次日晚，张杲母亲魏氏与其奸夫吴章至张杲藏身处对其进行毒打，并借暴雨之势扑倒房屋将他压死，以报复张杲对二人的强烈反对。六月二十三日，张杲之母到县衙状告卢柟殴打张杲致死。

七月初，蒋宗鲁审案，不顾张杲被压死的事实，公报私仇，将卢柟屈打成招，并以故意殴人致死罪论以死刑。同年九月，在卢柟父母的再三托请下，卢柟一案由巡按樊公重审。樊公本欲开释卢棉，但蒋宗鲁从中阻挠，最终，卢柟以家长殴雇工致死罪被判罚谷千石，留待察院复查。

嘉靖二十年（1541）正月，察院复议发出，认为对卢柟的判罚不合法。四月，卢柟被罚谷四十五石，得以出狱。然而，回家不到十天，卢柟父母另居的淇门别业夜遭强盗洗劫，其父被逼死，房屋被烧，凶手携其父尸逃之天天。卢柟千方百计抢回父亲遗体，官府却以其尸进城不祥为由，将之拒于城门外。卢柟母亲伤心过度，两个月后也随之去世。

蒋宗鲁审案挟私怨，当时与卢柟同时遭受冤屈被论以死刑的还有袁济、马氏、吕敖、侯宗儒等四人。卢柟蒙樊公恩典，最先得到减罪。卢柟被释后，其它四人也都极力称冤。恰逢新巡按上任，蒋宗鲁害怕其他四人以卢柟获教之事为口实自救，故屡次在新巡按前进言诽谤卢柟，称其恃财凌弱、为祸乡里。

嘉靖二十一年（1542）初，巡按以“招详”朦胧为由再审卢柟案，卢柟于是再次入狱。不久再次被论以死罪，移交大名府监狱。这一年，卢柟的两个儿子、一个女儿相继天折，大儿子仅九岁，小儿子仅三岁。羁身监牢，卢柟甚至没能与早亡的儿女告别。他坚持为自己奏辩，但是，巡按始终坚持原判。

嘉靖二十三年（1544），卢柟再次奏辩，新任巡按胡公终于免去了卢柟的死刑。嘉靖二十五年(1545)，山东益都人石茂华任浚县令，十分宽待卢柟，卢柟的境遇渐有所改善。但身处监牢，卢柟的生命安全仍然存在隐患。嘉靖二十六年(1547)十一月二十日深夜，卢柟差点被曾经的佣人、现任的狱吏谭遵用土囊压死，被其他人发现得以免。卢柟的冤案迟迟没有得到了结，他辗转大名府、浚县、元城等地的监狱，继续着牢狱生活。

嘉靖二十八年（1549），卢柟的旧友谢榛听闻了卢柟陷狱的消息，他寄诗“枯草又春风，尔怀莫能诉。绿鬓生死间，谁怜鹦鹉赋”安慰卢柟，又携卢柟赋作游走京师，哭诉于权贵前。浙江平湖人陆光祖听闻此案后，于次年秋选得浚县令，到任后马上为卢柟更爰书。同年，谢榛的好友四川铜梁人张佳胤任邻县滑县令。谢榛赶至滑县，向张佳胤申述了卢柟的情况。张佳胤至浚县与陆光祖同审卢柟案，将卢柟的判罚定为三年劳役。·

嘉靖三十一年（1552）冬，卢柟终于出狱。本应是人生的黄金时期，卢柟却蒙冤两度入狱，几次徘徊在生死边缘，又接连遭遇丧亲之痛。且自他入狱后，家中田地被尽数贱价变卖，加之中遇强盗洗劫，其家完全破败，父母亡后多年未葬，妻女长期寄食于他人篱下，可谓惨绝人寰。在狱中，卢柟发奋读书，每有感想，便请求具纸笔记录，写下了《幽鞠赋》、《放招赋》、《惜毁赋》等赋作，并写了《狱夜》、《五哀诗》五首、《枯鱼篇》、《丁督护歌》、《杜鸭行》、《重寄内》二首等诗歌。为了替自己洗刷冤情，他先后上书内翰晁瑮、继蒋令任浚县令的魏安峰、大理寺陈龙泉、大名府知府张鄮西、大名府推官李东岗、吏部主事吴少槐、吏部主事郝南峰、侍御张鹅山、进士耿忠庵等人，也多次寄诗向其旧友求救。卢柟的遭遇得到了一些人的同情：押赴大名府途中，李有池曾对其馈饭；汪北津、华竹川等人曾到狱中探望卢柟：张鄮西几次与卢柟同上辩书，又联合旧时同僚吴少槐、李东岗等人在胡公重审卢柟案时为其鸣冤，对其免去死刑起了重要的作用。张鄮西的母亲还曾托人馈赠卢柟物品：吴少槐怜卢柟丧子绝嗣，准许其妻入狱服侍：孟思在推官耿忠庵前献卢柟赋四篇，为之辩冤。安阳赵王、太原王龙池等对此案也予以关注，促进了案件的解决。对于这些，卢柟在其诗文中都有记载，留下了《上魏安峰明府辩冤书》、《上李东岗推府书》、《与陈一泉外翰书》、《上郝南峰吏部书》、《与陈龙泉大理书》、《上吴少槐吏部书》、《上张鹅山侍御书》、《与耿忠庵进士书》等文，《惩咎诗并启一首上大名张太守鄮西吴吏部少槐李翰林东岗》、《系狱呈王大伍侍御李复斋工部丈六十韵》、《重赠李子理》、《秋日寄上晁春陵内翰》五首、《孟龙川自京师旋为余言，秋部李沧溟闻冤慨然有脱囚之志，因作诗四首寄上》、《狱夜书愁敬呈吴少槐吏部》、《张郡伯鄮西如觐京师，其母太夫人出中馈给囚，因感激述怀，作五十韵以谢》、《暮秋承华主簿竹川馈饭奉谢凡三十五韵》、《闻吴吏部少槐哀仆乏嗣饬内入狱侍汤药四首》等诗。期间他也有一些酬应之作，包括《大名太守移州郡让农檄》、《世义堂记》、《赠刘丞赴兴州经历序》、《赠杨生序》、《赠常翁就举乡饮礼序》、《故浚县尉静庵蒋公哀辞》等。

嘉靖二十二年（1543）三月，卢柟将自己的旧作和狱中所写诗文编成《蠛蠓集》。陆光祖、张佳胤为卢柟平反冤狱，卢柟由此与二人交好。因谢榛的缘故，卢柟结识了王世贞、李攀龙等人。卢柟出狱时，王世贞和谢榛都有诗相贺。

出狱后不久，卢柟即前往安阳答谢谢榛及赵王的救命之恩。卢柟以赋上赵王，赵王读后对其大加赞赏，赐以百金。一时间，诸多王侯都争相礼遇卢棉。卢柟在酒宴上称客坐右，畅所欲言，往往瞬间即成赋作。此期间，他写了大量应酬之作，包括《酬德赋》、《天目山赋》、《寿成皋王赋》、《水亭赋》、《昆仑山人赋》、《云滨赋》、《梁苑仙人赋》、《龙池赋》等赋，《寓目水石藤树人物》、《陪成皋王太虚观斋居感鹤至》、《赠王少府封君水亭》、《赠王龙池别驾》、《题杨太尉挥金幅幛》、《游成皋王城南园见水石鱼艇》等诗。

然而，一旦酒醉，卢柟就神情激越，大骂座客。久之，众人逐渐疏远他，而赵王所赐财物也几乎耗尽，卢柟于是返回浚县。此后他来往于浚县和滑县之间，与陆光祖、张佳胤等人经常相聚，写了《夏日同王大伾、董右坡、张庐山、孟龙川登大伍山，览黄河故道得温字》、《立春前夜宴张庐山明府宅》、《梦洲赋》、《嘉禾楼赋》、《折冲卷后记》等作。

嘉靖三十二年（1553），陆光祖任满，卢棉写《送陆明府梦洲入觐》，并代表浚县诸生上书大台辅侍御杨公，请求陆光祖留任浚县。后诏书下达，陆光祖赴任南京，卢柟又写《九骚》送之。同年，张佳胤也调任户部，卢柚作《送张庐山明府转户部》五首、《登西城嘉禾楼重送张庐山赴部》送之。

嘉靖三十五年（1556），王世贞治狱大名，派邑吏抄录卢柟作品若干卷，又致书卢柟，邀其与谢榛前往会面。卢柟此次第一次见到王世贞，彼此一见如故，相见恨晚。众人同饮三日，交谈甚欢。临别时，卢柟有《秋日奉别王元美比部详刑还京四首》相赠。

嘉靖三十六年（1557），李攀龙过浚县，卢柟与之同登大伍山。同年，卢柟与谢榛再访王世贞，之后卢柟独自前往金陵拜会陆光祖，在陆光祖处停留了一个多月。离开金陵后，卢柟又在吴越等地游览了数月，无所收获，遂返回家乡。此间他写了《适金陵登魏武读书台奉别李觉斋丈》、《春夜与吴山人饮穆前江宅招妓弹琵琶不至》、《醉后射鱼宿罗山人草堂》等诗。

嘉靖三十九年（1560），在其妻死后一年，卢柟本人也在贫病交加中醉酒死去。后期卢柟还作有《秋晚赴井汲水采野蔬供饭》、《苦寒吟》、《滑县东城门见山楼碑》等作。

王世贞《卢柟传》，钱谦益《列朝诗集小传·丁集上》，查继佐《罪惟录·文史诸臣列传》，郑仲奎《清言》，冯梦龙《古今谭概·矜馒部》、《醒世恒言·卢太学诗酒傲王侯》，梁章巨《巧对录》。

王世贞《艺苑卮言》：“赋至何、李，差足吐气，然亦未是当家。近见卢次楩繁丽秾至，是伊门第一手也。”

顾起纶《国雅品》称：“晋渡江来，赋几亡矣。自兹而作，有卢生焉，涉屈宋之华津，步班扬之高衢，弦音夕振，恍乎池阳操挝，渊渊有金石声，眇觌创制，亦一代之赋手也。