由于上午进入琉球西北方海面后，受到北方中层大陆反气旋的微弱引导，于是开始往西北方向缓慢移动。在此同时，于日本东南偏南方海面上的台风丹娜丝继续向西北偏西移动，由于其外围气流场相当辽阔，间接导致大陆反气旋南压的幅度稍微增强，因此自当日下午2时，百合开始更偏向西北偏西移动，且速度有稍微加快的趋势。当时台湾中央气象局（英语：CWB）研判，百合将有可能对台湾北部海面构成威胁，因此于当日深夜11时50分针对台湾北部、东北部海面发布海上台风警报。

9月9日，由于丹娜丝威力更为强大，风场范围更扩大的结果开始逐渐对百合构成牵制作用，不过由于丹娜丝本身陷入中层大陆高压及副热带高压之间的鞍形场当中，只能缓慢往西移动，因此百合只有受到牵制作用，而路径仍是往西北偏西方向缓慢移动。当晚，受到丹娜丝大范围风场的影响，北方高压范围开始向南压，对百合造成的压力愈趋明显，且又因导引气流不强的缘故，百合在当晚8时的方向又突然改变，开始向偏南方向移动。

9月10日上午8时，由于东北风伴随着北方少许冷平流的缘故，百合的威力开始已出现减弱的迹象。当日，原本陷入鞍形场而移动缓慢的丹娜丝因高纬度有高空槽东移接近而逐渐摆脱鞍形场，开始向西北偏北转北的方向接近日本关东地方。而被丹娜丝所牵制的百合，于是被其辽阔的外围气流场所影响，中午起缓慢往东南偏东方向移动。在种种因素之下，台湾中央气象局在当日上午9时解除海上台风警报。此后，百合继续往东南偏东方向缓慢移动，并开始第三度往冲绳本岛及久米岛一带逼近当中。就在当晚8时起，方向更转为偏东移动，持续朝久米岛逼近。

9月11日凌晨2时，百合当时就在久米岛以西近海，而对百合方向构成影响的丹娜丝已经随着槽线导引，开始迅速往北转东北偏北方向吹袭关东地方，对百合的导引力在当日清晨过后即开始逐渐消失，因此导致当时并无任何力量导引百合。上午8时，百合威力不断增强当中，并被日本气象厅升格为台风等级，中心风速增强至65节，最低气压则是970百帕。

自9月11日上午起直至9月12日清晨期间，百合一直都在久米岛东方近海持续徘徊，本身威力亦持续增强，并在9月11日下午2时达到第一度巅峰，中心风速达到75节，最低气压则降至960百帕。同时，联合台风警报中心将其强度上评至相当于二级台风上限，甚至在晚间6时上评至相当于三级台风，一分钟平均风速达100节。不过后来，联合台风警报中心在9月12日午夜12时就将其下评为相当于二级台风，甚至在9月13日午夜12时又进一步将其下评为相当于一级台风，而日本气象厅亦在当日上午11时将其降格为强热带风暴。

9月13日凌晨，中国大陆东北方有一高空槽逐渐建立当中，百合在无主状态之下疑似受到此槽的影响。凌晨3时半，百合于冲绳县岛尻郡久米岛登陆。9月13日清晨至9月14日上午期间，开始缓慢往西北方向移动。不过此时丹娜丝早已消散，副热带高压因此得以西伸并在日本南方海面建立起中心，但由于与中国大陆华东的高压势力相当，导致百合等同陷入一新鞍形场中，虽然受到高空槽影响而缓慢往西北方向移动，但由于槽底仍偏高导引力量不强。此时百合的移速仍然非常缓慢，同时由于气流的拉扯，导致百合结构无法维持良好状态，其威力又再度减弱当中。也由于百合的再度回头，台湾中央气象局于当日下午3时，再度发布针对台湾北部海面的海上台风警报。此后，百合继续往西北方向缓慢移动，且与槽底距离愈趋接近。此时也有部分预报模式开始出现百合可能顺利搭上槽线牵引往北而去的预测，不过令人始料未及的是，情况却从9月13日晚间出现变化。

由于鞍形场西面的大陆高压开始逐渐增强，高度加高，同时在日本南方出现一高空冷心低压，导致副热带高压势力被迫往东退，而北方槽线位置不变，不过深度并未加深。种种因素之下，西面高压的东北风导引力量开始逐渐占上风，此种现象直至9月14日更为明显。在当日上午8时，台风百合的中心爬升到最北端的北纬27.6度、东经125.3度处时，路径方向开始出现剧变，已往西南偏西转西南方向移动，准备朝台湾北部、东北部一带逼近。根据中高层驶流场图显示，位于华北的导引中心正为百合带来东北来向的驶流，意味着百合吹袭台湾将成定局。而台湾中央气象局亦于9月15日凌晨2时45分，针对台湾北部、东北部一带发布陆上台风警报。不过就在强度调整方面，联合台风警报中心于当日午夜12时将其降格为热带风暴，但又于上午8时将其升格为台风，强度则上评为相当于一级台风。

在导致百合结构变差的气流拉扯作用已经消失的情况之下，百合的强度又开始逐渐增强。虽然此时百合已经离台湾陆地并不远，不过由于范围不大，强风圈半径仅仅150千米，移动速度也只维持在时速10千米左右，故百合直至9月15日下午之后，对台湾的影响才逐渐显现。9月15日深夜，华南高压开始向东延伸，同时华北附近亦开始出现地面高压中心开始东移至山东半岛一带，导致百合在当晚7时出现了西南偏西偏西角度的移动，这大幅加重了百合对台湾北部的威胁性。百合随后在15日下午2时再度被日本气象厅升格为台风等级，中心风速达65节，最低气压970百帕，且威力仍持续增强当中。根据当时气象卫星云图显示，其结构发展相当结实，足见水汽供应之足，风眼也较先前更为清晰。在此同时，台湾北部的雨势也逐渐出现。

9月16日，百合继续以西南偏西偏西的角度，持续逼近台湾东北角陆地，强度亦持续增强当中，就在当日上午8时，联合台风警报中心将其上评为相当于二级台风，而其暴风半径边缘亦触及台湾东北角陆地。下午2时，百合达到第二度巅峰，中心风速达到75节，最低气压则降至960百帕。在此同时，百合的行进方向再度出现变化，疑似是受到地形作用的缘故，路线角度再度出现显著南折，以西南至西南偏南的角度直逼台湾东北角而来，甚至在晚间6时至7时之间，一度在三貂角外海停滞达二小时。另外，在台东县外海由于气流绕山作用，自入夜起开始出现一显著的副低压中心，与原主中心之间产生互动而沿东岸缓慢北上。晚间9时40分，百合在台湾台北县贡寮乡三貂角，至宜兰县头城镇一带登陆。

受雪山山脉地形作用，而百合一路往西南沿兰阳溪谷移动，其结构迅速被破坏而减弱，于9月17日午夜12时锐减为热带风暴，甚至于下午2时进一步减弱为热带低压。在此同时，联合台风警报中心亦因其威力逐渐减弱，将其下评为相当于一级台风，甚至于上午8时进一步降格为热带风暴。而当日凌晨2时，由于百合进入菲律宾大气地球物理和天文管理局（英语：PAGASA）之热带气旋负责范围，故将其命名为“Kiko”，并评级为热带风暴。当时，百合因地形影响导致其移动速度显著减慢，而在台湾东岸近处的副中心则逐渐北走。而在百合北方的高压已东移出海，因此导引力量即开始出现减弱的现象，这造成了百合的移动速度在过山之后更为缓慢。而在台湾东岸的副中心此时的势力几乎与主中心不相上下，二者互动的状况之下，百合的主中心只能沿着中央山脉西侧缓慢南下。

9月18日，受到东方势力相当之副低压中心牵制影响，自当日凌晨2时至8时间，百合台风主中心持续停滞在云林县斗六市附近，几乎未曾移动。当晚，该副低压中心已在花莲附近逐渐消失，百合因此摆脱其牵制，故其于在晚间7时过后再度南下，终于在当日深夜11时自台南市安平区附近出海，进入台湾海峡南部，随即进入南海以北海域一带。百合在台湾的停滞时间总共长达49小时又20分钟。

百合出海后，自9月19日午夜12时至下午1时间，往西南偏南方向缓慢南下。当日午夜12时，联合台风警报中心将其降为热带低压。下午2时，由于北方再度有反气旋导引南压，副热带高压亦开始逐渐西伸，于是百合开始逐渐向西移动，而速度亦开始逐渐加快，于是菲律宾大气地球物理和天文管理局对其发布最后警报（第11报），这意味着百合正逐渐远离菲律宾当中。之后，香港天文台（英语：HKO）于当日下午4时15分悬挂一号戒备信号。

至于台湾中央气象局方面则随着百合的远离，分别于当日下午5时10分及深夜11时5分解除陆上台风警报以及海上台风警报。当晚10时，地球物理暨气象局（葡萄牙语：SMG）开始悬挂一号风球。

9月20日午夜12时，由于台风中心进入海面的缘故，故百合的强度又开始增强，于是日本气象厅及联合台风警报中心同时将其升格为热带风暴，此次是百合生命史中第三度增强。当日上午8时，百合继续快速往西北偏西移动，逼近中国广东省东部沿海一带，不过又于下午2时被日本气象厅降格为一热带低压。而香港天文台以及澳门地球物理暨气象局亦随着百合的逐渐逼近，分别于当日下午2时45分以及晚间6时悬挂三号强风信号以及三号风球。不过百合的路线比原先预期稍偏西北，于当日下午4时左右在中国广东省汕尾市陆丰市甲东镇一带登陆，之后继续往西北偏西方向移动。随着百合的远离，香港天文台于当晚22时40分除下所有热带气旋警告信号。登陆之后，强度亦随之迅速减弱，就在当晚11时左右减弱至热带风暴下限，且其风圈逐渐缩小当中。

最终，百合于9月21日午夜12时被联合台风警报中心降格为热带低压之后，澳门地球物理暨气象局于凌晨2时30分除下所有热带气旋信号。当日上午8时，百合进入广西东部。同时，联合台风警报中心对其发出最后警报（第61报）。之后，其环流随后于当日下午2时开始逐渐消散，宣告其长达17天又6小时的生命史正式结束。

根据西表岛气象记录显示，当地于9月5日号傍晚起气压逐渐下降，风向也由东北风转西北偏北风，并且在9月6日清晨前后一度转为西南偏西风。9月6日清晨2时出现最低气压999.4百帕后，气压开始逐渐回升，风力亦并无明显增强现象，平均风并不到每秒10米。不过在雨势方面，在9月5日晚间至9月6日清晨间出现豪雨，最大时雨量在9月6日清晨2时至3时间出现52.5毫米。

在石垣岛方面，在9月5日晚间，气压变化亦不大，风力亦无明显变化，不过同样也出现不小的雨势。就在9月5日21时至22时，当地测得57毫米的时雨量。

在与那国岛方面，在9月6日就出现了较为强劲的西北风，瞬间阵风风速约在每秒10至13米间。

在宫古岛方面，虽然气压自9月6日开始下降，并在当日下午14时测得最低气压值996.1百帕，但风力并未出现明显增强现象，平均风力都在每秒10米以下。

在久米岛方面，气压自9月6日傍晚起开始下降，9月7日清晨2时测得最低气压值为996.8百帕，风向也由南转东南再转东北最后转西北，不过风力也无明显增强现象出现，降雨量也不大。

随着百合逼近冲绳本岛，位于岛屿南端的那霸市气压从9月7日午夜前就持续下降，当天气压一直低于1000百帕，其中以当日清晨6时所测得的979.6百帕为当地最低气压，当时风向由东南风急转东风，而风力也从当日清晨5时起明显增强，当日清晨7时左右就出现每秒19.9米的平均风。随后风向再转西北偏北至西北风，风力亦开始转弱，而气压亦随之回升。在当地的降雨方面，以当日清晨4时至7时间最为明显，其中就在清晨6时至7时间就测得24毫米的时雨量。至于那霸北方的名护市亦观测相同的风向变化状况，但风力却明显不如那霸来得强，平均风力均未达每秒10米。

不过自从9月7日深夜，随着百合再度逼近并吹袭那霸、名护一带，当日深夜11时起气压又再度明显下降，到了9月8日凌晨2时再度测得最低气压982.5百帕，风向由西北转偏西再转西南风向，风力也明显增强，在当日凌晨2时至3时出现最大平均风速每秒22.2米，强风一直持续到8号上午起才逐渐减弱。那霸北方的名护亦从当日午夜12时起气压急速下降，当日凌晨4时出现最低气压989.6百帕，风向由偏北到东北风转东南到偏南风，风力方面亦相当强劲，当日凌晨3时至4时间，当地出现平均风速每秒21.5米。两地在降雨方面则并未出现相当强劲的暴雨，时雨量多半在10毫米左右。

在百合在9月11日至9月13日在久米岛东方海面徘徊期间，久米岛当地气压开始出现反复升降的现象。根据当地的气象纪录显示，此期间该地的平均风力普遍皆于每秒15米以上，其中在9月11日上午的风力最强，平均阵风二度超越每秒20米，最高在上午10时出现每秒21.4米的平均风力。此期间久米岛普遍吹偏北风向，显示台风中心一直在久米岛东边不远处徘徊，气压则二度降至980百帕以下：一次在11日中午左右，百合中心在久米岛南方近海处往东经过时，最低气压出现979.9百帕；第二次在9月13日凌晨出现，百合在久米岛北方近海往西北通过时，最低气压出现976.1百帕。在降雨方面，时雨量也普遍维持在10毫米以上，其中9月12日的雨势数度出现时雨量30毫米以上纪录，在当日下午5时出现最大时雨量为56毫米。9月13日清晨起，风力逐渐减弱，气压则逐渐回升。

至于在那霸一带，风雨在此期间亦明显增强，平均风力一直在每秒10至18米间左右，风向跟久米岛正好相反，持续吹偏南风。降雨方面则比久米岛要小很多，只有9月12日清晨较强，最大时雨量在当日清晨6时出现34毫米。气压方面，以当日傍晚，百合中心最接近时最低，就在当日下午5时至6时间，测得最低气压987.2百帕。而风力方面，则在刚入夜达到颠峰，在当日晚间8时测得每秒18.1米的平均风力。至于在那霸北方的名护市因为离台风较远，风雨状态相对较小，风力最大仅达每秒14.4米的平均风力，风向上则普遍吹东南风；而气压方面并未低于995百帕的纪录出现；降雨方面则不明显，偶尔有10毫米以上时雨量出现。9月13日清晨起，二处风力逐渐减弱，气压则逐渐回升。

总计，百合在日本造成2人死亡或失踪，以及9人受伤，而渡名喜村则全岛停电。

台湾

百合是当年台风季第六个侵台台风。由于其停滞时间过久、其贯穿的特殊路径（自三貂角、头城一带，西南行进至台南）及其环流强劲而所致，故在台湾降下丰沛雨量，造成北台湾严重水患，多处地方单日降雨量皆刷新历史纪录。灾情约略述之：台北市的基隆河多处堤防缺口未补（防洪整治工程、包商因工程弃土问题，延宕迟未完工），造成台风时爆满的基隆河水在突破警戒水位后，由堤防缺口灌入台北市，台北捷运板南线、淡水线、台北车站等地下铁路遭洪水淹没，并造成忠孝东路、内湖、南港、汐止等处严重洪涝，台北交通陷入空前的严重混乱。

此外，台铁纵贯线山线、海线及花东线部分路段中断；多处地区引发泥石流灾害；近165万户停电；逾175万户停水；全台有408所学校遭到重创，损失近新台币8亿元；工商部分损失超过新台币40亿元；农林渔牧损失约新台币42亿元；总计产业损失逾新台币80亿元。

百合台风中心自登陆至出海共长达49个小时，创下台湾气象史上台风中心滞留陆地时间最久的纪录，并改写台北、新竹、嘉义等测站的24小时最大降雨量纪录。

时任台北市长的马英九事后表示：“市府有疏失，不过市府疏失是建立在中央气象局预报资料无法让市府准确掌握台风规模上。”

因为其于北台湾带来的降雨量过于集中，北台湾在隔年发生大规模缺水危机，导致大台北地区民众生活不便，以及因水质不佳而产生的疾病。不仅如此，百合甚至间接造成后来的红火蚁问题、登革热疫情扩散、SARS事件、SOGO经营案等。由于伤亡、损失、耗费成本极大，政府决定下半旗致哀。

浙江

浙江气象台于9月7日上午预测，百合未来将转向偏北方向移动，浙江沿海风力未来将增强到7至9级，隔日后期浙东地区将首先受到影响，转为阵雨天气。

9月14日，该省气象台预测表示，百合渐渐向闽浙一带沿海靠近。受其外围影响，浙江沿海海面有8至10级偏北阵风，杭州湾水面有6至8级阵风。其后二天浙东沿海的部分地区有大雨到暴雨。为此，气象台发布沿海海面强热带风暴警报，提醒在浙江沿海及东海海面上航行以及作业之船舶特别注意。

福建

受冷空气和百合外围共同影响，9月18至21日沿海开始出现强劲的东北风，其中漳州市东山县之阵风达27m/s；9月20日泉州市沿海则出现7至8级平均风、9级阵风。

9月19至20日，中南部沿海地区开始出现暴雨，7个县市之雨量超过100毫米，以厦门市216毫米为最大。而9月20日泉州南安市雨量亦达92毫米，接近大暴雨。由于强降雨集中在短时间内，局部地方出现短时的洪涝，但无灾情报告。

汕头

9月20日上午9时30分，汕头气象台对其发布红色台风信号以及黄色暴雨信号。因其吹袭的缘故，当地刮起九至十级东北至东风、十二级强阵风，并伴随着豪大雨，连接广、深线的二座跨海大桥及机场一度封闭。共逾15人受伤。

另外，当日上午停泊在南澳县前江海湾的“南澳21079号”，船只在转移到后江避风港停泊途中，经长汕尾海面时被翻沉。船只上共有5位渔民，3人被救起、2人失踪。在达濠区亦传出有一艘竹排船只翻沉，有1人失踪。

揭阳

惠来县有154户房屋全倒、267户半倒。另有26艘小竹排海中因风浪强势而翻沉。

当地经济损失达2675万余元人民币、受灾面积3400公顷。共有1人罹难。

汕尾

当地因其挟带之强降雨，导致2人罹难，损失2833万余元人民币。

台北气象站2001年9月17日0时至24时内降下了425毫米的雨量，是台北百年来的历史新高纪录。

基隆五堵地区曾出现一小时120毫米的雨量；嘉义则出现144毫米的雨量，打破单小时最高雨量的纪录。

台北、桃园、基隆、新竹、苗栗等地区的累积降雨量都超过1000毫米。

台北、新竹、嘉义三个观测站测得的单日降雨量，均突破三站建站以来的最高纪录。

宜兰县大同乡土场山区，降下高达1323毫米的雨量，是“百合”登陆台湾期间降雨量最高的地区。

“百合”中心停留在台湾陆地将近50个小时，时间最长。

台风路径十分诡谲多变：是首个“东北进、西南出”的台风，因此台湾中央气象局把“百合”和台风韦恩、纳德并称为“侵台三大怪台”。

气象局发布警报资料总共64次，次数最多，大幅超越了1999年台风丹恩43次及1986年台风韦恩42次的旧纪录。（不过台风韦恩为旧制6小时一报）

灾情速报发布次数最多：台电发出36次灾情速报，水利处也发出14次水情通报，均创下单一灾害发布通报次数最多的纪录。

石门水库持续泄洪15天，创下水库启用以来的纪录。

基隆河水位最高纪录。