刘承干深知日本人喜爱中国古籍但鄙薄残本，故在日寇侵华时，已将藏书每部抽去一至二册，成为残缺不全的书，故日军对残本不屑一顾，而未掠夺，此是第二说。第三说是刘承干在日寇未到南浔时，已将大部份珍贵书籍运往上海租界住宅中，得以保存。此是三种说法，似都有道理，也许三者兼备，待考。

第二场灾难是“文革”十年。红卫兵曾把藏书楼目为“封、资、修”的老窝，是破“四旧”的主要目标。但此时幸亏藏书楼有一位管理员汤福璋（已故世），他在所有大理石屏风和书橱上都用红色颜料涂上《语录》，这些红卫兵一进藏书楼大厅，满目都是红色《语录》，竟然瞠目结舌，无人敢砸掉语录牌，嘉业堂藏书楼绝处逢生，经过十年动乱，完好如初。

当时嘉兴县解放不久。六月下旬的一天，嘉兴县委接到省、地委转来的周恩来同志的电报，命令立即派出部队保卫嘉业堂，防止破坏。省、地委把这个重要任务交给了嘉兴县委，要嘉兴县委调遣武装去保护南浔藏书楼。这时嘉兴县委已经建立，嘉兴独立营刚于六月一日由原独立团整编建制。

杨铭同志任县委书记，沈如淙任县委副书记兼嘉兴独立营政委。

县委接电报后，杨铭同志把电报交给了沈如淙，要他执行周总理交来的电令任务，沈如淙表示坚决执行。当即决定指派嘉兴独立营第一连，由指导员胡国钧、连长沈英杰带领，连夜赶往南浔执行任务。藏书楼东面是刘家的中西合璧式的住宅、家祠和花园小莲庄，部队即驻扎其间。第二天，沈如淙和杨铭同志到南浔检查一连保护藏书楼的保卫工作，去嘉业堂了解部队驻防保卫情况。

一连干部战士在南浔很好地执行了保卫藏书楼的任务。但是为了保卫祖国的文化瑰宝，他们也付出了血的代价。当时南浔附近的匪特不甘心失败，在部队进驻后，仍然企图伺机疯狂破坏。

就在第一连进驻小莲庄第三天下午，一连文书沈向荣同志（中共党员，崇明人），在藏书楼通往市街的弄口，突遭两个土匪袭击。两匪扑向沈向荣同志夺枪，沈文书奋勇反抗，力拒两匪，他们见夺枪不成，即向沈文书连开数枪，沈向荣同志当场牺牲。连队闻讯，立即出动追捕两匪。在当地农会干部（其中有一女同志）、群众协助下，两匪当天即被捕获，关在一间靠河民房内。夜间一匪跳窗逃跑，落入河中淹死。

另一匪被押送至嘉兴独立营营部，由营长刘先正同志审讯后，报经上级批准处决。在审讯中得知两匪系国民党潜伏下来的马文龙匪部残匪，嘉业堂完好地保护了下来。

南浔镇于1949年5月2日和平解放。大军南下时，周恩来同志十分关心浙江两大藏书楼（南浔的嘉业堂和 宁波的天一阁），曾要陈毅司令员派兵保护，不使损失。

故解放军专门派一连战士驻守藏书楼，保护了这批珍贵书籍。1951年11月，刘承干写信浙江图书馆，“愿将书楼与四周空地并藏书，书版连同各项设备等，悉以捐献与贵馆永久保存”。

当时由浙江图书馆和嘉兴地区图书馆派干部接收。接收时藏书有十一万册左右，杂志三千余册，红梨木书版三万余块。 党的十一届三中全会后，改革开放给藏书楼带来了新生。

浙江省人民政府1984年拨款二十二万元作了修葺。嘉业堂藏书楼房屋修缮一新，园林整治有序，大树参天，绿荷细柳，亭子出新，曲径通幽，人历其境，似处身世外，荣辱皆忘，心旷神怡。一些海内外名人学者大都慕名前来参观访问，这座藏书楼重又名噪于世。

嘉业堂藏书楼是一座中式建筑，坐北朝南，大门楣上“嘉业堂藏书楼”六个大字出于刘廷琛和笔。刘承干建藏书楼而要以“嘉业”命名，是因清末刘承干曾捐巨资助修光绪陵墓，宣统曾赐以“钦若嘉业”的匾额，他以此为荣，故以“嘉业”命名。楼呈“□”字形回廊式两进两层走马楼，整幢楼共计52间。楼上为“希古楼”，存放经部古籍。外面一间为“黎光阁”，存珍本《四库全书》1954册。里面正房名“求恕斋”，原存放史部古籍。嘉业堂藏书楼是一座 回廊式的砖木结构、中西合璧的两层楼房，东西阔十丈六尺，南北深十五丈九尺，分前后两进，每进面宽七间，左右厢房各六间，共五十二间。建造考究的52间房 屋均为藏书之库房。每间书库，地板坚固，书架整齐，两面均装有铁皮、玻璃双层窗户。楼四周墙基约五、六尺高，皆用花岗岩砌筑。平面呈“口”字形，为了便于 晒书，两进房屋中间有一占地300多平方米的大天井，平铺方砖，不生杂草。

站在大天井中东南西北四望，只见凡朝天井的库房均安装的是落地长窗，窗多，便于 通风采光，建楼主人思虑缜密。所有楼堂斋室都陈列着大理石屏风、书桌、茶几和香杞榻等红木家具，一派清代厅堂的风格。底层正厅为“嘉业堂”，悬挂清宣统皇 帝御赐“钦若嘉业”九龙金匾一块，楼上为“希古楼”，楼下窗格都用“嘉业堂藏书楼”篆字样作为装饰，廊外铁栏用“希古”两字作花饰，巧思匠心，殊饶别致。

藏书楼鼎盛时期的藏书全部为五十几万卷，号称六十万卷，共十六、七万册，至1949年藏书仅存十万册左右。其中：

宋、元两代精椠一百四十九部，其中完整的一百另六部；《永乐大典》珍贵孤本四十二巨册；《四库全书》（翁覃溪手纂）原稿一百五十册。刘承干还特别注重明清两朝的诗文集，有明代椠本二千种，清代椠本五千种，还有抄本近二千种。此外，尚有全国地方志，从州志、郡志、府志、县志、镇志共收有一千二百余种，三万三千三百八十卷，其中海内秘本有六十二种。藏书数量之巨大，使不少藏书家亦瞠乎其后。最著名的是《清实录》和《清史列传》两部书的底稿，均在北京国史馆内，社会上已经绝迹，为刘氏出资二、三万元派专人花数年时间，把这两部书全部抄回来。藏书楼不仅藏书，还聘请专家刻印书，用的是红梨木书版，共有三、四万块。刻印书有《嘉业堂丛书》、《求恕斋丛书》、《吴兴丛书》、《留馀草堂丛书》、《希古楼金 石丛书》以及《景宋四史》、《旧五代史注》、《晋书？注》、《章氏遗书》、《北琼室金石补正》等，共二百几十种，约三千卷。

刘承干还刻印了不少清朝禁书，有屈大均的《安龙逸史》、《翁山文外》，蔡显的《闲渔闲闲录》，李清的《三恒笔记》等。

2022年，嘉业堂藏书楼及小莲庄之馨德楼、走马楼修缮工程被列为首届“匠心杯”浙江省优秀文物保护工程项目。

2022年9月2日，“浙江省历史文献数字资源总库”在湖州市南浔古镇嘉业堂藏书楼正式发布使用。

嘉业堂藏书楼坐落于南浔的鹧鸪溪，与小莲庄隔溪相望，有小桥通连。

藏书楼掩映在园中，楼外有园，园中有池。园内古木参天，浓荫蔽日，夏日，池中绿荷亭亭，红莲怒放。有亭三座，曰“明瑟”、“漳红”、“沅碧”。更树有三座巨大的太湖石假山，玲珑剔透，十分珍贵。最奇者，园内竖有一石，腹有小孔，人嘴对准吹气，会发出一种巨响，极似虎啸，几可乱真，石上镌有清代大学者阮元题“啸石”两个朱字，游人到此颇多一试者。