西晋灭吴以后，南方士族长期被排斥，仕进困难，对北人颇有敌视情绪。就在司马睿出镇江南之前，他们才联合消灭了企图割据江东的广陵国相陈敏。因此，作为素无名望、业绩的皇室疏属，司马睿想要在原吴国境内建立以北方士族为骨干的政权，联络南方士族便成为极其重要的事务。在王导的劝说下，司马睿派王导亲自去造访江南士族领袖贺循、顾荣，二人都应召而至。由此吴地之人望风顺附，百姓归心，“君臣之礼始定”。

在司马睿建立江东政权的过程中，王导起了决定性的作用。因此，他对王导极其倚重，并把他比作为萧何。王导得以长居机枢之地，“朝野倾心，号为仲父”。琅邪王氏的兄弟子侄分别把持了重要职位。永嘉三年（309年）三月，王导从兄王敦成为扬州刺史，建邺更成了王氏的天下。

据说司马睿南镇之初，仍喜饮酒，王导见后，常哭泣劝阻。司马睿答应王导的请求，在畅饮一番后，把酒杯扣在桌上，表达了自己戒酒的决心。他采纳了王导制定的“谦以接士，俭以足用，以清静为政，抚绥新旧”方针，使之成为江东政权的基本国策。在这一方针引导下，司马睿相继招揽了纪瞻、卞壸、刘超、张闿、孔衍等名士进入幕府，号称“百六掾”。于是，一个以南北士族为核心的江东政权初步形成了。

永嘉三年（309年），已在山西建立汉赵政权的刘渊前后两次派兵攻打洛阳。总揽朝政的司马越征调出身于吴兴大族的建武将军钱璯以及王敦率军赴援。钱璯到达广陵（今江苏扬州），畏惧汉赵军强盛，不肯前行。司马睿奉命催行，并威胁要以军法惩办钱璯。钱璯一怒之下，转而攻打王敦。王敦败逃建邺。钱璯遂公开叛乱，自号平西大将军、八州都督，立孙皓子为吴王，建立政权。司马睿派兵进讨，但因众寡悬殊，未敢交锋。次年（310年）三月，钱璯屡战皆胜，兵逼阳羡（今江苏宜兴），威胁建邺。这时义兴豪族周玘纠合部曲起兵，与政府军合力，终于将钱璯击灭。周玘此前相继主导平定石冰、陈敏反叛，加上讨平钱璯，已是三定江南。司马睿任命周玘为吴兴太守，还擅自特设义兴郡，以示对他的旌奖。擅设郡县一事，已体现出司马睿的独立性。

永嘉四年（310年）十月，汉赵新君刘聪征集大军进攻洛阳，洛阳重新告急。晋怀帝司马炽传檄哀告各地方镇发兵入援，但始终未见一路救兵到达洛阳。朝臣议论纷纷，要求迁都以避兵难。以镇东将军之职都督扬州诸军事的周馥从寿春（今安徽寿县）上书给怀帝，建议迁都到寿春。司马越厌恶周馥此举，于是一面出居许昌，一面北调周馥。周馥素来对司马越专权不满，这次自然不会承命。淮南太守裴硕奉司马越密旨偷袭周馥，失败后逃到东阿，向司马睿告急。司马睿早有并吞周馥之心，于是乘势派兵协助裴硕击败周馥，将其俘获。自此，司马睿控制了与建邺毗邻的淮南，割据范围进一步扩大。

永嘉五年（311年）三月，司马越病死项城，太尉王衍等王公重臣在奉其丧回葬东海的途中被汉赵军围歼。而洛阳孤立无援，也在不久后被攻陷，怀帝被俘。此时，司徒傅祗、司空荀藩、大将军苟晞、大司马王浚分别在各地建立行台，各奉一位宗室布告天下。其中以荀藩奉立的秦王司马邺行台影响较大，他们传檄要求各方镇出兵勤王。在这些势力中力量最强的镇东大将军、兼督扬江湘广交五州诸军事司马睿顺理成章被推为盟主。但司马睿无心北上，专意经营江南。

面对此时北方流民为逃避胡人杀戮纷纷南下的趋势，司马睿采纳王导的建议，极力对其进行招抚。他在长江南北设置了许多侨置州郡县，安置流亡人口，并为这些北来侨民特别设置了一种临时户籍——白籍，使其长期享受减免租税赋役。对于南下的流民帅，则授予要职，使他们为自己效力，如东晋初期的文武重臣郗鉴、祖逖等人，便是在此时陆续南下的。通过这些措施，司马睿取得了北方侨人士族的支持，并使他们成为自己政权的支柱。但这种做法造成江南郡县制度和户籍制度的混乱，并为大族侵吞户口提供了便利，不利于国家财政的良性运转。

扬州的西部地区属于江州，司马睿想要西扩，必须要控制江州。而当时江州刺史华轶自认为受朝廷任命，不愿意服从司马睿的命令，双方关系十分紧张。永嘉五年（311年）六月，司马睿调周访调至彭泽（今江西鄱阳湖北），对江州的治所豫章（今江西南昌）施压，继而强令江州改易长吏。遭到华轶的拒绝后，司马睿命王敦、甘卓及周访等合兵攻打江州，华轶兵败被杀，江州被占领。与此同时，豫州刺史裴宪也被司马睿派兵驱逐。由此，他将势力扩张到了长江中游。

永嘉六年（312年）二月，从北方传来汉赵大将石勒准备兴兵南下的消息，建邺震动。不久，石勒引军骚掠豫州诸郡，临江而还，屯兵于葛陂，有渡淮入江、夺取建邺的打算。司马睿将主力全部集中在寿春，任命熟悉水势的纪瞻为扬威将军，统帅各部。由于连降三月大雨，石勒军饱受饥疾困扰，被迫撤退北上，江东形势这才化险为夷。

永嘉六年十二月（313年1月），司马睿写信召回被杜弢、王冲起义军驱赶到沌口（今湖北汉阳东南）的荆州刺史王澄，改派名士周顗接任，企图进占荆州。但由于受到流民军的攻击，周顗无法在荆州立脚。

永嘉七年（313年）二月，晋怀帝遇害。四月，占据长安的秦王司马邺称帝，即晋愍帝。愍帝任命司马睿为左丞相、大都督（一年后又进位丞相），负责都督陕东诸军事，与右丞相、南阳王司马保“分陕而治”，试图拉拢他们共同抗击汉赵政权的攻势。但司马睿以“方平定江东，未暇北伐”为由，拒不执行愍帝要他收复洛阳的诏令。当居住在京口（今江苏镇江）的祖逖上书要求出师北伐时，司马睿任命他为奋威将军、豫州刺史，只给了少量人员、物资，允许他自行募兵出击。

司马睿无暇北顾并非全是托词。在南方，不仅荆州的动乱一直未平，就连位居腹心的扬州也出现了麻烦。这时，不满于司马睿压制的周玘联合东莱大族王恢起兵，打算消灭北来士族，由南士取而代之。后因密谋暴露，周玘遂杀王恢灭口。司马睿不断调动，以羞辱周玘，使其忧愤而死。临死前要求其子对“诸伧子”复仇。周玘死后，其子周勰在建兴二年（314年）利用吴人对司马睿的不满情绪，再度起兵，招募土豪，声言进讨执政的王导、刁协，声势浩大。司马睿采纳王导的建议，派在朝廷任黄门郎的周勰族侄周莚前往处理事变，最终以温和手段安抚了吴人。司马睿考虑到义兴周氏在三吴地区的影响力，所以没有深究此事，照旧安抚周勰，并任命不同意起兵的周勰叔父周札为吴兴太守，擢升周莚为太子右卫率。

就在此时，远在荆州的刺史陶侃击败杜弢所领导的流民起义军，并收复了湘州。陶侃的成功，引起了王敦的嫉妒。王敦此时都督江扬荆湘交广六州诸军事，担任江州刺史，并自行选置官吏，日益骄横。他乘陶侃在返回荆州的治所江陵之前辞行之机，将陶侃扣留，改为广州刺史，另派其从弟王廙接任荆州刺史。此举引发了荆州将吏的抗议，这使得王敦一度想要杀害陶侃，只是担忧与陶侃有姻亲关系的豫章太守周访干涉，故终未动手。

建兴四年（316年）十一月，在汉赵军的重围之下，长安内外断绝，兵疲粮竭，司马睿又始终拒绝派兵赴援，山穷水尽的愍帝被迫出降。当这一消息被传到江南时，司马睿整军宿营，作出一副发动北伐以解救愍帝的模样。数天之后，这场政治表演便不了了之。为了给自己解脱塞责，司马睿竟以“漕运稽期”的罪名冤杀丞相府督运令史淳于伯。然而淳于伯之死，引发了朝野部分人士的不满，一时“百姓喧哗，士女纵观，咸曰其冤”，连司马睿的心腹刘隗也出面为淳于伯鸣不平，要求惩办与此事有关人员。最后，幕后主谋王导被迫出面承担责任，请求将其免职。司马睿也没有处罚任何人员，只是承认自己的错杀行为而已。

建兴五年（317年）二月，平东将军（一作弘农太守）宋哲带着愍帝临降前所写的诏书逃至建邺。诏书同意司马睿代他“统摄万机”，但要求他在称帝后收复旧都，报仇雪耻，还隐含了对其坐视长安沦陷的不满。于是，司马睿在得到许可后，在众臣的拥戴下，接受了晋王的名号。自此，他成为晋王朝的唯一代表。

六月，刘琨等一百八十名北方将领联名上书司马睿，进行劝进活动。司马睿因愍帝未死、中原未复而不敢接受。这时，祖逖在收复大片北方领土之后，又在谯县（今安徽毫州）打败石勒军。司马睿借势传檄天下，声称要派遣其子司马裒统军增援祖逖。然而队伍尚未出发，司马裒即被召回建邺。

这年年底，晋愍帝被汉赵君主刘聪杀死。自此，司马睿称帝的阻碍消失，开始筹划即位前的事宜。太兴元年三月丙辰日（318年4月26日），司马睿终于登上了皇帝宝座，东晋正式建立。

在登基典礼中，司马睿再三请王导同坐御床受贺，王导再三辞让不敢当，他才作罢。这一非比寻常的举动，一方面反映了东晋一朝主弱臣强的实际情况。即司马氏的江南政权，在一定程度上是依靠王氏兄弟建立的，而王导、王敦，一内一外，实际把持了东晋政权。时人称这种现象为“王与马，共天下”。另一方面，随着司马睿地位的巩固和建邺政权统治范围的扩大，他越来越不甘于受王氏兄弟的摆布。司马睿要王导同坐御床，表面上示以尊崇，实际上则在暗示他应该有所收敛。

称帝之后，司马睿虽然继续对王导、王敦加封官职，但是对王氏的厌恶情绪却愈发加重，态度上十分冷淡。凡是重要的军国大计，他只与尚书令刁协及调外任丹阳尹却仍兼侍中的刘隗密议。在二人的策划之下，司马睿制定了一系列限制大族势力、加强皇权的所谓“刻碎之政”。为此，王导借褒奖主张“宁使网漏吞舟”，不“以察察为政”的吴郡士族顾和的举动，表明了自己与司马睿截然相反的放纵士族政策；王敦则直接上疏夸耀他们弟兄的开国之功，为王导在朝内所受的冷遇鸣不平，并发泄了对司马睿的强烈不满。他还威胁说，自己可能要采取适当的行动。

尽管王敦自恃手握强兵，常有废立之心，但他之所以迟迟不敢行动，是忌惮另外两位强藩：梁州刺史周访和豫州刺史祖逖。二人的存在使王敦如芒在背，始终不敢有叛逆之举。太兴三年（320年）八月，周访病逝。王敦闻讯，如去心病，开始与亲信沈充、钱凤等积极谋划起兵部署。

与此同时，司马睿一面继续排斥王导，削弱他的实际权力；一面努力布置对王敦的防范。太兴三年（320年）年底，他拒绝王敦以沈充为湘州刺史的请求，派谯王司马承出镇湘州，以牵制王敦。此外，他还采纳刁协的建议，于太兴四年（321年）五月下诏调发沦落到扬州地区大族家为奴或者为客的北方平民，免除其奴客身份，编入兵籍，由司马睿的亲信刘隗、戴渊统领。为保证诏令的顺利执行，司马睿颁布了给客制度（参见“为政举措”目录）。通过以上措施，他获得了大量兵员，同时触怒了利益受损的大族，这为后来王敦叛乱时他们的默许埋下了伏笔。

太兴四年（321年）七月，司马睿以防范北方势力为由，以戴渊为司州刺史，镇合肥；刘隗为青州刺史，镇淮阴。这是对防范王敦的又一军事部署。其中戴渊奉命都督司兖豫并雍冀六州诸军事，管辖祖逖的豫州。祖逖认为戴渊虽有才望，却无远见卓识，而且自己辛苦收复河南，却不得朝廷信任，心中甚为不快。不久，祖逖又听闻王敦跋扈，朝廷内部矛盾日益尖锐，担心内乱爆发，北伐难成，以致忧愤成疾，不久后便逝世。

祖逖死后，再无顾忌的王敦于永昌元年（322年）正月，以诛刘隗为名，从武昌起兵向建邺进攻。在王敦为刘隗开列的大量罪状中，他谴责了刘隗取奴为兵的举动，以求争取大族支持。同时，王敦的心腹沈充从吴兴起兵进行响应。

三月，王敦带兵行至芜湖，再度上书司马睿，要求惩办刁协。司马睿一面命令刘隗、戴渊回师保卫建邺，一面下诏讨伐王敦。

王敦的突然起兵，给王导带来很大困难。他每天一早就带上兄弟子侄在皇宫门前请罪，以避免举族受诛。在周顗的极力保举下，司马睿任命王导为前锋大都督，同时命戴渊、周顗、王邃分别统军。他还命右将军周札与刘隗分别守卫建邺城的两个军事要塞——石头城和金城（今江苏南京东北，长江南岸处）。此外，司马睿还下诏命梁州刺史甘卓、广州刺史陶侃分领荆、江二州，从后方攻打王敦。然而当王敦进抵建邺时，周札却献上石头城投降。刁协、刘隗、戴渊等人接连发起反攻，最终以失败告终。

当王敦成功攻入建邺后，放兵四处劫掠。司马睿无可奈何，只得派人转告王敦：“如果你没有忘掉朝廷的话，请马上息兵。你要有别的打算，我可以退居琅邪国为你让路。”司马睿见到败退回宫的刘隗、刁协，拉着他们的手，痛哭流涕。他亲自准备了马匹、人力，催促他们逃走。后来，刘隗投奔石勒；年迈的刁协在中途被人杀死。不久，在建邺之外反对王敦起兵的各路州镇也陆续遭到失败，司马承、甘卓先后被杀，陶侃退回广州。

王敦控制朝政后，先后杀害戴渊、周顗等人，并随意进退内外群臣。他还把司马睿软禁在宫中，取消了人身自由。永昌元年（322年）四月，王敦退军还武昌，临行前又在建邺设置了留府，以控制朝廷。不久，王敦加领宁、益二州都督，并把几个军事重镇全部换上自己的亲属或心腹。在王敦看来，改朝换代只是时间早晚的问题。

面对王敦的控制与羞辱，司马睿感到极度痛苦，心力交瘁，最终在永昌元年闰十一月己丑日（323年1月3日）病死在宫中，时年四十七岁。谥号元皇帝（“谥法”称“始建国都曰元”），庙号中宗，安葬于建平陵。遗诏由太子司马绍继位，是为晋明帝。

临终前，司马睿选择王导作为顾命大臣，希望他效仿曹魏陈群辅佐魏明帝的故事，做新帝司马绍的“陈群”。明帝即位两年后，依靠其他大族的支持，将第二次起兵企图篡夺帝位的王敦击败，终于平息了王敦之乱。

在司马睿称帝立国的过程中，琅邪王氏出力尤多，对其政权建立作出了很大的贡献，故东晋初号称“王与马共天下”。但司马睿即位后，对这种状况十分不满，力图重建皇权的威严。为此进行了一系列的行动。

司马睿“好刑名家”“用申韩以救世”，采用法家的法治政策。他通过惩处一些不守法的官员，以显示皇权的威严。太兴元年（318年），司马睿两次下诏整饬吏治。第一次的时间在三月，诏书一面对清静为政加以肯定，一面却又表示要惩办不法官吏。第二次在七月。司马睿的语气转变为十分严厉，除命令各级官吏奉公守法，“抑齐豪强”，安抚百姓，查实户口，劝课农桑外，还要求“州牧刺史当互相检察”，如果不举荐奉公、惩罚贪赃者，将受到责罚。通过这份诏书，司马睿向天下表明了以法治国的理念和加强皇权的决心。他还亲自下令重罚了亲信宋典、永康县令胡毋崇，处决了桂阳太守程甫（王敦的亲信）、徐州刺史蔡豹等数名违制的官吏，以示惩戒。刘隗在元帝以法御下的政策下，弹劾了王籍之、颜含、王虞、王彬、周嵩、周顗等官员，打击了士族的气焰，展示了皇权，使“王氏深忌疾之”。

同时，司马睿也选用刘隗、刁协等支持振兴皇权的人士充任左膀右臂。他的许多意图都由二人执行。在选官用人方面，他采纳了尚书陈税“宜渐循旧制，试以经策”的建议，并且下诏规定，若太守和刺史荐举官员不善，则免官。以此改变由士族控制官员任命的现状，加强中央政府的权力。

司马睿以法御下，又重用刘隗、刁协，疏远王导，这表明了他要摆脱“仲父”的约束，从而建立君臣之道的态度。

司马睿为加强皇权，还试图通过调整中枢机构及其人员安排，进而掌控中枢。魏晋时期的中枢机构一般由参谋（决策）系统和行政（执行）系统组成。东晋的参谋系统主要有中书省、门下三省（散骑省、门下省、侍中省），主要官员有中书令、中书监，侍中、散骑常侍；行政系统由尚书省构成，主要官员有录尚书事、参录尚书事、尚书令、尚书左右仆射。

当司马睿即位后，北来士族的代表人物王导被任命为骠骑将军、散骑常侍、都督中外诸军事、中书监、录尚书事、扬州刺史，以一人身兼数职，既是参谋系统的主要人物，又是行政系统的主要指挥者，对司马睿加强皇权是一个很大的障碍。对此，他调整了中枢机构的人员安排。司马睿即位的第二个月，即命太尉荀组与太保西阳王司马羕兼并录尚书事；即位的三个月后，又任命刁协为尚书令，分化王导的行政权。在参谋系统，司马睿也对中枢机构作了调整。在机要之地中书省，王导任中书监，权势极大。为此，元帝将中书省并入散骑省，以削王导决策权。中书省并入散骑省后，门下省的职权扩大，逐渐成为“喉舌之要”。通过任命刘隗为门下省长官，司马睿在中央决策中增强了自己的分量。

司马睿对中枢人员的安排及中枢机构的调整，起到了压制士族、扩张皇权的作用。

“永嘉之乱”后，北方人民与士族大量南迁（参见词条永嘉南渡），多相聚而居，保持原籍贯。自太兴三年（320年）在建邺（今江苏南京）侨立怀德县开始，司马睿开始在辖地内用北方地名设立侨州、侨郡、侨县，安置北方士族。侨州郡县安置的侨人，保持其原来籍贯，另立户籍，给以优复特权，不受当地政府管辖，这对招徕北人和鼓励登录流人于户籍、缓和南北士族矛盾都起了一定的作用。

中央政府直接掌控的户口数量，很大程度上决定了政府税收情况，同时也影响政府的征兵能力。东晋时，士族长期控制国家人口，大量户口成为封建土地上的佃客，其劳动的成果尽归士族，不为中央政府掌控，这也是导致皇权受制于士族的重要原因。元帝要振兴皇权，就要防止士族荫庇户口。

司马睿在位期间，曾两次发布诏令，来搜括户口。第一次在太兴元年（318年），要求两千石官员隐实户口，发展农业，很显然是为了增加国家编户，增加中央政府的税收；第二次是在太兴四年（321年），诏书反映了司马睿希望将流民编入军队，加强自己军权。此种举措虽被《资治通鉴》认定为“刁协之谋”。但刁协是司马睿振兴皇权的得力助手，其所提出“以奴为兵，取将吏客使转运”的建议很明显是秉承司马睿旨意提出的。

为保证搜括户口诏令的顺利执行，司马睿颁布了给客制度。给客制度是在西晋荫客制度基础上，根据东晋社会的实际制定的政策。给客制度除对第一、二品官职荫佃客户数的规定比旧制有所减少外，以下各品皆有大幅度的增加，如第三品由原来的十户增至三十五户，第四品由七户增至三十户，最低的八品、九品也由原来的一户增至十户、五户。给客制度保留了旧制的荫衣食客人数，又增加了荫典计人数的规定。给客制度进一步明确了“客皆注家籍”，“皆无课役”，“其佃谷皆与大家（主人）量分”等规定。给客制度再一次从法律上肯定士族地主私占人口的权力，反映了东晋时期士族地主的强大以及皇权对它的软弱和依赖。当然，这一制度同样反映了地主国家同地主分子在劳动人手方面的激烈争夺。因为司马睿颁布给客制度的主要目的是限制大族对国家人口的过度侵吞，并把他们超过规定的私占人口强征为国家所有。

通过征客为兵，司马睿得到了大量的兵员，配给刘隗、戴渊两军府的人数各在万人以上。由于这一措施使许多大族蒙受损失，引起他们普遍的怨愤，以致后来王敦进攻建邺时，这些人大多持默许的态度。

司马睿在位时期，王敦总制荆州，掌握东晋的主要军事力量，并具有顺江东下、直指建邺的战略优势。因此，为振兴皇权，必须设法加强自己的军事实力。为了达到这一目的，他首先任命宗室司马承为湘州刺史，作为帝室的藩屏；其次，又派遣自己的心腹出镇地方。太兴四年（321年），司马睿以尚书仆射戴渊为征西将军、都督司兖豫并冀雍六州诸军事、司州刺史，镇合肥；丹阳尹刘隗为镇北将军、都督青徐幽平四州诸军事、青州刺史，镇淮阴。《资治通鉴》评论这一部署为“名为讨胡，实备王敦也”。以上数人，加之豫州的祖逖、梁州的周访（后为甘卓）、广州的陶侃等实权派，对王敦形成了极大的牵制。后来王敦举兵前，也不得不向甘卓说明。王敦举兵后，甘卓没有同他一道出兵，使王敦大感吃惊。

司马睿的中兴重臣王导在其南渡之初曾指出：“琅邪王仁德虽厚，而名论犹轻。”

东晋文学家曹毗在《歌中宗元皇帝》称颂道：“运屯百六，天罗解贯。元皇勃兴，网笼江汉。仰齐七政，俯平祸乱。化若风行，泽犹雨散。沦光更耀，金辉复焕。德冠千载，蔚有余粲。”

北齐史学家魏收在以北朝为正统的《魏书》中对司马睿极尽嘲讽说：“司马睿之窜江表，窃魁帅之名，无君长之实，局天脊地，畏首畏尾，对之李雄，各一方小盗，其孙皓之不若矣。”

在唐初“公子”（被多数史学家认为是李世民）与虞世南的问答中，“公子”说：“中宗值天下崩离，创立江左，俱为中兴之主，比于前代，功德云何？”虞世南答道：“元帝自居藩邸，少有令闻，及建策南渡，兴亡继绝，委任宏茂，抚绥新旧，故能嗣晋配天，良有以也。然仁恕为怀，刚毅情少，是以王敦纵暴，几危社稷，蹙国舒祸，其周平之匹乎？”

房玄龄等唐代史臣在《晋书·元帝明帝纪》中作出如下总评：“晋氏不虞，自中流外，五胡扛鼎，七庙隳尊，滔天方驾，则民怀其旧德者矣。昔光武以数郡加名，元皇以一州临极，岂武宣余化犹畅于琅邪，文景垂仁传芳于南顿，所谓后乎天时，先诸人事者也。驰章献号，高盖成阴，星斗呈祥，金陵表庆。陶士行拥三州之旅，郢外以安；王茂弘为分陕之计，江东可立。或高旌未拂，而遐心斯偃，回首朝阳，仰希乾栋，帝犹六让不居，七辞而不免也。布帐綀帷，详刑简化，抑扬前轨，光启中兴。古首私家不蓄甲兵，大臣不为威福，王之常制，以训股肱。中宗失驭强臣，自亡齐斧，两京胡羯，风埃相望。虽复六月之驾无闻，而鸿雁之歌方远，享国无几，哀哉！”

宋代史学家司马光认为：“帝恭俭有馀而明断不足，故大业未复而祸乱内兴。”

宋代理学家范浚说：“昔晋元帝启基江左，出师露次，躬擐甲胄，移檄四方，刻日北征，至以漕饷稽期，诛督运令史，志非不速也；然终不能成尅复功者，惟无图功之谋而已。”

宋代理学家胡寅就司马睿听从王导戒酒之谏一事评论道：“晋元名论不高，人心未附，始初建国，事以酒废，闻王导一言，铭心自克，其终济大业，百有余年，不亦宜乎？”就辞位期间贬谪周嵩一事评论说：“王之再辞而不许，诚乎？不诚乎？不诚则安用辞，诚则周嵩何罪？史载嵩以直言忤旨，然则王之旨固欲速也，姑以揖让之文，以美观听而已。一斥周嵩，情实立露，此与前者摄甲出次而杀淳于伯同一意解，于假仁亦不能者也。使元帝苟能假仁，用嵩之策，迟以岁月，义问宣、昭，主晋祀者，舍琅琊而谁乎？或曰：孝文自代来，东向让者三，南向让者再，亦伪耶？曰：文帝厚德，礼度可观，岂晋元之比哉？”就司马睿与祖逖的关系评论道：“使元帝有克复旧物之志，仗钺徂征，百六椽中，岂无二三豪俊如逖比者？使之左提右挈，并驱争先，石勒虽善用兵，岂得高枕而卧也？元帝既不能然，于逖有功之时，赏秩未充，反使吴士以虚名重位往统临之，致逖怏快，勋业不终。世未尝无才，人主负之者亦多矣，可胜叹哉！”就司马睿抑制王氏一事评论道：“元帝欲稍抑王氏之权者，正心以正朝廷。动无失德，举无过事，所以自正也。自无不正，人欲叛之心十去四五矣。精择贤材，布在有位，所以正朝廷也。朝廷既正，人欲叛之心十去七八矣。正使奸凶不忌，恃强而反，而众正在我，不正在彼，其胜负之几已判于一堂之上矣。帝乃引刁、刘二人为腹心，是欲却豺虎而投之以肉也。”

宋人朱松曾劝谏宋高宗赵构道：“自古中兴之君，惟汉之光武勤劳不怠，身济大业，可以为法。晋之元帝、唐之肃宗志趣卑近，功烈不终，可以为戒。”赵构也同意其说法，指出：“光武固无可议，若元帝，仅能保区区之江左，略无规取中原之心；肃宗惑于张后、李辅国之谗，而亏人子之行，此其可戒也。”

宋代学者李闳祖认为：“晋元帝无意复中原，却托言粮运不继，诛督运令史淳于伯而还。行刑者以血拭柱，血为之逆流。天人幽显，不隔丝毫！”

宋代学者张栻：“为国有大畿，大畿一失，则其弊随起而不可禁。所谓大畿，三纲之所存是也。晋元帝初以怀帝之命来临江左，当时之意，固以时事艰难，分建贤王以为屏翰，庶几增国家之势，折奸宄之心，缓急之际，实赖其纠率义旅，入卫王室，其责任盖不轻矣，而琅邪之入建业，考观其规摹，以原其心度之所安，盖有自为封殖之意，而无慷慨谋国之诚，怀帝卒以蒙尘，迄不闻勤王之举。愍帝之立，增重寄委，制诏深切，而亦自若也。祖逖击楫渡江，聊复以兵应其请，反从而制之，使不得有为，则其意不在中原也审矣。坐视神州板荡，戎马纵横，不以动其心，不过欲因时自利云耳。愍再蒙尘，惧天下之议己，则阳为出师之势，迁延顾望，终归罪于运饷稽缓，斩一无辜令史以塞责。赤青之异亦深切矣，吾谁欺，欺天乎？夫受君父之委托而坐视其祸变，因时事之艰难而觊幸以自利，三纲沦矣。惟其大畿既失，故其所以建国规摹亦复不竞，乱臣贼子如王敦辈不旋踵而起，盖其弊有以致之也。使元帝痛怀、愍之难，笃君臣之义，念家国之仇，率江东英俊，鼓忠义之气，北向讨贼，义正理顺，安知中原无响应者？以区区一祖逖，倔强自立于群豪之间，犹几以自振，况肺腑之亲，总督之任，数路之势，何所不济哉？惟其不以大公为心，而私意蔽之，甚可叹息也。”

明代大臣孙承恩在《古像赞·晋元帝》中作赞道：“晋失中土，元起江东。皇天眷德，群贤效忠。冲虚性成，恭德纯至。雄武未优，中兴犹愧。”

明末文学家吴应箕：

明末清初思想家王夫之在《读通鉴论》中对司马睿南渡后的行迹多有评述：

清代诗人陈文述在《晋元帝庙》中感叹道：“夕阳回首旧金墉，双阙天开作九重。一帝此间曾渡马，诸臣当日定从龙。江山形胜思京洛，将相功名誓鼎钟。同是偏安更衰弱，临安谁祀宋高宗。”

近代小说家、历史学家蔡东藩在《两晋演义》中对司马睿进行激烈的抨击，他说：“元帝实一庸主，毫无远略，始则纵容王敦，使据长江上下游，继则信任刁协、刘隗，疑忌王敦，激之使叛，而外无可恃之将，内无可倚之相，孤注一掷，坐致神京失守，受制贼臣，刁协死，刘隗遁，周顗、戴渊又复被戮，其不为敦所篡弑者，亦几希矣。”

中国现代历史学家黎虎等在《中国通史》“晋元帝”条目中认为：“司马睿是中国封建皇朝中最少权威的一位开国之君。他之所以能够称帝于江南一隅，不是凭借他本人的权威或者实力，而是因为他出身的西晋皇室在当时已成为汉族政权的象征。只有在这一旗号之下，北方的大族才能在江南立足，南方的大族才能抗拒来自北方的各种势力。在拥立司马睿的大族中，琅邪王氏的势力最强，影响最大，在司马睿建立东晋朝的过程中，他的所有政治活动和各项政策都与王氏家族的关系极大。后来司马睿试图摆脱扶植者对他的控制，但是由于双方力量对比悬殊，这种努力不但没有成功，还终于引发了王敦之乱，导致他的受辱身亡。”

主词条：牛继马后

关于司马睿的出身，有所谓“牛继马后”的著名传言。据说曹魏时期，有一本流传很广的谶书，叫《玄石图》，上面记有“牛继马后”的预言。曹魏权臣司马懿也曾听过这一预言。司马懿手下有名大将叫牛金，为他立下殊勋。司马懿晚年位高权重时，忽然想起“牛继马后”的预言，认为牛金触犯此忌，将对子孙不利，于是设宴毒害牛金。司马懿的长子司马师不解，问道：“牛金可堪大用，奈何杀之？”司马懿训道：“你忘了石瑞中说‘马后有牛’吗？”司马懿原以为自此司马氏子孙便可高枕无忧，殊不知他的孙子司马觐袭封琅邪王后，其妻夏侯氏竟与王府中一位名叫牛金的小吏勾搭成奸。二人生下一子，在司马觐死后承袭了琅邪王位。此人便是司马睿。

这一故事虽属小说家之言，不能得到更多佐证，被人认为“不免于附会”，但却有诸多文献记录。后人因此有所讥讽，如明人李贽直称东晋为“南朝晋牛氏”，而不称司马氏。

晋惠帝太安年间（302年－303年），曾出现一种童谣说：“五马浮渡江，一马化为龙。”到永嘉之乱爆发后，西晋宗室大多沦亡，随时为琅邪王的司马睿南渡者只有西阳王司马羕、南顿王司马宗、汝南王司马佑、彭城王司马纮，正好印证“五马”之说。最终司马睿成功登上帝位，延续晋祚。据说五王渡江处在幕府山（位于今江苏南京）前宣化津，后人为此地取名为“五马渡”。

据《太平广记》引《洞林记》记载，司马睿还是丞相的时候，有一只麻雀飞落在了小鸡的背上，将它赶走又回来了。这样来回了好几次。当时有个知晓占卜的人说：“鸡属酉，酉属金。所以麻雀前来，是帝王登基的象征。”又有一种说法称，司马睿任安东将军时，曾有三只麻雀踩在一只雄鸡的背上，三次走进他的将军府。占卜的人由此断言司马睿要连升三级做天子。

皇子司马昱降生时，司马睿很是高兴，遍赏群臣。大臣殷羡谢赏时说：“皇子诞生，普天同庆。臣下没有功劳，却辱蒙重赏。”司马睿笑着说：“这事难道能让你有功劳吗！”

东晋建立之初，朝廷物资匮乏，猪肉被视为珍膳，其中尤以猪颈上的肉最为肥美。群臣每次食用猪肉，都会把颈肉献给司马睿，不敢私自享用。时人称之为“禁脔”。

寻阳公主司马氏，嫁骠骑将军荀羡，母为郑阿春。

《全晋文》卷8辑录有司马睿出镇江南至称帝期间下发的诏令，详见下表。

司马睿死后，葬于建平陵，属于今江苏省南京市鼓楼区，在“鸡笼山之阳”。由于东晋帝陵“不封不树”，不起坟堆，葬埋也十分简陋，故在南京周围地面上已难觅其痕迹。1972年，南京大学考古系在鼓楼岗南麓西段的南大北园发掘了一座东晋早期大墓，从墓葬位置、形制及出土遗物等分析，可能是建平陵。也有学者认为，该墓或是晋成帝司马衍的兴平陵。

关于司马睿的生平，主要参见唐人房玄龄等修《晋书·卷六·元帝明帝纪》，北齐魏收修《魏书·列传第八十四·僭晋司马睿传》及宋代司马光所著《资治通鉴》等亦对其事迹多有记录。

司马睿在明人杨尔曾所著演义小说《东西晋演义》及近人蔡东藩所著小说《两晋演义》中均有登场，其形象与史实大致相似。

2014年电视剧《书圣王羲之》：赵文瑄饰演司马睿。