消息传来，朝堂上下震撼，先后有10多名监察御史上书，要求朱元璋彻查，朱元璋的侍读张信等人，也怀疑此次科举考试有鬼。朱元璋本人自然恼怒，三月初十，朱元璋正式下诏，成立了12人的“调查小组”，命侍读张信﹑侍讲戴彝﹑右赞善王俊华﹑司直郎张谦﹑司经局校书严叔载﹑正字董贯﹑王府长史黄章﹑纪善周衡和萧揖，以及已经廷试取录的陈䢿﹑尹昌隆﹑刘仕谔等，于落第试卷中每人再各阅十卷，增录北方人入仕。

然而调查小组经过数日的复核，到该年四月末做出的调查结论，再次让朱元璋瞠目结舌，经复阅后上呈的试卷，文理不佳，并有犯禁忌之语。以考生水平判断，所录取51人皆是凭才学录取，无任何问题。

结论出来，再次引起各界哗然。落榜的北方学子们无法接受调查结果，朝中许多北方籍的官员们更纷纷抨击，要求再次选派得力官员，对考卷进行重新复核，并严查所有涉案官员。有人上告说刘三吾﹑白信蹈暗嘱张信等人故意以陋卷进呈。

朱元璋大怒，五月突然下诏，指斥本次科举的主考刘三吾和副主考白蹈信等人为“蓝玉余党”，尤其是抓住了刘三吾10多年前曾上书为胡惟庸鸣冤的旧账，认定刘三吾为“反贼”，结果涉案诸官员皆受到严惩，刘三吾被发配西北。曾质疑刘三吾的张信更惨，因他被告发说曾得到刘三吾授意，落了个凌迟处死的下场。其余诸人也被发配流放，只有戴彝、尹昌隆二人免罪。此二人得免的原因，是他们在复核试卷后，开列出的中榜名单上有北方士子。

六月，朱元璋亲自策问，钦点韩克忠为状元﹑王恕为榜眼，焦胜为探花，是为夏榜。因所录六十一人全系北方人，故又称北榜。

参见：南北卷

该案在明代产生的最深广的影响莫过于分地取士，即南北卷或南、北、中卷的产生。若单就人才选拔的角度来看，本来不应该有地域之分，若从政治维稳角度，又必须做到相对均衡。

洪熙元年（1425 年），开始分南北卷取士，南士六分，北士四分。分南北取士除了笼络北人外，还有一个原因是兼顾南北士人的优长。《明仁宗实录》卷九下记载仁宗语曰：“科举之士，须南北兼取。南人虽善文词，而北人厚重，比累科所选，北人仅得什一，非公天下之道。自今科场取士，以十分论，南士取六分，北士四分。尔等其定议各布政司名数以闻。”因仁宗在洪熙元年五月即驾崩，宣宗于该年六月即位，定下会试分南、北、中三地定额取士。三地如何划分，查继佐《罪惟录》志卷十八《科举志》曰：

“洪熙元年，宣宗即位。七月，定会试南、北、中三卷。先是，仁庙拟，一科每百人，以六四判南北。是时三分之，姑以百名为率，南北各退五名为中卷。北卷则北直隶、山东、河南、山西、陕西；中卷则四川、广西、云南、贵州及庐、凤二府，徐、滁、和三州；余皆属南卷。”

后三卷定额微有调整，大致如是。除分地录取外，考选官员也兼顾南北。南北榜案后，多有人以此案为先例，或攻讦考官，或求请覆试，并因分地取士产生考生冒籍作弊的现象。

从政治角度考量，南北榜案在一定程度上体现了全国统一形势发展中南北政治平衡的要求，也体现了朱元璋打击和限制江南地主的一贯政策，此事件开明朝分南北取士之先例，至洪熙以后遂成定制。

“南北榜”案使得科举制作为中央政府用来控制、调节地方利益均衡的政治手段，增强了帝国的向心力，维持了国家内部各行政区域之间的相对公平。若单纯从择优录取、人才选拔的角度来批判分地取士，则忽略了科举制的政治属性。

在一定程度上普及文化教育，提高落后地区考生的学习积极性，乃至维护国家统一，在少数民族地区推广科举制度。但是，朝廷政事多被精于理学的南儒把持，而理事者了了无已，明朝政事逐渐趋向腐败和混乱。

自“南北榜”划分之后，明朝官场上的官员关系，除了师生关系外（座师与门生），老乡关系也呈越演越烈之势，同期中榜的考生，地域之间的亲疏尤其明显。甚至同榜而出的考生间拉帮结派，也渐成常态。

明朝万历时期大臣邱瞬就曾总结道：“而今朋党有三途，同榜而出为其一，座主门生为其二，同年而出为其三。”“乡党”关系，反而凌驾于师生关系之上。

万历末期至天启初期令后人诟病的“党争”，朝中分为“齐党”、“楚党”、“浙党”相互攻击，“分榜”制度，确是为其温床之一。