“一台二妙”的典故，以“一家二妙”称美傅氏家庭有两个书法高妙的人。

据《明孝宗实录》记载，傅瀚想夺取内阁的职位，于是指使同乡监生江瑢上奏弹劾内阁大学士刘健、李东阳。不久，傅瀚担心计谋泄露，于是声称江瑢与学士程敏政关系好，而且奏词绝不是江瑢所能写出来的，而奏疏中排斥比自己优秀的人的说法，又确实是程敏政平日的想法，以此来激怒当权者，程敏政的牢狱之灾就从这里开始了。程敏政死后，傅瀚果然从礼部改任詹事，代替了程敏政的职位。后来傅瀚的家人早晨忽然看见程敏政进入傅瀚的书房，又多次看到怪异的现象，因此傅瀚忧虑恐惧成病。过了一年，傅瀚终于去世。因此人们才知道程敏政的死是有原因的。当时，刘健主持国政，已经偏于愤怒，没有人能够劝说他。适逢大学士谢迁一直对程敏政怀恨在心，曾揭发程敏政与太监李广勾结，图谋进入内阁的私事，而谕德王华也记恨程敏政，曾宣扬程敏政主持科举考试时卖题的事，都御史闵珪与谢迁、王华都是同乡，于是嘱托闵珪以及科道几个人内外联手攻击程敏政，罗织罪名，制造冤案。而王华这种甘心做鹰犬的人，就更不足责难了。然而当时刘健、谢迁只知道杀人灭口以避祸，却未曾想到这样做会损害国家体面，丧失士气，玷污科举的名声，他们给盛世风气造成的损害，可不是小事。这些事情都始于傅瀚争夺名位这一念头的私欲，是傅瀚的失误造成的。

傅瀚著有《体斋集》《经延讲章》等。