早在北宋中期，福建长乐、连江等县沿海居民，已涉海徙居南、北竿塘，以农、渔为业。元朝末年时，已经形成聚落，颇为繁盛。明朝初年实行海禁及“迁民墟地”政策，南、北竿塘居民尽徙内地，当地成为荒岛，倭寇、海盗因而经常出没。明朝中叶开放海禁，福建沿海贫民又陆续迁来，极力开拓，至明末时，人烟已经稠密如昔。清初实行更为严厉的海禁和“迁界移民”政策，迫迁海岛居民，并将房舍焚毁，再度使竿塘成为禁地。康熙后期开始，陆续有人迁入。嘉庆16年，肃清蔡牵等海盗之后，长乐、连江等县沿海贫民更大举迁居岛上谋生。

1919年（民国8年）夏季，台风及海水倒灌重创长乐县沿海地区，灾民多达5、6万人。其后数年因土地过咸无法种植稻谷，加上灾后瘟疫横行，难民纷纷出走，其中移入竿塘地区者颇多。

1935年（民国24年），马祖列岛始设保甲制度，设竿西联保办公处于北竿塘岐盐仓（今塘岐国小）。其后因辖区过广，再划分成竿塘、西洋两保。民国38年国军进驻，于南竿成立“马祖守备区指挥部”，接着实施战地政务，将连江县政府设于南竿，从此南竿成为马祖地区政经中心。1955年南竿乡的金沙、牛角、山陇、铁板、西尾五村，分别改名为津沙、复兴、介寿、仁爱、四维村。1988年福澳村改名为经泽村，1992年改回原名。

2000年“小三通”启动以后，福澳港成为马祖地区与福州马尾往来的港口。2003年1月南竿机场的启用，使得南竿成为马祖地区的交通枢纽。

南竿岛不仅为南竿乡最大岛，也是马祖列岛的第一大岛，旧称“南竿塘”、“马祖岛”，实际居住岛上的居民约四千人。

南竿岛下辖介寿村（旧名山陇）、复兴村（旧名牛角）、福澳村、清水村（乡公所所在）、仁爱村（旧名铁板）、津沙村（旧名金沙）、珠螺村、马祖村、四维村（旧名西尾）。

南竿乡地形多花岗岩丘陵，可供垦植的农田极为有限，因此渔业为最重要的经济命脉。1949年两岸分立分治以后，马祖地区因位居重要战略位置，被军方列管，并派驻大量军人。南竿乡与县内其他行政区一样，提供驻军消费的商业、服务业变成当地居民的主要收入来源。

1992年解除战地政务后，昔日“兵多于民”的景象不再，马祖的经济曾经一度衰退。1999年底，马祖风景区成立，南竿乡及县内各地以其具有传统特色的聚落建筑，以及珍贵的战地政务历史资源，成功转型成为观光岛屿。

马祖地标：马祖剑碑（位于南竿岛马祖村）

在空中交通方面，立荣航空每日从台北松山机场往返南竿机场八个班次，多于往返北竿机场的三个班次，航行时间均约50分钟。另外，立荣班机每天往返台中机场与南竿机场一个班次，航行时间约70分钟。如果因为天候不佳，则实施“南机北降”，旅客由北竿机场下机后搭车前往白沙码头，转乘每小时一班的南、北竿交通船前往南竿福澳码头，航程约12分钟。

除了空运以外，从基隆港搭乘每星期六个航次的台马轮往返南竿也是另一种选择，航程约114海哩。由于台马轮需靠泊东引与南竿，因此航班的安排为单日先开往南竿，再到东引；双日则先开往东引，再到南竿。

南竿乡与县内其他行政区的交通往来亦以海运为主，南、北竿两岛之间交通船每天开航十一班次，从福澳码头白沙码头，航程约12分钟。南竿每天往返莒光乡东、西莒每天三班交通船，单月先开往西莒，再到东莒；双月则是先开往东莒，再到西莒，航程约50分钟。

南竿岛内公路密布，陆上交通工具除公车、出租车外，尚有巴士、九人座厢型车、机车、自行车等多种出租车辆以供选择。

高级中学马祖高级中学

初中连江县立中正中小学（位于马祖村）

连江县立介寿中小学（位于介寿村山陇聚落）

小学连江县南竿乡仁爱小学（位于仁爱村铁板聚落）

南竿岛有八八坑道、北海坑道、大汉据点、马祖酒厂、铁堡、珠螺湾、桂山水库、西尾夕照、牛角聚落、津沙聚落、云台山等景点。