南通师范学院美术系建于1984年，是当年除了南京师范大学美术系之外，江苏最早的高等师范美术专业。1992年被原国家教委选定为全国高师艺术教育改革试点单位（全国仅有7个单位被选定），是当时江苏省唯一被选定的美术教育改革试点单位。1995年5月，被吸收为中国教育学会美术教育研究会高师专业委员会首批团体会员。1987年和1992年曾参加原江苏省教委组织的“高等师范院校人才培养规格研究”和“高师专业基本技能训练”的研究。1999年9月南通师范学院美术系首次招收美术学专业本科生，2003年获得美术学学士学位授予权。2006年获美术学硕士学位授予权。2000年工业设计专业在原南通工学院机械系诞生，当年招收首批本科生，并于2004年获得学士学位授予权。原南通工学院纺织系于2001年创办了艺术设计（服装设计方向）专业，南通大学组建后与原师院美术系美术学艺术设计方向学科整合为艺术设计本科专业，2005年获学士学位授予权。