于藏历第六绕迥之木牛年（1385年，明洪武十八年）诞生在后藏拉堆多雄的曲沃地方（今西藏昂仁境内）。父亲根噶札西，母亲乌占嘉姆。童年时在萨迦寺出家，拜萨迦派的僧格坚赞为师，受了沙弥戒。16岁时去昂仁寺与珀东班禅等辩论经教，获得胜利，声誉鹊起。随后又返回萨迦寺，从吉尊热蓬娃学习密宗。18岁时，到前藏听宗喀巴讲经。宗喀巴向克珠杰讲说“三藏”，授大灌顶，克珠杰对宗喀巴的渊博知识深感钦佩。返回后藏，又在江孜的巴郭曲登寺，拜著名高僧仁达娃 ·循努洛哲为师，学习《中观论》、《因明》、《般若经》、《俱舍论》、《律经》及密宗经典，并受了比丘戒。

后从极尊热巴大师修习显密诸要。