1948年底至1949年初，国立药专参加了南京市专科以上学校应变联席会议，并进行了迁移的准备工作，曾初拟迁往台湾。

1950年6月，学校更名为华东药学专科学校。1952年，齐鲁大学药学系和东吴大学药学专修科并入，扩建为华东药学院。1953年，武汉中南卫生专科学校药剂专科班并入。

1955年，经中央卫生部、高等教育部批准，学校按照苏联模式招收并培养副博士研究生。

1956年6月，学校更名为南京药学院。1978年，恢复招收研究生，首先在药物化学、药剂学、药物分析学、生药学等4个学科招收硕士研究生。1981年11月，经国务院批准首先在药物化学和生药学两个学科建立博士点。1985年1月2日，教育部正式下达文件，批准在南京药学院中药系的基础上筹建南京中药学院。

1986年10月，学校与筹建中的南京中药学院合并，成立中国药科大学。1986年与筹建中的南京中药学院合并，成立中国药科大学。1996年进入国家“211工程”重点建设的百所高校行列。

2000年，学校由国家药品监督管理局整体划转教育部直属管理。2001年，江苏省药科学校并入，作为中国药科大学的职业技术学院（专科层次），同时撤销江苏省药科学校的建制。

2007年，学校首批入选“国家大学生创新性实验计划”实施高校。2011年，学校入选“985工程优势学科创新平台”项目。同年，中国药科大学入选教育部“卓越工程师教育培养计划”。2013年4月，由中国药科大学、中国药学会、中国医药创新促进会共同发起和组建的“国家药物政策与医药产业经济研究中心”在中国药科大学挂牌成立。

2015年，南京鼓楼医院成为中国药科大学临床学院；南京市第一医院加盟中国药科大学，正式挂牌中国药科大学南京第一医院。

2016年11月，中国药科大学、中国医药物资协会和国家食品药品监督管理总局执业药师资格认证中心三方携手合作共建的“中国药科大学国家执业药师发展研究中心”举行挂牌仪式。2017年9月，学校入选国家首批“双一流”建设高校名单。同年，学校郝海平教授牵头申报的“抗肿瘤与抗感染药物发现学科创新引智基地”获2017年度“高等学校学科创新引智计划”（简称“111计划”）新建基地批准，是学校继“药物生物合成和生物转化的创新引智基地”和“天然药物活性组分与药效的创新引智基地”之后第3个获批的“111计划”基地。

2018年3月，学校入选教育部首批国家级新工科研究与实践项目。2020年10月，被国家知识产权局、教育部确定为2020年度国家知识产权试点高校。2021年4月，学校与南京市六合区共建中国药科大学第一附属医院签约仪式举行。11月，中国药科大学与江苏省疾病预防控制中心正式签署战略合作框架协议。

2023年10月13日，由中国药科大学发起并成立的全球药学发展联盟（Global Alliance for the Development of Pharmaceutical Science）在第二届全球药学院校发展论坛上成立。12月22日，中国药科大学附属南京天印山医院揭牌启用。

2024年1月30日上午，中国药科大学、浦口区人民政府、浦口区中医院合作共建附属医院签约揭牌仪式在浦口举行。在与会领导的见证下，中国药科大学、浦口区人民政府、浦口区中医院合作共建三方完成现场签约，并共同为“中国药科大学附属南京市浦口中医院”揭牌。2月19日，中国药科大学转化医学研究院在南京揭牌。此外，学校高度重视实践教学和学生创新创业能力培养，是首批获教育部“国家大学生创新性实验计划”资助的高校之一，获批教育部“全国高校实践育人创新创业基地”和江苏省大学生创新创业实践教育中心。学校具有国家建设高水平大学公派研究生项目、国家级新工科研究与实践项目，同时也是中美药学院校联盟牵头单位。

截至2024年5月，学校设有设有16个院部，开设31个本科专业（类）。

截至2024年10月，学校有4个一级学科博士学位授权点，1个博士专业学位授权点，8个一级学科硕士学位授权点，5个硕士专业学位授权点，设2个博士后流动站。1个国家一级重点学科。1个学科入选国家“双一流”建设学科。2门学科入选“江苏高校优势学科建设工程”四期项目立项学科。3门入选“十四五”江苏省重点学科。3门入选国家中医药管理局高水平中医药重点学科建设项目。

截至2024年5月，10个学科领域的ESI排名进入全球前1%。其中药理学与毒理学排名全球前1‰（万分之1.266），位列全球第16位、亚洲高校第1位。在2023 US News 世界大学排行榜中，药理学与毒理学学科位列全球第7位。在世界大学排名中心（CWUR）学科排行中，药物化学学科位列全球第3位。在2023软科中国最好学科排名中，药学、中药学学科分别排名国内第1位、第2位，均进入“中国顶尖学科”。在全国第四轮学科评估中，药学学科获评A+。在第五轮学科评估和全国专业学位水平评估中，龙头学科药学和中药学继续保持国内领先优势，均取得优异成绩。

截至2024年5月，学校在职教职工1839人，其中专任教师1102人，正高级专业技术职务280人，副高级专业技术职务468人。现有中国工程院院士1人、德国科学院院士1人，国家级高层次人才16人次，国家级高层次青年人才60人次，在职享受国务院政府特殊津贴14人，全国高校黄大年式教师团队2个，国家级教学名师、全国优秀教师2人，以及一大批国家级和省部级人才项目入选者，学校有国家自然科学基金创新研究群体科学基金2个。

截至2024年5月，学校11个专业被评为国家一流专业建设点，6个专业被评为江苏省一流本科专业建设点，2个专业评为江苏省课程思政示范专业，3个专业获评江苏省产教融合型品牌专业，其中制药工程专业通过了中国工程教育专业认证，并获评江苏省卓越工程师教育培养计划2.0专业建设点。有国家级人才培养基地3个，国家级人才培养模式创新实验区2个，国家级实验教学示范中心2个，国家级虚拟仿真实验教学中心1个，国家大学生校外实践教育基地建设项目5个，国家特色专业建设点5个，“十二五”江苏省重点专业类别5个，7个江苏省品牌专业，6个江苏省特色专业。学校有教育部创新团队2个，江苏省双创团队7个，江苏省教育厅科技创新团队9个，青蓝工程科技创新团队7个。

截至2024年5月，学校有国家级一流本科课程20门（其中线上一流课程7门、线下一流课程5门、线上线下混合式一流课程6门、虚拟仿真实验教学一流课程2门）、国家级课程思政示范课程4门、国家精品开放课程10门（其中国家精品资源共享课8门、国家精品视频公开课2门）、国家级双语教学示范课程建设项目3门、江苏省精品课程/在线开放课程90门次、江苏省级课程思政示范课程3门。天然药物化学课程教研室、药学课程教研室、中药分析学课程教研室入选教育部虚拟教研室建设试点项目。

2000年以来，实现本科和研究生教育国家级教学成果奖全覆盖，已4次获得中国教育领域政府类最高奖励——国家级教学成果奖（四年一届）一等奖。

学校持续深化改革，构建学术学位“拔尖人才”及专业学位“卓越人才”培养模式，推动研究生教育不断迈上新台阶。自2021年开始有9门研究生慕课在“学堂在线”(www.xuetangx.com)上线；5门线上课程及1门教材上线国家研究生智慧教育平台。2022年，《药学专业学位研究生培养体系的创建与实践》荣膺高等教育（研究生）国家级教学成果二等奖。牵头组织推动设置中国药学硕士专业学位和药学博士专业学位，开展“项目制”“订单制”研究生培养，形成“实验室-企业-临床”深度融合的跨学科高层次人才培养新路径，建设海内外基地152家，打造了覆盖企业、医院、监管部门全产业链的多层次国际化实践基地群。2023年各类优秀学位论文获奖篇数和推荐优秀率均创造历史新高。

截至2024年5月，获首届全中国优秀教材奖4种，获全中国教材建设先进个人2人。编著全中国普通高等教育精品教材2种，入选全国普通高等教育国家级规划教材41种。

截至2024年5月，学校是教育部最早指定接收药学学科外国留学生、进修生和高级访问学者的基地。近年来，学校留学生人数大幅增长、生源质量稳步提升，已建立起面向留学生的“本-硕-博”贯通的全英文授课体系，为世界近70个国家和地区培养博士、硕士、本科生和进修生千余名。先后与美国、英国、意大利等多个国家和地区的77所学校和科研院所签订了校际学术交流协议，同美国、日本、俄罗斯等40多个国家和地区的院校及科研机构建立了学术联系，与香港大学、澳门大学、台湾大学等一批港澳台地区高水平院校有着紧密合作。

学校已先后与美国密歇根大学、英国爱丁堡大学、澳大利亚莫纳士大学开展本科双学位学生培养项目；与美国天普大学、意大利帕多瓦大学、新加坡国立大学等开展本硕联合培养项目；与美国南加州大学、澳大利亚悉尼大学、新西兰奥克兰大学、韩国首尔国立大学、新加坡国立大学、荷兰莱顿大学、日本九州大学、长崎大学等开展访学或本科毕业实习项目；与美国太平洋大学联合培养硕士研究生；与美国北卡罗来纳大学教堂山分校、英国牛津大学等近30所高校开展短期课程项目。学校与英国曼彻斯特大学合作举办的临床药学专业已于2021年招生。学校“中美联合高级药物研发创新型人才培养项目”“中美医药尖端人才培养项目”“中法纳米医药双博士学位创新人才培养项目”“生物统计与生物医药大数据创新项目”“中日天然药物健康品研究联合实验室培养项目”等5个项目先后获国家留学基金委创新型人才国际合作培养项目资助，获批教育部中外人文交流中心“高层次国际化人才培养创新实践基地”。药学专业和生物制药专业获批江苏省“高校国际化人才培养品牌专业”建设项目。

2011年，学校聘请诺贝尔生理学或医学奖获得者、美国著名药理学家路易·伊格纳罗（Louis J. Ignarro）为荣誉教授，并合作建立伊格纳罗工作站。2013年诺贝尔化学奖得主迈克尔·莱维特教授（Michael Levitt）与学校“江苏省合成多肽药物发现与评价工程中心”合作设立Michael Levitt诺贝尔奖工作站。学校深化与美国密西根大学、法国艾克斯-马赛大学等的科研合作，获批立项建设1个江苏省高校国际合作联合实验室，获批立项建设1个教育部国际联合实验室-“靶标发现与新药创制国际合作联合实验室”。积极开展外专引智工作，2024年度获批立项建设1个江苏省外国专家实验室。与艾克斯-马赛大学、首尔国立大学、莫斯科国立大学、日本近畿大学、奥克兰大学等的科研合作项目先后获得科技部重点国际（地区）合作研究与交流项目资助。与奥克兰大学、斯洛文尼亚卢布尔雅那大学的合作项目先后获得教育部国家留学基金委、教育国际交流协会的立项资助。

学校牵头沈阳药科大学、北京大学药学院、复旦大学药学院、四川大学华西药学院与美国密歇根大学、明尼苏达大学、俄亥俄州立大学建立中美药学院校联盟。加入江苏英国高水平大学联盟、江苏加拿大高校合作联盟、中国-中东欧国家高校联合会、苏港澳高校合作联盟、江苏-俄罗斯高校合作联盟、江苏-韩国高校合作联盟，持续构建全球合作伙伴网络。2016年，受国际药学联合会和中国药学会委托，学校承办“全球药学教育会议”，向来自全球47个国家和地区的500多名代表展示中国药学教育的发展经验。2018年，学校举办首届国际药学院校发展论坛，邀请40余位全球顶级药学院院长“巅峰论剑”，携手探索药学教育发展路径，深入探讨国际药学未来发展所面临的机遇及挑战。2023年，学校举办第二届国际药学院校发展论坛，牵头14个国家的36所高校成立全球药学发展联盟，并担任首届主席单位，发布《全球药学教育发展南京共识》，广泛凝聚发展力量，对外寻求合作共赢新机遇；成功举行“一带一路”药学国际产学研用合作论坛暨“一带一路”药学教育联盟成立筹备会，来自老挝、马来西亚等7个“一带一路”国家30余名政府和院校代表参加会议，探索药学领域人才培养、技术转移转化、国际科研合作的有效模式，服务“一带一路”战略合作推进，推动药学产业国际化发展；牵头香港大学、澳门大学等6所高校成立苏港澳高校医药专业联盟，举办苏港澳生物医药学术论坛，积极服务国家战略。

截至2024年5月，学校有“多靶标天然药物”全国重点实验室，设有与临床前创新药物研发各节点相关的国家和省部级重点实验室、技术平台及工程技术中心38个。

截至2024年5月，近年来，学校获国家科技进步二等奖4项、国家技术发明二等奖1项，全国创新争先奖2项，以第一作者或通讯作者单位在顶尖期刊发表高水平研究论文450余篇，获批国家“重大新药创制”科技重大专项项目数为全国高校之首。获批牵头主持国家重点研发计划项目15项，其中总经费超过2000万元的重点研发计划项目4项；获批国家自然科学基金项目1058项，直接立项经费达5.77亿元，重大、重点和杰出人才项目43项。

截至2024年5月，学校主动对接国家战略需求，先后建立各类科技成果转化服务平台135个，构建了技术转移中心、知识产权运营中心、地方研究院等有机结合的成果转化协同体系。学校先后为2200余家企事业单位提供药物研发关键技术服务6300余项，项目总金额超49亿元，其中单项合同经费超过百万元的技术合同696项；获国家新药证书 2本、新药临床批件23个；获授权发明专利1848件，专利转化210件，总金额达21.72亿元，其中单项合同经费突破1亿元的专利转化11项，单项合同经费超千万元的专利转化36项。获中国产学研合作促进奖、中国技术市场“金桥奖”等荣誉。研发出包括盐酸关附甲素、爱普列特、依达拉奉、银杏内酯注射剂、伊立替康、长春瑞滨以及英太青等在内的新药及仿制药1000余个，成果转化产生直接经济效益超过4000亿元。

截至2024年5月，中国药科大学图书馆全馆由玄武门校区馆及江宁校区图书馆组成，馆舍总面积为28933平方米。可利用总量约451余万册，其中印刷型文献100余万册，可利用电子资源近350万册。可提供利用的中文电子期刊2万余种、外文电子期刊近2万种。

《中国药科大学学报》

《中国药科大学学报》是由国家教育部主管、中国药科大学主办的国家级药学核心期刊，1956年创刊，双月刊。主要刊登合成药物化学、天然药物化学、生药学、中药学、药剂学、药物分析、药物生物技术、药理学、药代动力学等学科的原始研究论著。该刊自1992年起分别被国内权威期刊：北京大学图书馆《中文核心期刊要目总览》（2020年版）、中国科技论文统计源、中国科学引文数据库等列为药学类核心期刊，具有印刷版、光盘版、网络版。《中国药科大学学报》创刊50多年来，学术影响不断扩大，声誉不断提高。2008年荣获国家级精品期刊称号，2006/2008/2010连续三届荣获国家高校精品科技期刊称号，截至2024年，已被国外众多权威数据库（CA，IPA，AJ，JST，SCOPUS，CSA，IC，EMBASE/ ExcerptaMedica）等收录，影响因子排名在全国高校学报（医药卫生）居第2位，药学学术期刊第4位。

《中国天然药物》

《中国天然药物》创刊于2003年5月，由中国药科大学和中国药学会主办。《中国期刊网》的印刷版每月由科学出版社出版，网络版由爱思唯尔出版。CJNM致力于制药和药用植物科学家之间的交流，这些科学家对与天然药物（包括中药）相关的植物学、化学和生物科学的发展感兴趣。CJNM旨在涵盖来自世界各地的天然药物及其产品的广泛原创研究论文和及时评论文章。CJNM的所有文章都只用英文发表。截至2024年，该杂志被SCIE、MEDLINE、BIOSIS Previews、BIOSIS Toxicology、CAB Abstracts、EMBASE、EMBASE Alert、Global Health、IPA、IPA Toxicology、SCOPUS、SciFinder Scholar、ScienceDirect、Biological Abstracts、Chemical Abstracts、Elsevier书目数据库、医学文摘和索引Copernicus收录。CJNM还被中国科学引文数据库（CSCD）收录。

《药学教育》

《药学教育》创刊于1985年，是由国家教育部主管，中国药科大学主办的高等药学教育研究期刊，是国内药学教育界唯一公开发行的社科类刊物。期刊被中国核心期刊（遴选）数据库、国家哲学社会科学期刊数据库（NSSD）、万方数据库、中国期刊全文数据库、中文科技期刊数据库等大型检索数据库全文收录。设有教育研究、学科与课程建设、素质教育、教学学术、实践训练、现代教育技术、教师队伍、学生管理、调研与评估、中等教育、成人教育、国外教育、药学史、药学人物、资料信息等近20个栏目。

《药学进展》

《药学进展》由中国药科大学和中国药学会共同主办、国家教育部主管。刊物以反映国内外药学科研领域的新方法、新成果、新进展、新趋势为宗旨，以综述、评述、行业发展报告为特色，以学科进展、技术进展、新药研发技术链各环节前沿专业信息为重点，是一本专注于医药科技前沿与新药研发动态的专业媒体，复合影响因子为0.967。

中国药科大学校标为同心圆。内圆为Y字拟人化图形，下方为数字“1936”；外圆上方为胡耀邦题“中国药科大学”，下方为“CHINA PHARMACEUTICAL UNIVERSITY”。学校校徽为题有校名的长方形证章，教职员工校徽为红底黄字，研究生校徽为黄底红字，本、专科生校徽为白底红字。

中国药科大学校旗为长方形。旗面红色，中间印有校标和规定字体的“中国药科大学”校名。

精业济群

释义：精业者，专注也，将制药作为终身的事业，精勤笃行、一以贯之，方可达到济世救群的最终目标。

中国药科大学大学生艺术团成立于2009年，隶属于校团委文化艺术教育中心的大学生艺术团体，秉承“建立文艺骨干队伍，倡导校园主流文化，培养学生们的艺术情操，活跃人文气氛”的宗旨，深入学生生活，定期进行训练和汇报演出，承担学校的各种文艺演出任务；同时整合校内文艺资源，提高艺术团整体水平和综合实力，在艺术实践活动中陶冶学生情操，为广大文艺爱好者提供一个共同交流的平台。截至2024年1月，艺术团下设凌霄合唱团、交响乐团、红叶舞蹈团、民族乐团、沸点话剧团、墨香艺术空间、雕版印刷艺术工坊、文鸿朗诵团共8个分团以及直属的管理机构艺术团事务中心，各分团组织有序，协同运作。

截至2024年5月，中国药科大学有两个校区，分别为江宁校区和玄武区校区（所有本科生都在江宁校区学习，部分研究生和博士生在玄武门校区学习），占地2100余亩。

中国药科大学玄武门校区位于南京市鼓楼区童家巷24号；在玄武门校区，有国立药专创始人孟目的先生塑像，校门口童家巷美食街等。

江宁校区位于南京市江宁区龙眠大道639号。江宁校区有镜湖、图书馆、药学博物馆、ABCDE教学楼等建筑；此外，建立了药用植物园，又名“南京药用植物园”，创建于1958年，园区面积20余公顷，分东、西两个园区，园内1000余种植物，具有药用价值，不仅是学校药用植物实训教学基地，还是江苏省科普教育基地，并免费向社会公众开放；亦有校园中的樱花大道。