建校初期，学校隶属于轮船招商局和中国电报总局，盛宣怀首立四院——师范院、外院、中院和上院，分层设学。

盛宣怀十分重视基础，把师范和小学放在学堂的首要地位。于1897年首先招收师范生，设立师范院，这是中国近代最早的新型师范学校，标志着中国师范教育的开始。盛宣怀后又仿照日本师范学校有附属小学校的做法，挑选了120名10岁—18岁的聪明幼童建立了外院。外院就是小学堂，由师范生分班教学。

南洋公学外院是中国最早的公立新式小学。接着于1898年开办二等学堂中院，等待条件成熟再开设头等学堂大学。南洋公学是我国最早兼有师范、小学、中学、大学的完整教育体制的学校。它加速了延续一千三百多年的科举制度对学校教育统治的灭亡，同时也为清廷2次学制的颁布提供了成功实例。

商部高等实业学堂：1905年，南洋公学划归商部，改名为高等实业学堂。

邮传部上海高等实业学堂：1906年，学校改隶邮传部，校名也随之更改为邮传部高等实业学堂。

南洋大学堂：1911年11月6日，辛亥革命刚刚爆发之际，唐文治校长宣布：“本校自即日起改名中国南洋大学堂” ，之后带头剪辫，以示拥护革命，摆脱封建旧制的束缚。

交通部上海工业专门学校（1912-1921）：1912年，学校改隶北京国民政府交通部，更名为交通部上海工业专门学校。并将铁路科改为土木科，电机科改为电气机械科。1918年3月，学校又增设铁路管理科，这是中国设立此科之开端，开创了工管结合的先河。

交通大学上海学校（1921-1922）：1921年，叶恭绰任北洋政府交通总长时，将交通部所属三所高校（上海、北京及唐山）统一更名为交通大学。学校定名为交通大学上海学校，并在全国率先成立董事会，校长亦由董事会选举产生。叶恭绰当选为校长，张铸为沪校主任，凌鸿勋和张廷金为副主任。学校在原有电机科外又增设了机械科。

交通部南洋大学（1922—1927）：1922年4月，由于政局变动，叶恭绰出走海外，交通大学随后又被分为南洋大学、唐山大学、北京交通大学三校。

交通部第一交通大学：1927年7月，南京国民政府交通部决议改组南洋大学为交通部第一交通大学，唐山大学为第二交通大学，北京交通大学为第三交通大学。

国立交通大学（上海本部）（1928-1942）：1928年，为加强对交通教育的管理，交通部将分立的第一、第二、第三交通大学再次合并统称交通大学，同年10月，南京国民政府为加强全国铁路管理权，增设铁道部，学校移归铁道部管辖，将设在上海、唐山、北平三处的交通大学各学院合并，统称铁道部交通大学，分上海本部、北平铁道管理学院和唐山土木工程学院。

国立交通大学（重庆总部）（1942-1946）：1942年日军侵占上海租界后，交通大学总部从上海转移到重庆九龙坡。此时期，交大开展院系建设。重庆商船专科学校并入交大组建造船等新专业，创办电讯研究所。学校规模扩大，教学设施、条例逐步完善。

国立交通大学（1946—1949）：抗日战争胜利后，三校各自迁回原址。1946年起，三校各自独立。在上海的仍沿用国立交通大学校名，在唐山的改称国立唐山工学院，在北平的改称国立北平铁道管理学院。

中华人民共和国诞生后不久，国务院根据国家经济建设发展战略的需要，决定交通大学主体内迁西安；1957年，分设为交通大学西安、上海两个部分，实行统一领导；1959年，两部分分别独立建校，西安部分定名为西安交通大学，上海部分定名为上海交通大学，史称交通大学西迁，并由此产生了伟大的西迁精神。

1958年，国立交通大学在台湾新竹复校，成立交通大学电子研究所；1967年，电子研究所改制为工学院；1979年，更名为国立交通大学。

交通大学具有光荣革命传统，解放前即被誉以上海“民主堡垒”，此传统可上溯至20世纪初的“墨水瓶事件”。

1902年11月，南洋公学全校200余名学生为抵抗学校专制行为集体退学，因缘于一墨水瓶，故称为“墨水瓶事件”，它可以说是中国近代教育史上发生最早，规模最大的一次学运。

事件原委大致为：清光绪二十八年十月初六 (公元1902年11月5日) ，公学五班上课，文科教习郭镇瀛见师座有一空墨水瓶，以为有人故意捉弄嘲讽他，大怒，严辞追查，结果全班无人回应。郭氏威吓离己最近的学生伍正钧，限以三日告发，迟则加罪。五班一年小学生因与伍正钧有怨，诬称系伍所为。事后，郭镇瀛便呈请校方开除三名学生，又以“匿不告”罪名要求给五班学生集体记过处分。

13日，应郭镇瀛要求，公学公开开除伍正钧及其两旁的学生贝蝇伯、陈承修，招致五班学生激烈反对。虽与校方几经申辩、力争，仍无济于事，全班学生遂决意集体退学以示抗议。临行前与其他各班一一道别，并陈以事情原委，公开申明反对学校专制行为。消息公布，五班全体学生不服，找到学堂总办汪凤藻辩护，要求辞退郭镇瀛，收回开除、记过的成令。

汪凤藻非但不允，反以五班学生“聚众开会，倡行革命”罪名将五班全班学生开除。闻此，公学全校学生群情激愤，各班学生群起抗议，即行罢课，200余名学生一齐去见汪凤藻，并公推学生代表，请汪氏收回成命。汪氏大怒，不允，决定以此示儆。

学生代表与汪凤藻反复论辩数小时，请求不要将五班学生全体开除，并以“全班去留争之”。汪凤藻恼羞成怒，坚持不允，还宣布：“五班已经开除，非诸生所能干预，（他班学生）愿去者听！”闻听此言，学生愤怒异常：“愚等奴隶教育，凡为国民，谁能堪之？我辈居此何为者？”全校学生讨论决定集体退学，以抗议学校专制武断行为。

出于爱护学生，特班主任蔡元培曾试图从中斡旋，向公学当局据理力争，请求考虑学生的合理要求，但了无收效。公学200余名学生遂整体列队，三呼“祖国万岁”后，依低到高秩序井然走出校门，堂皇中院空空如也，仅剩八九个老师范生依窗长叹。蔡元培亦愤然辞职。

汪、郭二人不辞而别，盛宣怀虽竭力挽回仍无可避免，全校有145人退学。事后盛氏苦心积虑，多举并措，逐渐恢复公学旧貌。然“自由、民主”之观念开始在公学不断滋长。

为解决退学学生的学习问题，蔡元培积极奔走。他联络中国教育会的几位负责人，请求同意收容退学学生。11月19日，中国教育会与退学学生集议张园，议决成立爱国学社。11月下旬，爱国学社在南京路泥城桥福源里正式成立，由蔡元培担任总理，吴敬恒为学监，黄炎培、蒋智由、蒋维乔、章太炎等任教员。各地退学学生纷纷来到爱国学社继续学习。1903年7月，爱国学社因受苏报案牵连被迫解散，部分学生转入震旦学院。

“墨水瓶事件”事发并非偶然，实为公学新学与旧体矛盾沉积之必然，其犹如学生社会“一声霹雳”，开中国学生反对专制，追求学业自由之大幕。其影响深远，既为交大深厚革命传统奠基，亦为全国学生界之楷模。南洋公学学生集体退学后，在《苏报》上列名发表《南洋公学退学意见书》，公开控诉反动的守旧教育制度。紧随其后，浙江浔溪公学、江南陆师学堂、浙江大学堂纷纷发生学生退学、罢课、集会等系列反对封建专制斗争。梁启超曾公开誉其“必将为中国教育史上一最大纪念”。

当时交通大学的老师大部分是留美博士，水平很高。而交通大学对学生的管理也很严格，因此毕业生大都较为优秀。当时交通大学在世界上也享有极高的知名度。

钱学森上海总校毕业后去美国麻省理工学院求学时，发现许多课程与在交通大学学习的完全一样，要求免修得到批准。

王安从交通大学上海总校去美国哈佛大学时，由于抗战没有带交大毕业证书和成绩单，哈佛大学知道是交大毕业的，决定破格录取。

中华人民共和国原国家主席江泽民也毕业于交通大学。

1896年（清光绪二十二年），南洋公学创校于上海徐家汇，后多次更名，而以“交通大学”校名最为称著。

建校以来，校址发生了两次重大变迁。

第一次是抗日战争时期，国民政府令交大内迁重庆，是为位于重庆九龙坡的国立交通大学，抗战胜利后迁回上海；第二次是新中国成立后不久，为支援西部发展，国务院令交大永久性扎根西部，内迁西安，是为位于西安兴庆宫的西安交通大学。

1937年7月7日，卢沟桥事变爆发，抗日战争开始。上海沦陷后，校园被日寇占领。

1938年4月，东亚同文书院侵占交通大学徐家汇校舍为己用，并一直用至1945年8月抗战胜利。

新中国成立后，为适应社会主义建设和国防建设的需要，并为改变旧中国遗留的高等教育布局不合理的现状，同时也为支持西部社会经济发展，1955年，国务院决定将交通大学从上海内迁至西安。

西迁之初，交通大学徐家汇“庙门”校门左侧悬挂的船院校牌，制作于1955年，后被上海交大抛弃。庙门右侧悬挂的“交通大学”校牌，制作于1952年，1956年随校西迁运往西安，悬挂在交大北门上，文化大革命期间被西安交大损毁。

1959年，国务院决定将交通大学西安、上海两部分分离成为两所学校，作为主体的交通大学西安部分定名为西安交通大学，原交通大学校长彭康改任西安交通大学校长；剩余的交通大学上海部分，则在与另一所学校合作之后改名为上海交通大学。

交大西迁之初，中央决定交通大学徐家汇原址需永久性让给另一所学校使用，接收校址的学校成为了今日上海交通大学。

交通大学两次校址变迁。抗战时交大内迁重庆，徐家汇校址成为了东亚同文书院校址；解放后交通大学部分西迁西安至今，原址变为了今天的上海交通大学徐家汇校区。

学校第一次内迁重庆是暂时的，第二次内迁西安是永久的——向科学进军，建设大西北！

2015年12月19日，西安交通大学少年班30周年纪念大会隆重召开，少年班校友纷纷返校。在此期间，上海润沃丰股权投资管理有限公司董事长、少年班校友阎新锋向学校捐赠100万元，用以建设南洋公学牌坊式创校纪念校门。西安交通大学党委副书记宫辉，校史与大学文化研究中心、教育基金会、校园规划与基本建设管理中心、团委、校庆办、校友部等部门负责人出席了捐赠仪式。捐赠仪式由教育基金会秘书长赵卫滨主持。

西安交通大学前身是创建于上海的南洋公学，最早的校门沿用至1911年。学校将建设新西门，以复建创校校门为蓝本，以“南洋公学”的历史文化为基础，传承学校悠久的历史文化。创校纪念校门选址位于兴庆校区西二楼西南侧。

2016年4月7日下午，“交通大学迁校60周年纪念会暨创校纪念校门、西迁广场落成仪式”在西安交大西迁广场举行。校党委书记张迈曾，党委常务副书记王小力，副书记宫辉，副校长郑庆华、颜虹，老领导史维祥、潘季、徐通模，彭康校长的儿子彭城先生，盛宣怀的曾孙盛承懋先生，西安交大计算机专业主要创始人郑守淇教授，工程物理系62届校友郭长安以及学校相关单位负责同志，西迁老同志、离退休教职工、师生校友代表等参加会议。会议由党委常务副书记王小力主持。

60年前，交大师生高唱着“向科学进军”的壮歌，从繁华的大上海来到相对落后的大西北，扎根、创业，用青春和热血演绎了一段精美的传奇，谱写了一曲催人奋进的歌。西迁历史永远值得铭记，西迁精神必须大力弘扬。

在纪念交通大学建校120周年暨迁校60周年之际，学校决定，向为迁校做出积极贡献的陈学俊等789名老同志颁发“交通大学迁校60周年纪念章”。宫辉副书记宣读了《关于弘扬“西迁精神” 颁发交通大学迁校60周年纪念章》的决定，张迈曾书记为西迁老同志代表颁发纪念章。

张迈曾书记在讲话中说到，60年前，交大响应党中央国务院的号召，服从新中国建设的大局，彭康校长带领师生从大上海迁到古都西安；60年后，交大人以自己的自觉、坚定、坚忍、奋斗，实现了中央的要求，把西安交大建设成为一所世界著名的学府。老一辈西迁人是西安交大辉煌历史的缔造者，是西迁精神的谱写者。学校复建创校校门，建筑西迁广场，颁发纪念勋章，就是以这样的方式，向先辈致敬。

张迈曾说，60年前，我们支持国家建设向西而行，60年后，我们实施国家西部大开发战略、一带一路倡议和创新驱动战略，再次向西而歌。西安交大注定要和国家命运紧密相联，为中华民族的伟大复兴做出新的贡献。西迁精神是我们永远的精神财富，它不是墙上固定的标记，而是需要不断传承和发扬，并不断赋予其新的内涵，让它成为交大的精神源泉。对于西迁精神的弘扬，他提出三点要求：一是弘扬西迁精神要不断激发创业精神；二是弘扬西迁精神要与坚持严谨相结合；三是弘扬西迁精神要强化学科建设。

他说，在新的历史起点上，西安交大人一定要继续秉承西迁精神，坚持“扎根西部、服务国家、世界一流”的办学定位，坚决当好高等教育的排头兵，努力成为科学研究的制高点和国际交流的新引擎，在践行“中国梦”中加快建设世界一流大学，为国家经济社会更快更好发展再立新功。

“交通大学迁校60周年纪念会”过后，学校举行了创校纪念校门、西迁广场落成仪式。张迈曾、史维祥、潘季、徐通模、彭城、盛承懋共同为创校纪念校门揭幕。

创校纪念校门位于兴庆校区西二楼西南侧，校门尺寸高11米，宽10米，采用黄山石材和徽派石雕艺术，以做旧的施工工艺还原了南洋公学老校门的建筑风格。校门牌匾分别刻“南洋公学”与“交通大学”，根据1906年前南洋公学校门牌匾原迹，以及1928-1935年交通大学校门牌匾原迹进行调整、复制而成。追溯涓涓源头，传承百年薪火。无论过去还是现在，在南洋公学办学过程中凝结的南洋精神都在时时刻刻鞭策我们高举兴国强学的旗帜，为实现中华民族的伟大复兴而不懈奋斗。

西迁广场背景墙上题刻主题雕塑名称“交通大学西行之履”、西迁精神16个字、交通大学西迁述略、迁校各类机构设置沿革等文字内容，表现形式由人文学院贾濯非教授设计，文字内容由校档案馆馆长、校史与文化研究中心主任贾箭鸣老师执笔，迁校各类机构设置沿革由档案馆根据原始档案进行整理编撰。

西迁广场设有迁校浮雕六幅，分别为：上海外滩、交通大学上海徐家汇校区鸟瞰、迁校时期西安城区鸟瞰、西安校区鸟瞰、上海火车站迁校送别场景、西安校区建设场景；有圆雕人物六个，西安校区部分包括两个学生和一个老教授，上海火车站部分包括年轻教授的三口之家。

西迁纪念广场和创校校门南洋公学牌楼的创建，为交大校园再添一处重要文化地标，也为“老交大传统”和“西迁精神”的弘扬传承提供了重要载体，将成为交大师生进行爱国爱校教育的重点基地。