2021年，南京市第三高级中学（高中部）正式停办，其初中部（文昌初中）更名为“南京市第三中学”，有文昌、文濬(jùn)两个校区，其中初一年级在文昌校区，初二和初三年级在文濬校区（白下路193号）。

2021年10月，学校正式加入南京市钟英中学教育集团。

2023年新学期起，2023级师生在绣花巷校区（申家巷37号）临时过渡。同年11月底至2024年秋，文昌校区进行更新改造。

2024年秋，初三年级将由文濬校区迁入更新改造后的文昌校区，初二年级将由绣花巷校区迁入文濬校区。

学校文濬校区配有机房、未来教室等；改造后的文昌校区配有空中跑道。

截至2024年9月，学校共有教学班46个，在校学生近2000人。

截至2024年9月，学校有教师140余人。截至2021年12月，学校教师本科率100%，有硕士及以上学历学位46人；教师中有苏教名家、正教授特级教师1人，南京市学科带头人4人，市区学科、德育带头人27人，市区学科、德育优秀青年教师51人，高级教师65人。

2020年5月，学校2017级初三11班司晓芙和初三16班王禹舟被共青团南京市委授予2019年度“南京市优秀共青团员”荣誉称号。

2019年3月29日至4月5日，南京市第三高级中学文昌初中女排代表中国队参加在克罗地亚波雷齐举行的首届世界中学生排球锦标赛（U15），荣获女排冠军。

2019年，学校2017级初二1班社会实践活动小组——希望风帆小队被评为2019年南京市大中学生暑期文化科技卫生“三下乡”社会实践活动优秀团队，2017级初二1班王雨婷同学被评为2019年南京市大中学生暑期文化科技卫生“三下乡”社会实践活动先进个人。

2020年11月底，在2020年南京市中小学无线电测向和定向比赛中，学校竞赛团队获定向赛初中组团体一等奖、测向赛初中组团体二等奖，团队成员中：胡梓聪同学获测向赛初中男子组一等奖，任静同学获测向赛初中女子组一等奖和定向赛初中女子组一等奖，冯紫婷、张程锦、傅文博、唐佳琪同学获测（定）向赛初中男（女）子组二等奖。

2020年12月5日，在2020年南京市中小学生合唱节中，学校合唱团获得初中组一等奖。

2020年12月，学校2019级初二14班刘睿涵同学获2020年南京市“新时代好少年”称号。

2021年3月27日，学校运动员代表秦淮区参加了由南京市教育局、南京市体育局主办的2021年南京市青少年阳光体育节校园冬季体育锻炼项目竞赛决赛，学校代表队获得竞赛团体二等奖。

2021年1月，在第十四届江苏省中小学诗歌竞赛全省总决赛中，学校2018级初三10班吴奕辰同学获初中组特等奖。

2021年，许程、高天睿、刘力睿、李好同学获2021年南京市“百万少年争当‘江苏好少年’”称号，黄依婷、冉力允、王彦喆、吴雨彤、熊诗语、唐佳琪、徐曼婷、王奕然、徐斯咏、郭恩彩、唐嘉蕊、封芮琪、万雨涵、王睿颖同学获2021年“南京少年心向党 百年党史我来说”绘党史大赛特等奖；夏天、陈思璇、毛禹权、樊志远、谢怡婷、殷铭、马薪鹏、李梓、汪佳璐、吴宣桦、熊林川、袁铭、张锦琦、杜家芯同学获2021年度“秦淮区优秀少先队员”称号。

2021年10月，学校2019级初三13班周钰暘同学在南京市2021年“争做党的好少年”主题教育演讲比赛中，获一等奖。

2021年10月30日，学校啦啦队参加2020年秦淮区校园足球联赛之校园啦啦操锦标赛，获初中组花球啦啦操一等奖。

2021年12月，在2021南京市中小学生虚拟机器人在线竞赛中，童书涵、陈家乐、谢思涵、高建宇、刘楷阳同学获一等奖，秦浩顺、黄杰同学获二等奖。

2022年8月，在江苏省第二十届运动会青少年部排球（13-14岁组）比赛中，学校女排代表南京以全胜战绩夺得冠军。

2023年12月10日，南京市中学生合唱节落幕，学校2023级初一13班夺得中学班级组合唱比赛一等奖。

2024年7月15日至17日，在2024年江苏省业余无线电通信锦标赛中，学校无线电社团获短波机上抓抄呼号初中组团体第一名、应急通信营地设立初中组第一名、对讲机通信初中组团体第一名、机上模拟电报通信初中组团体第二名。汪睿杰、赵涵语、刘沁澈、张仁杰、王婧艾等同学分别荣获男子短波机上抓抄呼号、女子短波机上抓抄呼号、男子对讲机通信双人赛、应急通信营地设立、男子组机上模拟点播通信赛四个单项第一名。

2020—2021学年度第一学期，在2020年秦淮区中小学“劳动教育”主题班会课决赛中，王静老师获特等奖，张昊老师获二等奖；在2020年秦淮区中小学主题班会方案设计比赛中，方袁老师获特等奖，张昊老师和丁杰老师获一等奖，赵丽丽老师和夏亚东老师获二等奖；在2020年秦淮区优质班会课案例评比活动中，夏亚东老师和王静老师获特等奖，戴倩老师获一等奖。

2020年12月，在南京市中学实验教学说课比赛中，陶恒老师获物理一等奖，汪琰老师获化学二等奖。

2020年12月，在“2020年南京市义务教育阶段职初教师专业基本素养考核与展示活动”中，夏亚东老师获得特等奖，刘敏老师获得二等奖。

2021年11月2日至5日，李奇蔓老师在丹阳参加由江苏省教育厅主办、江苏省中小学教研室承办的2021年江苏省基础教育（初中音乐）青年教师教学基本功大赛，获一等奖。

2023年4月，第八届“秦淮好课堂”优质课评选结果出炉，吕星老师、严媛媛老师、李奇蔓老师、朱晓东老师、夏亚东老师、戴倩老师的课获一等奖。

2023年12月10日，南京市中学生合唱节落幕，盛虹老师获得优秀指挥奖，李奇蔓老师获得优秀伴奏奖。

2021年5月，2020年江苏省基础教育教学研究论文评选结果公布，学校盛虹老师的论文《关注教学目标的达成，打造“教学评一致性”的高效课堂——〈国乐飘香〉课堂观察报告》、李奇蔓老师的论文《初中艺术测评调查情况与对策思考——以南京市文昌初级中学为例》、夏亚东老师的论文《体育中考背景下初三学生运动损伤调查与分析——以南京市某初中2020届学生为例》获一等奖，张莉老师的论文《用趣教趣学点燃“1”的“X”》获二等奖。

校徽

校歌　南京市第三中学校歌

校训　“实”（释义：德性宜笃实、知识宜富实、身体宜健实）

校风　诚朴友爱 勤学向上

位于文昌巷63号，2012年秋至2021年夏为初一和初二年级校区，2021年秋至2023年夏为初一年级校区，2023年11月底至2024年秋进行更新改造，更新改造完成后，为初三年级校区。

位于白下路193号，2021年夏起为初二和初三年级校区（2021年10月以前暂名“东校区”），2024年9月起为初一和初三年级校区，2024年秋起为初一和初二年级校区。有南、北两幢教学楼，建有行政楼、行知馆（南京市第六中学校史馆）、报告厅、图书馆。

位于马府西街10号（原娃娃桥8号）。

位于金銮巷2号，曾为初三年级独立校区。

位于白下路117号，2021届初三年级曾在此办学一年。

位于申家巷37号，2023级师生在此临时过渡一年多。

2007年8月26日，南京中学生在南京市第三高级中学文昌校区通过业余无线电台与国际空间站的美国宇航员进行了“天地对话”，这是中国中学生第一次与国际空间站直接交流。这次“天地对话”被评为全国十佳科技十件大事。